Microbiology Spectrum发表仔猪肠道微生物菌株库和基因组集

肠道微生物在仔猪断奶过程中扮演着非常重要的角色，微生物的紊乱可引发仔猪断奶后腹泻，甚至死亡，因此研究仔猪的肠道微生物的组成至关重要。2022年2月16日，青欧生命科学高等研究院联合深圳华大生命科学研究院、深圳国家基因库以及广东省农科院在Microbiology Spectrum（IF: 7.1712）期刊在线发表了仔猪肠道微生物基因组的最新研究成果“A bacterial genome and culture collection of gut microbial in weanling piglet”，实现了对仔猪肠道微生物的基因组和功能的全面解析。

支持此项研究的数据已存储于国家基因库生命大数据平台（CNGBdb），项目编号分别为：CNP0002075和CNP0002072 。

*上述数据为受控数据，如有下载需求请向国家基因库数据受控中心(CDA)申请授权。

研究内容

该研究以42头仔猪作为研究对象，分别采集42份仔猪的粪便以及结肠、盲肠内容物，采用了宏基因组学和培养组学技术对这些样本中的微生物进行了全面的宏基因组、基因组及功能解析，构建了266株高质量的培养菌参考基因组和482个宏基因组组装基因组（MAGs）。这些基因组数据可以聚类成482个种，隶属于10个门，其中包含了5个古菌基因组。

748基因组进化树

在基因水平对现有基因集贡献了大量新的基因，并更新现有基因组的数据至10兆。功能水平也进行了全面解析，分别在抗性基因、次级代谢产物进行功能表征。泛基因组分析发现Limosilactobacillus reuteri（罗伊氏乳杆菌）的产Reuterin（罗伊菌素）具有菌株水平的特异性，并辅以实验进行验证。这些资源和数据对猪肠道微生物全面解析提供了重要基础，也为仔猪断奶补充益生菌预防腹泻提供了重要的益生菌资源。

拓展现有猪肠道微生物基因集到10M；泛基因组分析罗伊菌素合成基因分布

748基因组功能谱分析（碳水化合物代谢、抗生素抗性、次级代谢产物合成）

原文链接：

https://journals.asm.org/doi/10.1128/spectrum.02417-21

参考文献：

[1] Dong B, Lin X, Jing X, Hu T, et al. 2022. A bacterial genome and culture collection of gut microbial in weanling piglet. Microbiology Spectrum e0241721. DOI: 10.1128/spectrum.02417-21

[2] Xiao L, Estelle J, Kiilerich P, Ramayo-Caldas Y, et al. 2016. A reference gene catalogue of the pig gut microbiome. Nat Microbiol 1:16161. DOI: 10.1038/nmicrobiol.2016.161

信息及图片来源：“青欧生命科学高等研究院”公众号