细胞器基因组组装利器~GetOrganelle~推荐组装命令介绍

GetOrganelle推荐组装命令介绍--reads开始

优先推荐的命令--auto（高等植物叶绿体基因组）

get_organelle_from_reads.py -1 sample_1.fastq.gz -2 sample_2.fastq.gz -F embplant_pt -o output-plastome -R 10 -t 1 -k 21,45,65,85,105

命令中的参数说明

• -1和-2 正向和反向测序原始数据文件 (如果是单向测序, -u)
• -F 设定要组装的基因组类型*
• -o 结果输出保存的目录(文件夹)名称
• -R 提取叶绿体基因 reads 的轮次(轮次越多,耗时越长)
• -t 并行使用 CPU 的数量(多核可提速)
• -k 调用SPAdes进行 denovo组装的k-mer,数值必须是奇数, 最大值是127

*基因组类型：embplant_pt(高等植物叶绿体), embplant_mt(高等植物线粒体)和 embplant_nr(高等植物核糖体 RNA), animal_mt (动物线粒体), fungus_mt (真菌线粒体)

设定 word-size的命令模板（高等植物叶绿体基因组）

get_organelle_from_reads.py -1 sample_1.fastq.gz -2 sample_2.fastq.gz -F embplant_pt -w 0.6 -o output-plastome -R 10 -t 1 -k 21,45,65,85,105

命令中的参数说明

• -1和-2 正向和反向测序原始数据文件(如果是单向测序,-u)
• -F 设定要组装的基因组类型
• -o 结果输出保存的目录(文件夹)名称
• -R 提取叶绿体基因 reads 的轮次(轮次越多,耗时越长)
• -t 并行使用 CPU 的数量(多核可提速),默认值是1
• -k 调用SPAdes进行 denovo组装的k-mer,数值必须是奇数,最大值是127
• -w 提取叶绿体基因reads 时使用的长度比例或实际长度*

*word-size：提取叶绿体基因reads 时，可以使用reads 长度的比例(ratio)，也可以设置实际长度的word-size。例如：如果使用ratio=0.6, 即 reads长度是150bp时，设置的word-size = 90bp，等同于设置 “-w 90”。

组装高等植物线粒体基因组的命令

get_organelle_from_reads.py -1 sample_1.fastq.gz -2 sample_2.fastq.gz -w 0.6 -F embplant_mt -o output-mitochondria -R  30 -k 21,45,65,85,105

组装高等植物核糖体 DNA的命令

get_organelle_from_reads.py -1 sample_1.fastq.gz -2 sample_2.fastq.gz -F embplant_nr -o output-nrDNA -R 10 -k 21,65,105

GetOrganelle推荐组装命令介绍 --assembly 开始

常用推荐的命令（高等植物叶绿体基因组）

get_organelle_from_assembly.py -g assembly_graph.fastg -F embplant_pt -o output-plastome

命令中的参数说明

• -g SPAdes组装得到的FASTG的assembly graph
• -F 设定要组装的基因组类型
• -o 结果输出保存的目录(文件夹)名称

他参数的命令（高等植物叶绿体基因组）

get_organelle_from_assembly.py -g assembly_graph.fastg -F embplant_pt -o output-plastome --min-depth 10  --max-depth 10000

命令中的参数说明

• -g SPAdes组装得到的FASTG的assembly graph
• -F 设定要组装的基因组类型
• -o 结果输出保存的目录(文件夹)名称
• --min-depth 剔除graph中depth低于阈值的contigs
• --max-depth 剔除graph中depth高于阈值的contigs
• --min-depth 10 ”和“--max-depth10000”这两条命令是备选的，具体的depth需要可以自行设定。

GetOrganelle推荐组装命令介绍—graph.gfa开始

使用Bandage编辑保存是graph.gfa后*，

两步命令:

gfa_to_fastg.py graph.gfa

get_organelle_from_assembly.py -g graph.gfa.fastg -F embplant_pt -o output-plastome --no-slim

命令中的参数说明

• -g Bandage梳理后转换为fastg的graph*
• -F 设定要组装的基因组类群:embplant_pt(叶绿体),embplant_mt(线粒体)和embplant_nr(核糖体 RNA)
• -o 结果输出保存的目录(文件夹)名称

*，使用Bandage编辑后，可以“merge all possible nodes”，然后再输出的文件格式gfa图形文件，gfa文件可以用gfa_to_fastg.py做一下转换。虽然gfa也是图形文件，但是图形内容与fastg有差异些复杂图形会输出失败。

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