问R read.delim错误“输入中没有可用的行”
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Stack Overflow用户

提问于 2018-05-10 14:25:41

回答 2查看 1.8K关注 0票数 1

我在使用read.delim或read.table从base R中的USGS.gov下载特定的制表符分隔的数据集时遇到了问题。我可能犯了一个明显的错误，但我似乎不知道是什么。

首先，下面的查询在base R中运行良好，并检索俄亥俄河上Markland Dam的所有水位数据。它也适用于其他水坝。

Markland <- read.delim(("https://nwis.waterdata.usgs.gov/ky/nwis/uv?cb_00065=on&format=rdb&site_no=03277200&period=&begin_date=1950-09-30&end_date=2030-12-31"), 
                       stringsAsFactors=FALSE, skip=28, header=TRUE)

但是，我对另一个表McAlpine Dam Dam downstream的查询不起作用。这些数据的结构几乎完全相同。我尝试了read.table帮助中提供的所有读取选项，但都无济于事。我不确定这个表有什么不同，或者这个查询需要更改什么。

McAlpine <- read.delim(("https://nwis.waterdata.usgs.gov/ky/nwis/uv?cb_00065=on&format=rdb&site_no=03294500&period=&begin_date=1950-09-30&end_date=2030-12-31"), 
            skipNul=TRUE, blank.lines.skip=TRUE, sep = "\t", 
            stringsAsFactors=FALSE, skip=40, header=FALSE , fill=TRUE)

这是一个令人不快的表：https://nwis.waterdata.usgs.gov/ky/nwis/uv?cb_00065=on&format=rdb&site_no=03294500&period=&begin_date=1950-09-30&end_date=2030-12-31

提前谢谢你！

read.table

回答 2

Stack Overflow用户

发布于 2018-05-10 14:51:52

因此，我实际上能够通过将查询的大小分解为单个年份来使其工作。该表将从USGS加载，但我猜R由于某种原因而超时。

McAlpine2007 <- read.delim(("https://nwis.waterdata.usgs.gov/ky/nwis/uv? 
cb_00065=on&format=rdb&site_no=03294500&period=&begin_date=2007-01- 
01&end_date=2007-12-31"), stringsAsFactors=FALSE, skip=40, header=FALSE)

McAlpine2008 <- read.delim(("https://nwis.waterdata.usgs.gov/ky/nwis/uv? 
cb_00065=on&format=rdb&site_no=03294500&period=&begin_date=2008-01- 
01&end_date=2008-12-31"), stringsAsFactors=FALSE, skip=40, header=FALSE)

rbind(McAlpine2007,McAlpine2008)

票数 0

Stack Overflow用户

发布于 2018-05-10 15:06:02

考虑到返回查询需要多长时间，我认为它只是超时，并假设没有数据。你可以像阿利斯泰尔建议的那样使用httr，或者使用RCurl来获取具有指定timeout的数据，然后读取它。

if(!require(RCurl)) {install.packages("RCurl"); library(RCurl)}

McAlp <- getURL("https://nwis.waterdata.usgs.gov/ky/nwis/uv?cb_00065=on&format=rdb&site_no=03294500&period=&begin_date=1950-09-30&end_date=2030-12-31", timeout = 300) # Try without a timeout, then add one if needed. It worked for me without a timeout argument.

McAlpine <- read.delim(textConnection(McAlp), sep = "\t", stringsAsFactors = FALSE, skip = 40, header = FALSE)

head(McAlpine)
    V1      V2               V3  V4    V5 V6
1 USGS 3294500 2007-10-01 03:30 EDT 10.27  A
2 USGS 3294500 2007-10-01 03:45 EDT 10.25  A
3 USGS 3294500 2007-10-01 04:00 EDT 10.22  A
4 USGS 3294500 2007-10-01 04:15 EDT 10.21  A
5 USGS 3294500 2007-10-01 04:30 EDT 10.22  A
6 USGS 3294500 2007-10-01 04:45 EDT 10.29  A