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问基于同一列中的多个变量提取行
EN

Stack Overflow用户

提问于 2016-08-28 11:53:56

回答 1查看 160关注 0票数 0

我有一个非常大的数据帧data (超过200,000行)，其中包含不同基因的基因组位置。我想提取基于不同基因的所有行，并将它们组合到一个新的数据帧中。例如，我想要SSR1和STK38的所有行。

chrom  txStart ExonCount geneSymbol
chr6   7281287         8       SSR1
chr6   7295624         8       SSR1
chr6   7298155         8       SSR1
chr6  31938951         8      STK19
chr6  31939645         8      STK19
chr6  31940397         8      STK19
chr6  36461668        14      STK38
chr6  36464487        14      STK38
chr6  36465556        14      STK38
chr6 125229391         7        STL
chr6 125241333         7        STL
chr6 125252841         7        STL

当然，我可以像下面这样使用which，然后使用rbind将它们组合在一起，但这太耗时了，因为我将拥有很多基因。

Gene1 <- data[which(data$geneSymbol=="SSR1"), ]
Gene2 <- data[which(data$geneSymbol=="STK38"), ]

我尝试了一个for循环，但是我没有得到正确的输出。

genes1 <- 0
genes <- c("SSR1", "STK38")
for (i in genes) {
  genes1 <- print(data[which(data$geneSymbol==i), ])
}

我也希望它看起来像这样：

chrom  txStart ExonCount geneSymbol
chr6   7281287         8       SSR1
chr6   7295624         8       SSR1
chr6   7298155         8       SSR1
chr6  36461668        14      STK38
chr6  36464487        14      STK38
chr6  36465556        14      STK38

我确信这个解决方案很简单，但是我在过去的几天里一直在网上寻找，没有找到一个解决方案。

EN

回答 1

Stack Overflow用户

发布于 2016-08-28 11:55:17

对于多个元素，我们可以使用%in%代替==

subset(data, geneSymbol %in% c("SSR1", "STK38"))
#   chrom  txStart ExonCount geneSymbol
#1  chr6  7281287         8       SSR1
#2  chr6  7295624         8       SSR1
#3  chr6  7298155         8       SSR1
#7  chr6 36461668        14      STK38
#8  chr6 36464487        14      STK38
#9  chr6 36465556        14      STK38

由于数据集很大，我们还可以使用data.table方法进行子集设置。将'data.frame‘转换为'data.table'，设置'key’列，并将'geneSymbol‘为’SSR1‘或’STK38‘的行设置为子集。

library(data.table)
setDT(data, key = "geneSymbol")[.(c("SSR1", "STK38"))]
#   chrom  txStart ExonCount geneSymbol
#1:  chr6  7281287         8       SSR1
#2:  chr6  7295624         8       SSR1
#3:  chr6  7298155         8       SSR1
#4:  chr6 36461668        14      STK38
#5:  chr6 36464487        14      STK38
#6:  chr6 36465556        14      STK38

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https://stackoverflow.com/questions/39190999

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