ggplot2| 绘制KEGG气泡图
对生信分析中得到的一些基因，进行KEGG富集分析，达到对基因进行注释和分类的目的。
本文利用R语言的ggplot2包，从头带您绘制文献级别的KEGG富集分析气泡图。
一 载入数据集和R包
library(ggplot2)
pathway = read.csv("KEGG.csv",header=TRUE,check.names = FALSE)
head(pathway)
不同软件得到的KEGG结果的列名称可能不一致，但是这几列几乎都会有。
二 绘制KEGG气泡图
2.1初始化数据并绘制散点图
ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY)) +
geom_point()
可在以下几个方面进行优化：
A：标题，横纵坐标轴；
B：按照通路上基因的多少定义点的大小；
C：根据P值定义点的颜色；
2.2 修改点的大小
#按照Gene个数定义点的大小
ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY)) +
geom_point() +
geom_point(aes(size=Gene))
2.3 修改点的颜色
#定义连续型的配色
ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY))+
geom_point(aes(size=Gene,color=-1*log10(Qvalue)))+
scale_color_gradient(low="green",high = "red")
三 汇总展示
ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY))+
geom_point(aes(size=Gene,color=-1*log10(Qvalue)))+
scale_color_gradient(low="green",high = "red")+ #
labs(color=expression(-log[10](Qvalue)),size="Gene", ##expression函数定义函数样式 []添加下标，^添加上标
x="Pvalue", ##自定义标轴
y="Pathway name",
title="Pathway enrichment")+ ##自定义坐标轴
四 参考资料
ggplot2：数据分析与图形艺术
好了，更换成自己的数据集即可以自己动手绘制KEGG通路气泡图了。
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原始发表：2019-06-24，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除
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