课前准备----Spatial VDJ

作者，Evil Genius

写这篇文章的时候，让我想起了自己被开除的时候。正准备在公司提升单细胞VDJ分析售后的时候被开除了。O(∩_∩)O哈哈~

参考文章，Tertiary lymphoid structures generate and propagate anti-tumor antibody-producing plasma cells in renal cell cancer

TLS 中 B 细胞成熟亚型和 PC 的共定位暗示了原位 B 细胞适应性免疫的产生。在此过程中，B 细胞会突变其 B 细胞受体 (BCR) 序列，并选择和扩增最亲和的克隆。为了证明这些事件，有必要研究 BCR 的核苷酸序列。 Visium 空间技术基于条形码转录本的 RNA 测序，这能够访问原始转录本并执行空间 BCR repertoire 分析。

参考文章Localization of T cell clonotypes using spatial transcriptomics，10X空间转录组技术创新之同时测RNA和TCR（BCR）

参考文章，Spatial transcriptomics of B cell and T cell receptors reveals lymphocyte clonal dynamics（science）。

空间VDJ技术（Spatial VDJ），能够在空间上解析B细胞受体和T细胞受体。

Spatial VDJ是10x Visium空间基因表达（Spatial GEX）技术的扩展，Spatial GEX依赖于组织切片中3’polyA序列进行靶向捕获，在片段化步骤之前，CDR3区域序列可以从空间条形码全长Visium cDNA中进行PCR扩增，因此，能够通过该技术得到CDR3区域和空间GEX cDNA文库的barcode序列，可同时得到抗原受体转录本表达量和位置信息。

空间VDJ的运用

生活很好，有你更好