table_annovar=table_annovar.pl脚本路径 humandb=humandb数据库路径
perl $table_annovar \
--buildver hg38 \
--otherinfo \
--nastring . cellSNP.base.vcf $humandb \
-protocol refGene \
-operation g \
--vcfinput --remove > test.log 2>&1
import scipy.io as sio
matrix_data = sio.mmread('cellSNP.tag.AD.mtx')
matrix_data = pd.DataFrame(matrix_data.todense())
###barocde
barcode = pd.read_csv('cellSNP.samples.tsv',sep = '\t',header=None)
matrix_data.columns = barcode.iloc[:,0]
anno = pd.read_csv('cellSNP.base.vcf.hg38_multianno.txt',sep = '\t')
anno['index'] = anno['Gene.refGene'] + '.' + anno['Start'] + '.' + str(anno['Ref']) + '.' + str(anno['Alt'])
matrix_data.index = anno['index'] matrix_data.to_csv('single.snp.xls',sep = '\t')
原创声明:本文系作者授权腾讯云开发者社区发表,未经许可,不得转载。
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