用R代替简单的cytoscape绘图需求

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一般做分子或者基因蛋白等的调节网络，不可避免的需要绘制调节网络，如下图所示：

之前，我一般都是首选cytoscape软件，将数据导入cytoscape以后，就可以绘图。但是cytoscap的缺点是：第一个cytoscape软件下载和运行占用空间比较大，第二个需要手动调节每一个节点，或者批量调节节点，比较费时费力。所以我比较希望一个能够自动帮我绘图且省时省力的软件。因此我们可以使用R语言绘制如下的图片：

第一种方法