专栏首页医学数据库百科基因融合检测数据库介绍

基因融合检测数据库介绍

基因融合指的是两个或者多个基因的部分序列结合到一起形成了一种新的基因。随着高通量测序的发展,我们可以利用二代测序的数据来鉴定出发生在不同疾病当中的融合基因,所以也就出现了很多来寻找融合基因的数据库。今天就来给大家介绍几个融合基因查询的数据库。

TumorFusions

(https://www.tumorfusions.org/)

提到高通量测序的数据,肯定是绕不开TCGA的数据库。那么庞大的测序量,只要是有新的共同量分析的方法,肯定有人用这个数据来进行分析的。这个TumorFusions数据库就是基于TCGA的数据来预测融合基因的数据库。

数据库的使用基于不同的目的检索就行,我们只需要在不同的检索目的当中输入符合要求的结果就行。例如我们可以在肿瘤类型当中选择—KIRC这个肿瘤来查看所有的融合基因的结果。

这个数据库提供了多种基于不同分析策略得到的结果(Tier 1/2/3/4)。这个分析等级的话越高,得到的结果阈值越低。作者建议如果要进行研究的话选择Tier 1/2最好。

数据结果的呈现,是以表格的形式呈现的,结果当中显示了在什么样本当中哪两个基因存在融合以及融合的位置。

至于结果下载的话,这个数据库说直接在下载按钮当中下载结果即可。但是现在没有了下载按钮。。。这个就找不到了。所以需要数据的话,可以和试着去和作者要一下数据结果。

ChimerDB 4.0

(https://www.kobic.re.kr/chimerdb_mirror/)

这个数据库利用多种分析方式得到的不同的融合基因。同时把这种不同的检索分析方法分成了三种不同的分类

  • ChimerPub: 基于pubmed检索来获得和基于实验为目的的融合基因结果,利用这个条目我们可以获得实验验证的结果
  • ChimerKB: 数据库除了文章检索也纳入了一些疾病相关数据库的数据。
  • ChimerSeq: 基于高通量测序分析得到的结果了,这个里面也包括TCGA的数据。由于是高通量分析的结果,所以得到的结果也比其他两个多很多。

我们需要做的就是选择不同的分析方法,进行进一步的筛选即可。

结果首先是以表格的形式来呈现的。我们可以在表格当中看到哪两个基因存在融合关系。

如果我们想要看其中一个融合基因的相互作用关系的话,可以点击具体的某一个融合基因,下面就会显示其基本的信息,其中包括:具体的融合方式、各自基因的蛋白相互作用、基因表达情况、和拷贝数的关系以及融合相互作用关系图

关于数据下载的话,这个数据库提供了每一个检索策略的数据结果的所有下载内容。但是关于TCGA的数据的话,只是提供了一个具体的结果,并没有具体到什么样子存在什么融合,这样也没办法让我们自己来分析TCGA的融合基因事件和相关临床表型的关系。

ChiTaRS 5.0

(http://chitars.md.biu.ac.il/index.html)

这个数据库算是很权威的数据库了,这个数据库可以检索人类,小鼠,果蝇,大鼠,斑马鱼,牛,猪和酵母八个物种的融合基因。同时数据库结合了多种检测数据,基本上这个算是目前很全的关于融合基因检测的数据库了。数据库的检索方式也很简单,这个大家一看就懂。限于文章的篇幅,我们就不介绍了(主要是这个数据库的界面,看着乱。。。)

本文分享自微信公众号 - 数据库百科(yxkygjx),作者:Hogg

原文出处及转载信息见文内详细说明,如有侵权,请联系 yunjia_community@tencent.com 删除。

原始发表时间:2020-05-29

本文参与腾讯云自媒体分享计划,欢迎正在阅读的你也加入,一起分享。

我来说两句

0 条评论
登录 后参与评论

相关文章

  • 融合基因调控预测可视化网站

    前两天我们介绍了两个和融合基因有关的数据库,其中涉及到融合基因的查找和功能预测。对于融合基因的功能的话,FusionGDB数据库主要是来分析发生融合基因之后,对...

    医学数据库百科
  • m6A数据库总体评价介绍

    通过对昨天检索到的的20个得到的数据库进行整理总结,我们发现一共有19个是和m6A相关(没有关系是因为在摘要当中也提到了m6A,所以我们也就提取到了),在19个...

    医学数据库百科
  • 6月数据库汇总 (截止6.21)(上)

    整个5-6月份发表了近100篇数据库文章,去掉一些其他物种的以及植物方面的数据库,最后剩下了一下这些数据库。(数据库检索方式主要还是基于我们之前发表的数据库的脚...

    医学数据库百科
  • 融合基因调控预测可视化网站

    前两天我们介绍了两个和融合基因有关的数据库,其中涉及到融合基因的查找和功能预测。对于融合基因的功能的话,FusionGDB数据库主要是来分析发生融合基因之后,对...

    医学数据库百科
  • 融合基因数据库大全

    在进行融合基因的分析时,我们会想要知道哪些融合基因是别人已经发现并证实过的,对应的疾病等信息,借助已有的融合基因的数据库可以实现,常用的数据库有以下几个

    生信修炼手册
  • 专访天数科技创始人兼CEO李云鹏:充分尊重工程师的个性差异

    李云鹏,天数科技创始人兼CEO;曾任美国甲骨文公司全球研发总监,从事甲骨文数据库10g至12c的研发工作。日前,笔者采访了李云鹏,请他分享国内外数据库发展的差异...

    CSDN技术头条
  • 两组有趣的数据库调研结果

    谁来决定数据库技术选型?从这篇数据中我们可以发现,在企业进行数据库技术选型中,不同角色的权重不同。调研结果揭示架构师>开发者>DBA>管理者,这与我之前认为的管...

    用户5548425
  • 在SpringBoot中使用flyway管理数据库版本状态

    Flyway是一个开源的数据库版本管理工具,并且极力主张“约定大于配置”,简单、专注、强大。可以使用SQL完成数据同步,或者基于特定数据库的语法(例如PL / ...

    字母哥博客
  • 连载 | 深入浅出理解云数据库,年薪百万DBA之路 · 第三回

    为帮助开发者更好的了解和运用数据库,腾讯云数据库团队特出品《深入浅出理解云数据库》系列文章,从数据库的基本概念到云数据库特性及应用,从数据库基础原理知识到腾...

    腾讯云数据库 TencentDB
  • 巨杉数据库 CTO 王涛:新一代分布式数据库

    2019数据技术嘉年华于11月16日在京落下了帷幕。大会历时两天,来自全国各地上千名学术精英、数据库领袖人物、数据库专家、技术爱好者在这里汇聚一堂,围绕“开源 ...

    数据和云

扫码关注云+社区

领取腾讯云代金券