肿瘤异质性研究的天花板（立体空间，单细胞，多组学）

发表在 Gastroenterology 2021; 的文章：《Immunogenomics of Colorectal Cancer Response to Checkpoint Blockade: Analysis of the KEYNOTE 177 Trial and Validation Cohorts》，其探索肿瘤异质性的实验设计值得学习，涉及到的组学及其它技术之多基本上是肿瘤异质性研究的天花板。

课题设计如下所示：

课题设计

可以看到，每个CRC病人都是 formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) 样品，被切割成为了24个区块分别去做不同的实验：

• multiregional CD3 immunohisto- chemistry (slides A, B, F, H, and J)
• IMC (slide C)
• mIF (slide D)
• WES (slides E1–E5)
• RNA-seq (slides G1–G5)
• TCR-seq (slides I1–I5)
• A-FRET detection of PD1-PDL1 interaction in situ (slides K1–K2).

值得注意的是这个研究里面的单细胞技术并不是我们通常提到的10x这样的单细胞转录组测序哦，是组织成像质谱流式（Imaging Mass Cytometry，IMC）技术，需要提前设计好不同标志物，通常是30~50个左右，有点类似于单细胞亚群的标记基因，足够分群，但是也仅限于次。

其分析方法接近于单细胞的降维聚类发和生物学命名，比如这个研究里面的：20,890 T cells in 38 regions from 16 CRCs of the discovery cohort.

T细胞亚群

其它免疫细胞亚群比如髓系里面的巨噬细胞，16,748 macrophages in 30 regions from 13 hypermutated CRCs in the discovery cohort. ：

髓系细分

其预先设置好的标记物可以任意组合去筛选细胞进行分析。

可能是因为组织成像质谱流式（Imaging Mass Cytometry，IMC）技术过于前沿和热点， 这个文章绝大部分篇幅都是在描述它的结果，主要是细胞比例的差异。反而把传统的WES和RNA-seq的结果一笔带过：

• RNA sequencing (RNA-seq) on 88 mac- rodissected regions of the discovery and validation cohorts.
• Whole-exome sequencing (WES) was conducted on 32 macrodissected tumor regions and matched normal tissue of the discovery cohort.