ggvenn画韦恩图

医学和生信笔记

发布于 2022-11-15 11:27:37

1.2K1

发布于 2022-11-15 11:27:37

韦恩图的画法实在是太多了，今天再介绍一个ggvenn，之前介绍过同类型的ggVenndiagram，但是对于边框颜色的更改不友好还介绍过一个非ggplot语法的venndiagram。

安装

# 2选1
install.packages("ggvenn") 

if (!require(devtools)) install.packages("devtools")
devtools::install_github("yanlinlin82/ggvenn")

使用

支持数据框和列表格式的输入数据。

列表

library(ggvenn)

## Warning: package 'ggvenn' was built under R version 4.2.1

## Loading required package: dplyr

## 
## Attaching package: 'dplyr'

## The following objects are masked from 'package:stats':
## 
##     filter, lag

## The following objects are masked from 'package:base':
## 
##     intersect, setdiff, setequal, union

## Loading required package: grid

## Loading required package: ggplot2

a <- list(`Set 1` = c(1, 3, 5, 7, 9),
          `Set 2` = c(1, 5, 9, 13),
          `Set 3` = c(1, 2, 8, 9),
          `Set 4` = c(6, 7, 10, 12))

两个集合：

ggvenn(a, c("Set 1", "Set 2"))

plot of chunk unnamed-chunk-3

三个集合：

ggvenn(a, c("Set 1", "Set 2", "Set 3"))

plot of chunk unnamed-chunk-4

不写名字会自动选前4个集合：

ggvenn(a)

plot of chunk unnamed-chunk-5

数据框形式

d <- tibble(value   = c(1,     2,     3,     5,     6,     7,     8,     9),
            `Set 1` = c(TRUE,  FALSE, TRUE,  TRUE,  FALSE, TRUE,  FALSE, TRUE),
            `Set 2` = c(TRUE,  FALSE, FALSE, TRUE,  FALSE, FALSE, FALSE, TRUE),
            `Set 3` = c(TRUE,  TRUE,  FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, TRUE,  TRUE),
            `Set 4` = c(FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, TRUE,  TRUE,  FALSE, FALSE))

ggvenn(d) # 不写名字也是默认选前4个集合

plot of chunk unnamed-chunk-6

对于tibble类型的数据还可以用ggplot2来画，data.frame的不行哦~

ggplot(d, aes(A = `Set 1`, B = `Set 2`, C = `Set 3`, D = `Set 4`)) +
  geom_venn() + theme_void() + coord_fixed()

plot of chunk unnamed-chunk-7

细节修改

填充色
- fill_color：填充色，默认是"blue", "yellow", "green", "red"
- fill_alpha：填充透明度，默认0.5
边框色
- stroke_color：边框色，默认黑色
- stroke_alpha：边框透明度，默认1
- stroke_size：边框粗细，默认1
- stroke_linetype：边框线的类型默认solid
集合名字
- set_name_color：集合名颜色，默认black
- set_name_size：集合名字号，默认6
集合内文本
- text_color：文本颜色，默认black
- text_size：文本字号，默认4
百分比
- show_percentage：TRUE or FALSE
显示元素
- show_elements：显示集合内元素，默认FALSE
- label_sep：元素分隔符，默认是,
小数点位数
- digits：默认是1

a <- list(A = c("apple", "pear", "peach"),
          B = c("apple", "lemon"))
ggvenn(a, show_elements = TRUE)

plot of chunk unnamed-chunk-8

ggvenn(a, show_elements = TRUE, label_sep = "\n")  # show elements in line

plot of chunk unnamed-chunk-8

简单方便，貌似比ggVennDiagram好用。

本文参与腾讯云自媒体同步曝光计划，分享自微信公众号。

原始发表：2022-08-15，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

alpha

本文分享自医学和生信笔记微信公众号，前往查看

如有侵权，请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

本文参与腾讯云自媒体同步曝光计划，欢迎热爱写作的你一起参与！

登录后参与评论

0 条评论

热度