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基因组变异对于 ceRNA 调控影响的数据库

lncRNA(long non coding RNA)发挥功能的方式,目前研究最多的还是ceRNA 的功能。经典的ceRNA调控网络是通过 lncRNA-miR...

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TCGA泛癌全基因组分析(PCAWG)介绍

我们都知道在TCGA数据库当中,包括了33种所有实体肿瘤的测序的结果(如果不知道的话,可以看我们今天的第二条推送哦!)。我们在进行TCGA数据分析的时候,除了可...

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《数据可视化基础》第九章:比例可视化(二)

在上面说到堆叠条形图的时候,我们说到,由于内部比例相对变化的问题。所以不建议用堆叠的条形图来可视化时间序列的数据。但是如果只有两个分组的话,那么就可以使用堆叠的...

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《数据可视化基础》第九章:比例可视化(一)

以下部分是基于《Fundamentals of Data Visualization》学习笔记,最近可能会不定期连载哦!要是有兴趣还等不及更新的话,可以直接看原...

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《数据可视化基础》第八章:一次性可视化很多分布

以下部分是基于《Fundamentals of Data Visualization》学习笔记,要是有兴趣的话,可以直接看原版书籍:https://serial...

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《数据可视化基础》第七章:分布可视化:经验累积分布函数和q-q图

以下部分是基于《Fundamentals of Data Visualization》学习笔记,要是有兴趣的话,可以直接看原版书籍:https://serial...

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《数据可视化基础》第六章:分布可视化:直方图和密度图

以下部分是基于《Fundamentals of Data Visualization》学习笔记,要是有兴趣的话,可以直接看原版书籍:https://serial...

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肠道菌群数据库

肠道菌群在最近的几年也开始成为了我们的研究热点。对于肠道菌群的研究,基本上就是先通过宏基因组测序来分析不同分组之间的肠道菌群的变化。之前刚开始研究的时候,都是自...

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人类蛋白免疫组化表达数据库

我们在进行基因的蛋白表达检测的时候,通常的方法是进行western blot以及免疫组化进行检测的。对于这两个实验都是需要提前买抗体进行检测的,但是抗体又贵,如...

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数据库使用的隐藏技巧

我们使用的很多数据库,其实数据库里面的所有内容都是分析好的。我们在使用数据库的时候,其实就是在所有的结果里面去寻找我们想要的数据结果。类似于一个检索的功能。而这...

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TCGA、ICGC、GTEx 数据库都是啥?

我们在进行数据库介绍,尤其是肿瘤相关数据库的时候,经常会提到说这个使用了 TCGA/GTEx 数据库的数据,那么这两个数据库到底是什么呢?为什么会有用这两个数据...

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TCGA免疫浸润评价数据库

对于RNA-seq的数据,之前我们的分析方法只是局限于单个基因之间的整合分析,最多也就是做一下富集这样的聚类分析。前段时间随着肿瘤免疫的热度,也有人试着开始利用...

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基因还有浏览器?

Genome Brower(基因浏览器)是一种把基因的结构按照序列核苷酸的顺序排列的浏览方式,我们在最基本的浏览器上能看到某一段区域内DNA水平下的核苷...

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超级增强子相关调控分析

在基因转录调控方面,基因的启动区域会受到转录因子的调控,进而影响基因的功能。这样和转录因子结合的区域,我们称之为增强子。而超级增强子的话,则是包含了...

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生信加实验文章解读

目前对于很多高分文章其实好多都是组学+实验的方式来做的。只不过各自比重不一样。好一些的可能只是那组学数据当作一个引子,中等的可能就是大部分是数据分析后面的实验只...

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选择性多聚腺苷酸化系列帖介绍

最近一直是在总结核酸研究杂志2019发表的数据库(关于这个他们杂志专门发了一个总结文献,感兴趣的可以去看看,PMID: 31906604,如果懒得自己看,可以每...

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基于实验的lncRNA功能汇总数据库

目前大部分lncRNA相关的数据库都是依赖高通量测序,而今天我们介绍的这个数据库以实验验证为基础,收集2016年5月1日前的所有lncRNA实验数据,并整合了...

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GDSC与其他药敏多组学数据库

前面我们介绍了GDSC数据库,接下来我们来了解一下其他的肿瘤药敏数据库。这些数据库的共同点目标均是以体外试验作为体内试验的研究基础,最终的目标均是为了实现肿瘤精...

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[数据库介绍]MEXPRESS:TCGA甲基化分析数据库

显示的主要结果是一个可视化各个组学信息的热图上。其中最上面的是对于每个信息的注释信息。下面的是具体的结果信息。结果信息包括

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m6A数据库总体评价介绍

通过对昨天检索到的的20个得到的数据库进行整理总结,我们发现一共有19个是和m6A相关(没有关系是因为在摘要当中也提到了m6A,所以我们也就提取到了),在19个...

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