专栏首页生物信息云分子对接教程 | (3) 配体分子文件格式转换

分子对接教程 | (3) 配体分子文件格式转换

我们知道,分子文件的格式很多,比如mol,sdf等,但AutoDock这个软件不识别sdf这样的格式文件,而我们通常下载的文件就是sdf这个格式的文件。我们需要转换成mol2或者PDB格式的文件,才能被AutoDock这个软件所读入。当然,有一些分子我们是可以从一些数据库中直接下载mol2格式文件的。比如一些中药成分小分子,我们可以从TCMSP这个数据库下载(https://tcmspw.com/),比如:quercetin

然后点击图片,下载的就是mol2格式的分子文件。

还有一个数据库能下载mol2格式的文件。ZINC(http://zinc.docking.org/),这里就不介绍了,你要是能从上面的数据库下载到你配体小分子的mol2格式文件,就直接用,如果不能,那就是去PubChem数据库(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)下载sdf文件,然后进行转换,这也是我这里要介绍的。

首先在PubChem数据库检索你的化合物,进入相应的页面,3D Conformer处点击下载,会有sdf格式文件的下载选项。

分子格式文件的转换,需要OpenBabel这个软件,这个软件能实现各种格式转换,用起来也挺简单的。

打开软件,左侧选择我们的输入文件,是什么格式的就选择什么格式的,右侧输入文件,要什么格式选择什么格式,最后点击中间的CONVERT,就会在输出路径的下产生相应的输出文件。我这里转换成了PDB,因为mol2格式的文件我们从TCMSP这个数据库下载了。

本文分享自微信公众号 - MedBioInfoCloud(MedBioInfoCloud),作者:DoubleHelix

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原始发表时间:2021-01-30

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