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经过实验验证的 EMT 相关基因数据库

之前我们介绍过一个和 EMT 有关的数据库: [[EMTome-EMT在线分析数据库]]。在这个数据库当中作者总结了汇总了其他一些作者使用的 EMT 基因集。但...

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基因表达可视化工具

目前,cBioPorta、GEPIA等现有生物学工具为基因表达分析提供了许多有用的可视化和分析工具,但是并不能充分解决实验生物学家要求的其他一些快速分析。例如,...

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肿瘤细胞系综合性分析数据库

在昨天的推送当中,我们介绍了现在的 CCLE 数据库的一些基本信息。同时也提到了一个用来分析 CCLE 的在线的数据库:DepMap Portal (https...

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公众号帖子如何查询

自公众号更新以来,大大小小已经更新了差不多130篇文章了。经常会在公众号的后台收到类似:GEPIA;UCSC XENA的回复。可能这些小朋友是想通过回复来看有没...

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年龄相关差异基因分析数据库

我们人体的基因表达情况是会随着年龄的变化发生变化的。通过了解正常人当中那些基因随着年龄会发生变化,对于研究和年龄有关的疾病也有种重要的作用。今天就来介绍一个年龄...

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如何了解一个基因的功能

我们研究一个基因的时候,首先还是要知道这个基因的功能的。之前介绍很多数据库都可以用来查询基因的功能。比如最经典的genecards数据库介绍或者ncbi-gen...

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2021.07在线数据库汇总

在 7月期间 ,总共发表了医学相关在线数据库35 个。下面就来给大家介绍一下主要有哪些数据库,以及笔者比较感兴趣的数据库。

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聊着天就把分析给做了

之前我们介绍过一些用来预测基因在肿瘤当中表达情况的数据库。例如,GEPIA、UALCAN这些的。这些的数据库主要是通过输入目标基因,同时点击想要进行分析的模块就...

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TCGA蛋白分析数据库

功能蛋白质组学是对蛋白质在功能活性水平(例如表达和修饰)的大规模研究。对诸如癌症等复杂疾病的研究表明,遗传改变并不能说明该疾病的所有原因。蛋白质水...

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除了pubmed, ncbi还有哪些数据库

对于医学生而言,我们要是查询文献的话,更多使用的还是pubmed而不是web of science这样的文献检测数据库。关于pubmed,这个是属于NCBI旗下...

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具有蛋白质编码功能的人环状RNA的综合数据库

环状RNA是一类不具有5' 末端帽子和3' 末端poly(A)尾巴、并以共价键形成环形结构的非编码RNA分子。已知环状RNA在人类组织和细胞中广泛表达,并在生理...

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双向功能(编码和非编码)RNA数据库介绍

我们都知道,RNA根据其蛋白质编码能力与否分为mRNA和ncRNA,字面意思,mRNA会翻译为蛋白质来发挥作用,而ncRNA则作为调控因子在RNA水平发挥功能。...

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如何在cytoscape网络节点当中添加分布信息

2. 每个node的注释文件:这个文件有一个包含所有node的的列,其余的是对于每个node的注释。例如在每个分组当中的值

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候选基因那么多,如果选择核心基因?

在进行高通量测序的时候,我们在会得到很多的候选基因。但是对于基础实验而言,我们往往只需要寻找到这些基因当中重要的那些基因来进行后续的实验即可。但是这么多基因该怎...

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跟十分文章学做图

对于文献的阅读各有各的目的。我们在阅读文献之前都是带着各种目的去阅读的。比如需要写一篇综述,那阅读文献的时候,主要是来想要知道这篇文献目前的结论是什么;又比如想...

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有了这个网站,我可以预测基因的所有功能

我们在进行研究一个基因之前都要了解这个基因主要是功能是什么,或者它可能的功能是什么。如果要了解一个基因目前的功能的话。可以通过genecards来查找的。关于这...

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表达谱芯片没有ncRNA信息怎么办

在ncRNA还没有研究之前,好多表达谱芯片是没有ncRNA的注释信息的。这也就导致说很多表达谱的芯片,没办法分析ncRNA。对于芯片的探针而言,可以通过重注释的...

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代谢数据不会分析?用这个网站就够了

目前组学的数据越来越多。其中代谢组学也是其中一个热点。关于代谢组学的相关分析目前用的最多的还是MetaboAnalyst (https://www.metab...

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多基因转录因子调控网络预测

这个数据库整合了ENCODE;ReMap以及一些独立发表的CHIP-seq数据,同时还整合GTEx ;TCGA 以及ARCHS4内的RNA-seq数据内的转录因...

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如何通过机器学习更好的查找自己想要的文献

对于pubmed检索而言,相信很多人在刚开始使用的时候,会发现,在pubmed当中检索的结果好多都不是我们想要的。感觉有时候根本就不懂我们想要什么内容。如果有这...

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