课后补充---人类肾脏的单细胞多组学和空间图谱表明纤维化微环境与肾脏疾病进展

作者，Evil Genius

目前我们已经讲了16节课了，已经分享了很多方法了，大家学习的同时，也要阅读一些我提供的文献，这样既要学会方法，也要会在研究中使用这些方法，毕竟我们发表文章，其生物学意义才是最主要的。

今天我们分享的文献在Single-cell multi-omic and spatial profiling of human kidneys implicates the fibrotic microenvironment in kidney disease progression(nature genetics，2024年7月24日)。其中就运用了很多我们课上讲到的方法，包括

1、cell2location解卷积，这是高分文章标配

2、空间信号流

3、共定位分析

4、还有我们单细胞部分的转录组联合ATAC的数据分析，期间还有一些WGCNA等一些的分析内容

我们来分享一下

知识背景

肾脏是人体中复杂的三维结构，人体肾脏每天过滤超过140升的血浆，重新吸收重要的营养物质，排泄水和电解质，排除毒素以维持体内环境。结合snRNA-seq/scRNA-seq和snATAC -seq、Visium、CosMx，研究肾脏慢性疾病的发病机制。

结果1、肾脏的综合多组学单细胞图谱

结果2、高分辨率空间分辨人类肾脏图谱

Visium FFPE平台 （cell2location解卷积 + CellTrek的空间展示） 使用CosMx (NanoString)平台在真正的单细胞分辨率下分析人类肾脏样本。

结果3、肾脏纤维化的形态学变化

结果4、肾脏微环境

结果5、人肾纤维化小管细胞损伤

结果6、基因预测疾病进展，就是大家很喜欢的靶基因研究，但是如何引出靶基因，需要能力和智慧了，而且很大程度上依赖队列分析。

生活很好，有你更好