文章复现-No.1-Rosetta-KIC-Part-5

DrugScience

发布于 2021-04-23 14:33:56

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发布于 2021-04-23 14:33:56

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RosettaScripts: A Scripting Language Interface to the Rosetta Macromolecular Modeling Suite Fleishman SJ, Leaver-Fay A, Corn JE, Strauch EM, Khare SD, et al. (2011) RosettaScripts: A Scripting Language Interface to the Rosetta Macromolecular Modeling Suite. PLOS ONE 6(6): e20161. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0020161

刚好前几天查了一下Fleishman SJ的资料，现在放一下

Sarel Fleishman

以色列科学家,目前在以色列魏茨曼科学研究所(Weizmann Institute of Science)，

研究所主页：https://www.weizmann.ac.il/pages/，个人主页：https://fleishmanlab.weizmann.ac.il,

除了PROSS，还有FUNLIB等，rosetta套装中的AbDesign，AbPredict，RosettaScripts等也是由Fleishman主导的，

有很多软件均可以在官网进行online版本的使用，local版本是否学术用户可以本地下载使用未知，不过Fleishman好像很钟情于RosettaScripts。

XML骨架

按照昨天的理解，<ROSETTASCRIPTS> 为根节点，剩余的均为其子节点，任何在<>之外的字符都会被忽略，仅有output没有闭合，

对了XML格式大小写敏感，所以SCOREFXNS不等于scorefxns

先看一个骨架XML格式

<ROSETTASCRIPTS>
    <SCOREFXNS>
    </SCOREFXNS>
    <RESIDUE_SELECTORS>
    </RESIDUE_SELECTORS>
    <TASKOPERATIONS>
    </TASKOPERATIONS>
    <SIMPLE_METRICS>
    </SIMPLE_METRICS>
    <FILTERS>
    </FILTERS>
    <MOVERS>
    </MOVERS>
    <PROTOCOLS>
    </PROTOCOLS>
    <OUTPUT />
</ROSETTASCRIPTS>

一般描述以及案例

RosettaScripts旨在提供一个xml脚本化接口，开发人员的所有任务。

有了这样一个可编写脚本的界面，希望非程序员能够将不同的设计策略进行组合，并将它们应用到自己的实际中。也希望通过一个通用界面，人与人之间的代码共享会更加顺畅。

此应用程序中实现的movers和filters如下所述。未来会不断更新。

protein-interface design, protein docking, enzyme-design, ligand-docking and -design, monomer design, and DNA-interface design此类设计可以被RosettaScripts实现，loop modeling and structure relaxation也ok

在最抽象的层次上，interface design需要的所有计算分为两类：Movers 和 Filters。

RosettaScript仅仅是一个Movers和Filter序列。Movers改变复合物的构象，例如对接/设计/最小化；Filter决定改变后的构象是否应继续进行后续步骤。Filter是为了减少计算量。RosettaScript仅仅是一个Movers和Filter序列。

XML案例

以下现代示例使用：in:file:native，用于最小化蛋白的CDR loop，计算minimization前后的各种度量。所有指标都将输出到指定前缀/后缀的scorefile。



<ROSETTASCRIPTS>
  <SCOREFXNS>
  </SCOREFXNS>
  <RESIDUE_SELECTORS>
    <CDR name="L1" cdrs="L1"/>
  </RESIDUE_SELECTORS>
  <MOVE_MAP_FACTORIES>
    <MoveMapFactory name="movemap_L1" bb="0" chi="0">
      <Backbone residue_selector="L1" />
      <Chi residue_selector="L1" />
    </MoveMapFactory>
  </MOVE_MAP_FACTORIES>
  <SIMPLE_METRICS>
    <TimingProfileMetric name="timing" />
    <RMSDMetric name="rmsd" rmsd_type="rmsd_protein_bb_heavy" residue_selector="L1" use_native="1"/>
    <SelectedResiduesMetric name="rosetta_sele" residue_selector="L1" rosetta_numbering="1"/>
    <SelectedResiduesPyMOLMetric name="pymol_selection" residue_selector="L1" />
    <SequenceMetric name="sequence" residue_selector="L1" />
    <SecondaryStructureMetric name="ss" residue_selector="L1" />
  </SIMPLE_METRICS>
  <MOVERS>
    <MinMover name="min_mover" movemap_factory="movemap_L1" tolerance=".1" /> 
    <RunSimpleMetrics name="run_metrics1" metrics="pymol_selection,sequence,ss,rosetta_sele" prefix="m1_" />
    <RunSimpleMetrics name="run_metrics2" metrics="rmsd,timing,ss" prefix="m2_" />
  </MOVERS>
  <PROTOCOLS>
    <Add mover_name="run_metrics1"/>
    <Add mover_name="min_mover" />
    <Add mover_name="run_metrics2" />
  </PROTOCOLS>
</ROSETTASCRIPTS>

Rosetta将执行PROTOCOLS中规定的操作顺序。重要的是，SimpleMetrics and Filters永远不会改变结构的序列或构象。Movers改变了Pose，输出文件是按顺序应用movers的结果。

本文参与腾讯云自媒体同步曝光计划，分享自微信公众号。

原始发表：2021-04-03，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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