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蛋白质二级结构预测

蛋白质二级结构

α-螺旋(α-Helix)

蛋白质中最丰富的的二级结构

β-折叠片(β-Sheets)

具有平行(parallel)与反平行(antiparallel)两种形式

环区(Loops)

连接螺旋和折叠结构 常位于蛋白结构表面,多为带点和极性氨基酸 常为活性位点组成部分

无规则卷曲(Disordered regions)

Jpred

Jpred 是一种蛋白质二级结构预测网络服务器,由Barton Group创建于1998年。通过提交单一蛋白质序列或多重蛋白质序列并运行,Jpred就可以预测出蛋白质序列的二级结构:α-螺旋、β-折叠或无规则卷曲。Jpred应用了Jnet神经网络算法,准确率达到了76.4%。

PSI-PRED

PSI-PRED用到了两级神经网络。它首先用PSI-BLAST迭代搜索序列数据库,并根据搜索出来的蛋白质建立目标蛋白质的profile (序列谱),从而将蛋白质氨基酸序列用profile来表示,对每个位点最终选择前后共15个位点组成一个窗口(windows)输入神经网络进行二级结构预测。PSI-PRED的预测准确率可达75%。

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