7.11-7.17 交流群问题汇总第4期

关键词：

中性模型；距离指数；LULU；数据分析样本量；STITCH数据库；差异分析；非参数检验；终端和Windows浏览CSV；网络

1. 中性模型方法选择？

有人问中性模型不同代码出来结果差别很大。

我的文章介绍过两套代码：

ISME+Microbiome：Sloan随机性方法的发展及代码

MicEco：计算Sloan随机性的另一方法

其中MicEco直接用的是MLE的方法，而ISME的代码共包含了三种模型，其中就有MLE。也就是说两者的MLE方法是一样的。ISME另外两种模型的结果可能不同。

2. 一组样本只有一个Bray-Crutis距离值？

组内两两距离求平均即可，就不需要表示为两两之间的距离了。

3.LULU

发现之前文章一个错误：

在 不让人省心的LULU！ 中，中间有句话写错了，更正如下：

4.数据分析的一个样本问题:所有样本一起分析还是分组分别分析？

这是我最近遇到的一个问题，写成了一篇公众号：

数据分析的一个样本问题:所有样本一起分析还是分组分别分析？

5.统计菌种与各种分子、信号通路、疾病关系的数据库？

STITCH有一些：http://stitch.embl.de/

6.两组样本数量相差很大，求均值显著性用什么方法？

welch test 或Mann-Whitney test

7.非参数检验是比较中位数还是均数？

非参数检验准确来说比较的是mean rank,有很多人认为这个mean rank是median。

在大部分情况下是median,但是在某些情况下的确不是median,比如两组样本median一样,但是wilcoxon test依然显著的例子也是存在的。非参数检验本身基于rank，不需要自己去做rank。

虽然像类似wilcoxon test是基于rank的，但是生存分析的kaplan–meier就不是基于rank的非参数检验方法。但kaplan–meier的d和n已经按时间排好序了，所以不需要再按照数值排序了。不能完全说不是秩分析。

8. 终端方便浏览CSV或TSV等文件一个工具:

https://github.com/codechenx/tv

作者为 @陈秀强-德国莱布尼茨学会

9. Windows查看CSV或TSV等文件：

EmEditor

https://zh-cn.emeditor.com/text-editor-features/history/emeditor-free/

Subline

10. MENA做网络分析如何确定cutoff值

P值要都大于0.05的条件下，选择相同的cutoff。

判断网络好不好，可以看的R2。尽量不要小于0.7。majority选大一点，cutoff别太低，基本上R2就不会低。