文章复现-No.1-Rosetta-KIC-Part.1

说了要复现一下那篇文章，那就一步一步来看看

先看算法KIC，是kinematic closure 的简称，翻译一下运动学闭环，以前是用做机器人的，现在引入到rosetta中，其实你们说学科交叉什么太先进，我觉得也就那样子，结构生物学，首先是具有三维结构特性然后再发挥生物活性，哪怕未来有航天领域技术引入这个行业，我都不是很惊讶。

回归正题，KIC，原先是为机器人设计的，或者是控制机器臂

我是视觉型学习者，所以先看图

简单来说，KIC将蛋白分为了两个部分：pivot（中心点）以及non-pivot（非中心点）部分

你可以看到橘黄色的原子为pivot，而其余颜色的原子为non-pivot

1.算法初期会随机指定三个原子作为pivot

2.位于中间的pivot原子将多肽分为两个部分，两个pivot原子之间的非pivot原子间的扭转角会被随机采样(基于拉氏图)

3.随后一步是闭合，kic算法会调整三个pivot碳阿尔法原子上的扭转角度来使其闭合，以便减少对剩余结构的影响

从下面这张图可以更为清晰的知晓

你可将其分为两个阶段

1.低分辨率阶段，氨基酸侧链作为质心，首先KIC会在单独的片段上进行，然后对骨架进行最小化，MC算法，迭代

2.高分辨率阶段，首先KIC会在单独的片段上进行，然后侧链优化以及骨架优化，MC算法，迭代

最终拿到了低能构象

参考：

https://zhuanlan.zhihu.com/p/76390180

https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0063090

https://new.rosettacommons.org/docs/latest/scriptingdocumentation/RosettaScripts/compositeprotocols/generalized_kic/GeneralizedKIC

https://www.rosettacommons.org/demos/latest/tutorials/GeneralizedKIC/generalizedkinematicclosure_1#:~:text=Kinematic%20closure%20algorithms%20were%20originally%20developed%20for%20the,of%20atoms%20with%20well-defined%20start%20and%20end%20points.

https://math.unm.edu/~vageli/papers/loop.pdf