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R语言确实会蛮耗费磁盘空间哦

我们一直强调大家需要安装在C盘,主要是因为大家都是新手,怕大家各自折腾带来各种各样的稀奇古怪的报错,增加我们教学辅助团队的负担!

但是这个过程中,总有学员抱怨到自己的C盘空间不够, 我们的R语言会不会耗费磁盘空间。我们通常是先安慰一下,R仅仅是几十个M而已,各种R包通常是几个M,不会太耗费磁盘空间的。

实际上呢,这个耗费磁盘空间与否取决于你对R语言的需求,如果是简单的统计可视化,大部分R包都非常精简,但是对生物信息学来说,就不一样了。最近我的Mac电脑升级了一下R语言,顺便看了看R包的安装地址,如下:

R version 4.0.2 (2020-06-22) -- "Taking Off Again"
Copyright (C) 2020 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-apple-darwin17.0 (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

  Natural language support but running in an English locale

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

> .libPaths()
[1] "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/library"
>

所以我就去终端自行看了看不同版本的R的各个空间耗费情况,可以看到

cd /Library/Frameworks/R.framework/Versions/
du -h -d 1 
# 可以看到文件夹大小如下所示:
 12G    ./3.4
10.0G   ./3.5
3.9G    ./3.6
126M    ./4.0
 26G    .
(base) jianmingzengs-iMac:Versions jmzeng$

也就是说我的R经历了非常多的版本,其中 3.4和3.5两个版本的R里面的包,多达20G。

因为我的Mac是3T的硬盘,而且呢,MAC并没有C盘的概念,所以就无所谓。

很多人的Windows电脑其实就给自己的C盘100G左右,很容易就会被占满了。

其实可以自己安装R语言在C盘,但是呢,可以自己设置R包存放地址,但是对初学者来说,这个又会带来新的麻烦。其实对初学者来说,尤其是中国大陆的学生,安装R包,最重要的是切换镜像,代码如下:

options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")
options("repos" = c(CRAN="http://mirrors.cloud.tencent.com/CRAN/")) 
options(download.file.method = 'libcurl')
options(url.method='libcurl')

BiocManager::install("miRNAtap",ask = F,update = F)
BiocManager::install("topGO",ask = F,update = F)
BiocManager::install("miRNAtap.db",ask = F,update = F)

另外:r全套资料

很多朋友之所以学习R语言其实就是为了重复一些简单的数据库挖掘文章,所以我也顺便录制了GEO数据库挖掘课程,代码在:https://github.com/jmzeng1314/geo,如果你网络很差,就下载打包版本的geo代码,https://share.weiyun.com/5vrfsqv,并且一定要做作业,比如https://mp.weixin.qq.com/s/4VP8fK5rTRW9aiJwYFxzNw

配套教学视频在B站:https://www.bilibili.com/video/av26731585/

还有一个公共数据库挖掘:https://www.bilibili.com/video/av37568990

视频应该是都在:https://www.bilibili.com/video/av25643438/

如果是需要安装R包,请务必参考:http://www.bio-info-trainee.com/3727.html 代码

专门为R语言建立了 GitHub 仓库存放相关学习路线指导资料:https://github.com/jmzeng1314/R_bilibili

生信基石之R语言B站的10个小时教学视频务必看完,参考 GitHub 仓库存放的相关学习路线指导资料:https://github.com/jmzeng1314/R_bilibili ,可以参考一些优秀笔记,比如https://mubu.com/doc/2KUiSCfVsg

本文分享自微信公众号 - 生信技能树(biotrainee),作者:生信技能树

原文出处及转载信息见文内详细说明,如有侵权,请联系 yunjia_community@tencent.com 删除。

原始发表时间:2020-09-07

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