把你的shiny网页工具部署在云服务器

生信技能树

发布于 2020-07-21 10:51:58

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发布于 2020-07-21 10:51:58

文章被收录于专栏：生信技能树

以下是投稿

缘由

我们课题组有一份油菜的核心种质资源，前几年经重测序之后已经发表了。但是课题组后面很多的项目都基于这份核心种质资源，实验室成员常常需要检索分析某些基因的特定SNP，所以我在自学了一段时间的Shiny之后就尝试着搭建了一个Shiny app并利用Shiny-server部署在课题组的服务器上，但是由于我开发的这个Shiny app本来就打开比较慢，加上很多时候服务器负荷运行，导致Shiny app打开速度就更慢了，有的时候甚至加载时间过长直接打不开。恰巧我紧跟生信技能树推文更新，了解到可以搞个云服务器来部署Shiny应用。

购买服务器

一开始@思考问题的熊建议我利用RStudio的Shinyapp.io部署Shiny应用，看名字就知道这是RStudio专门开发的用于部署Shiny应用的一个服务器，有免费版也有企业版的，对于我来说免费版的就足够了，具体使用可以参考官方手册，我这里不讲，因为我的应用无法部署上去，我使用到的一个包genetics显示来源有问题，不兼容。具体就是这个包我是从CRAN安装的，但是利用rsconnect检测的时候显示genetics的来源是BioConductor，这就很尴尬了，Google发现很多用户都遇到个类似的问题，有的解决办法是从GitHub上安装绕过了这个问题，genetics好像不能通过GitHub安装，所以没办法只能弃之，自己购买一个云服务器进行部署。

服务器产商很多，国外的AWS我也尝试注册过，它提供为期一年的免费试用，但是注册激活的时候需要填信用卡信息，我没有，只能放弃，转向国内的云服务器。国内的服务器主要有阿里云aliyun、腾讯云Tencent Cloud以及华为云HUAWEI CLOUD等，生信技能树也专门写了推文介绍，有需要的朋友关注生信技能树看推文哈！

我最后选了阿里云，先进入阿里云,注册登录，然后学生认证。

我直接购买了一年的学生套餐，瞄了一眼，发现还能领个20元的优惠券：

最后94元就买一年的最低配（1核2G，1M带框，40G云盘）的服务器，我主要是用来部署服务器，所以容易足够了。地域选择的话我选了华东（杭州），我不记得在哪看了篇博客，里面测试发现不同区域之间差别不大，所以我也没纠结，就选了所在城市地域。系统我就选了Ubuntu16.04 64位（好像只有这一个Ubuntu版本可选）

购买之后进入控制台，里面有云服务器的详细信息，对我最有用的话就是有个公网IP了，这样我的Shiny app全世界都能访问了！

配置服务器

有了云服务器就能各种折腾了，我已经折腾过好几台服务器了，所以比较顺利就安装配置好了部署环境，新手的话参考生信技能树的帖子：如果有一个新的服务器你会做什么？，基本能顺利地走通。

我这里就只讲一下安装Shiny-server，默认你已经安装了R语言以及Shiny包：

首先进入官网下载，里面有详细的安装方法：

sudo apt-get install gdebi-core
wget https://download3.rstudio.org/ubuntu-14.04/x86_64/shiny-server-1.5.14.948-amd64.deb
sudo gdebi shiny-server-1.5.14.948-amd64.deb

安装好之后，会自动创建shiny用户。

需要注意的是，你购买的云服务器你进去之后实际上是root用户登录的，我一开始部署的时候由于安装的包都是root用户安装的，所以就修改了配置问题，用root用户运行Shiny-server，开始的时候运行正常，后面突然莫名其妙就运行不了，所以我最后不得不将所有R包都删了，然后以shiny用户登录。

shiny用户登录好之后，我先进行了一下设置，主要是R语言以及shiny-server设置：

# vi .Rprofile
Sys.setenv(LANG="en_US.UTF-8")
options=(repo = c(CRAN = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")

# vi .Renviron
R_LIBS=/home/shiny/R_Library

然后shiny-server配置文件如下：

# Instruct Shiny Server to run applications as the user "shiny"
preserve_logs true;
sanitize_errors false;
run_as shiny;

# Define a server that listens on port 3838
server {
  listen 3838;

  # Define a location at the base URL
  location / {

    # Host the directory of Shiny Apps stored in this directory
    site_dir /srv/shiny-server;

    # Log all Shiny output to files in this directory
    log_dir /var/log/shiny-server;

    # When a user visits the base URL rather than a particular application,
    # an index of the applications available in this directory will be shown.
    directory_index on;
  }
}

然后就是安装各种需要用到的R包了，这里不讲，网上教程太多了，ubuntu学徒安装R包失败可以肯定的是遇到各种依赖缺失的问题，这个时候就Google或者百度了，缺啥补啥！

需要注意的是，由于我购买的是最低配的服务器，所以有些需要编译的R包有时候会由于内存不足，编译安装失败，这个时候我的建议是多安装几次，总会成功的！

所有准备环境准备好了之后，就可以将Shiny app文件上传到/srv/shiny-server目录里面，可能需要修改目录所属权限：

sudo chown -R shiny:shiny shiny-server

剩下就差最后最后一步了，云服务器多了个安全组，需要进入控制台进行设置：（左边侧栏）网络与安全-安全组，进入之后手动添加开通3838端口就行了。此时浏览器打开 http://公网ip:3838/app名就可以看到自己部署的应用了！我这次部署了两个应用 http://121.41.229.126:3838/bnasnpdb 和 http://121.41.229.126:3838/gwas ，目前运行良好，打开速度也还行！