分子对接教程 | (3) 配体分子文件格式转换

然后点击图片，下载的就是mol2格式的分子文件。

还有一个数据库能下载mol2格式的文件。ZINC(http://zinc.docking.org/)，这里就不介绍了，你要是能从上面的数据库下载到你配体小分子的mol2格式文件，就直接用，如果不能，那就是去PubChem数据库(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)下载sdf文件，然后进行转换，这也是我这里要介绍的。

首先在PubChem数据库检索你的化合物，进入相应的页面，3D Conformer处点击下载，会有sdf格式文件的下载选项。

分子格式文件的转换，需要OpenBabel这个软件，这个软件能实现各种格式转换，用起来也挺简单的。

打开软件，左侧选择我们的输入文件，是什么格式的就选择什么格式的，右侧输入文件，要什么格式选择什么格式，最后点击中间的CONVERT,就会在输出路径的下产生相应的输出文件。我这里转换成了PDB，因为mol2格式的文件我们从TCMSP这个数据库下载了。