生信人的R语言视频教程-语法篇-第二章：与R语言的第一次约会(R语言安装和下载)

接上一个视频教程：

生信人的R语言视频教程-语法篇-第一章：与R的第一次相亲

官网下载R安装包

下载地址为：https://cran.r-project.org 进入链接，如下图所示，在页面顶部提供了三个下载链接，分别对应三种操作系统：Windows、Mac和Linux。请选择自己操作系统对应的链接。

这里以Windows系统为例

点击Download R for Windows后进入新页面点击base，

点击Download R 3.6.0 for Windows

点击后开始下载安装包（一个exe文件）

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安装R

下载完R安装包（我下的按转包名称为：“R-3.6-win.exe”），之后双击开始安装，跟一般的软件安装一样，根据需要进行相关安装设置并不断点击下一步即可。

step1、选择安装位置，可点击浏览改成自己的安装路径。一般默认路径就行，如果C盘空间小，可以选择其他盘。

step2、安装组件

注意：根据自身电脑操作系统的位数选择，但64位系统可全选，因为64位向下兼容32位系统。

点击下一步开始安装，安装完成会在桌面生成一个快捷方式。双击打开就是R语言的交互界面了。

环境变量的配置

我的电脑》》右键》》属性》》高级系统设置

高级模块下选择环境变量

在系统变量中找到Path变量，点击编辑

点击新建，将刚刚安装的R地址粘贴到框中，我这里的安装地址是：D:\Program Files\R\R-3.6.0\bin，点击确定。

在dos命令行窗口输入R，回车就进入R环境。

R包介绍

R语言的使用，很大程度上是借助各种各样的R包的辅助，从某种程度上讲，R包就是针对于R的插件，不同的插件满足不同的需求，截至2013年3月6日，CRAN已经收录了各类包4338个。例如用于经济计量、财经分析、人文科学研究以及人工智能。生物信息学相关的包不是存在CRAN中，而是存在Bioconductor中，我们后续会介绍，这里先了解。

这里我们先介绍交互模式下，R包的一下应用。

包的安装

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通过选择菜单：

程序包->安装程序包->在弹出的对话框中，选择你要安装的包，然后确定。

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使用命令

install.packages("package_name","dir")

package_name:是指定要安装的包名，请注意大小写。

dir:包安装的路径。默认情况下是安装在..\library 文件夹中的。可以通过本参数来进行修改，来选择安装的文件夹。

Bioconductor包的安装具体还要查看官方的安装函数,通过网站(https://www.bioconductor.org/)查询，比如limma包的安装：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("limma")

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本地安装

如果你已经下载的相应的包的压缩文件，则可以在本地来进行安装。请注意在windows、unix、macOS操作系统下安装文件的后缀名是不一样的：

1）linux环境编译运行：tar.gz文件

2）windows 环境编译运行 ：.zip文件

3）MacOS环境编译运行:.tgz文件

加载包

包安装后，如果要使用包的功能。必须先把包加载到内存中（默认情况下，R启动后默认加载基本包），加载包命令：

Library(“包名”)

Require(“包名”)

查看包的相关信息

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查看包帮忙

library(help="package_name")

主要内容包括：例如：包名、作者、版本、更新时间、功能描述、开源协议、存储位置、主要的函数

help(package = "package_name")

主要内容包括：包的内置所有函数，是更为详细的帮助文档

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查看当前环境哪些包加载

find.package() 或者 .path.package()

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移除包出内存

detach()

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把其它包的数据加载到内存中

data(dsname, package="package_name")

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查看这个包里的包有数据

data( package="package_name")

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列出所有安装的包

library()

下面是视频教程

http://mpvideo.qpic.cn/0bf2eyaawaaasmabqlmionpfajwdbmtaacya.f10002.mp4?dis_k=197d76906484d5f3227f650d3cea0ad6&dis_t=1587457764

http://mpvideo.qpic.cn/0b78wuaamaaabaabf6mipvpfbnoda22qabqa.f10002.mp4?dis_k=b37b62aebb8f04ffe399cb055f77efa8&dis_t=1587457764