代码如下,非常简单
library(immunarch)
immdata_10x <- repLoad('/home/samples/DB/scRNA/immunarch')
kmers <- getKmers(immdata$data[[1]], 3)
kmers <- getKmers(immdata$data, 5)
kmers <- getKmers(immdata$data[[1]], 3, .coding = F)
###Sequence motifs analysis
kmers <- getKmers(immdata$data[[1]], 5)
kp <- kmer_profile(kmers, "self")
res = 200
png('vdj.motif.png',width = 7*res, height = 7*res, res = res, type="cairo-png")
vis(kp, .plot = "seq")
dev.off()
原创声明:本文系作者授权腾讯云开发者社区发表,未经许可,不得转载。
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