本次文献解读涉及到三篇文章。这里要解读的第一篇是创建数据集的文章,后面的两篇文章在第一篇文章的数据集基础上进行了探索。
数据集(GEO:GSE76275)
Discovery set | Validation set | Public TNBC dataset |
---|---|---|
84 | 114 | 7 |
分类,得到四种亚型 | 验证这种分类的可靠性 | 公共数据验证 |
结果:最后分类得到四个不同的亚型,而且这四个亚型分别具有不同的遗传意义(文章高分亮点)
亚型 | 亚型特异性的靶点 |
---|---|
Luminal-AR(LAR) | androgen receptor(雌性激素受体)和cell surface mucin MUC1( 细胞表面黏蛋白) |
Mesenchymal (MES) | growth factor receptor (PDGF 受体A;c-Kit)生长因子受体 |
Basal-like Immune-Supressed (BLIS) | immune suppressing molecule (VTCN1)免疫抑制分子 |
Basal-like Immune-Activated (BLIA) | Stat signal transduction molecules (Stat 信号传导分子)和 cytokines(细胞因子) |
hgu133plus2.db
affy
package in R做表达量分析DEDS
(Differential Expression via Distance Summary)NMF
)IPA
软件(Ingenuity System‘ Interactive Pathway Analysis) 来做注释分析NMF
(Non-negative Matrix Factorization),非负矩阵分解,一种特殊的聚类
非负矩阵分解通过通路注释得出结论,因为每个亚类都有很多基因参与到相关的生物学过程
==Note== 这篇文献是在上一篇文献的基础上做了生存分析
背景知识:
癌症亚型
摘要重点
DAVID
软件)Cytoscape
的MCODE
插件)METABRIC
)
生存分析视频观看方式
我把3年前的收费视频课程:3年前的GEO数据挖掘课程你可以听3小时或者3天甚至3个月,免费到B站:
然后马上就有了3千多学习量,而且有学员给出来了图文并茂版本万字笔记,让我非常感动!