问在pandas中将具有不同行的多个Excel文件合并为一个Excel文件
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Stack Overflow用户

提问于 2017-01-20 09:28:21

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我有4个Excel文件，必须合并到一个Excel文件中。包含ID、首字母、年龄和性别的人口统计文件。包含ID、首字母测试名称、测试日期和测试值的实验室文件。病历包含ID、姓名首字母、医疗条件、开始日期和结束日期。给药内容包括ID、首字母、药名、剂量、频率、起止日期。

有50个病人。人口统计文件包含50名患者的所有50行。其余的文件有50个患者，但由于每个患者有多个实验室测试或多个药物，所以在100到400行之间。

当我在pandas中合并时，我有重复的实体或将实体分配给错误的患者。挑战是如何做到这一点，当你有一个病人开了比实验室测试更多的药物时，实验室测试应该用空格替换重复的。

这是一个简短的表示：

import pandas as pd 
lab = pd.read_excel('data/data.xlsx', sheetname='lab') 
drugs = pd.read_excel('data/data.xlsx', sheetname='drugs') 
merged_data = pd.merge(drugs, lab, on='ID', how='left')
merged_data.to_excel('merged_data.xls')

您会得到以下结果：Pandas merge result

我更喜欢这个结果：Prefered output

python

excel

pandas

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回答 1

Stack Overflow用户

发布于 2017-01-21 05:14:53

考虑在groupby()上使用cumcount()，然后使用ID在这两个字段上连接

drugs['GrpCount'] = (drugs.groupby(['ID'])).cumcount()

lab['GrpCount'] = (lab.groupby(['ID'])).cumcount()

merged_data = pd.merge(drugs, lab, on=['ID', 'GrpCount'], how='left').drop(['GrpCount'], axis=1)

#     ID Initials_x                      Drug Name          Frequency          Route   Start Date     End Date Initials_y                    Name Result Date    Result
# 0    1         AB                       AMPICLOX                NaN           Oral  21-Jun-2016  21-Jun-2016         AB  Rapid Diagnostic Test    30-May-16  Abnormal
# 1    1         AB                  CIPROFLOXACIN              Daily           Oral  30-May-2016  03-Jun-2016         AB              Microscopy   30-May-16    Normal
# 2    1         AB        Ibuprofen Tablet 400 mg    Two Times a Day           Oral  06-Oct-2016  10-Oct-2016        NaN                     NaN         NaN       NaN
# 3    1         AB                        COARTEM                NaN           Oral  17-Jun-2016  17-Jun-2016        NaN                     NaN         NaN       NaN
# 4    1         AB          INJECTABLE ARTESUNATE          12 Hourly    Intravenous  01-Jun-2016  02-Jun-2016        NaN                     NaN         NaN       NaN
# 5    1         AB                  COTRIMOXAZOLE              Daily           Oral  30-May-2016  12-Jun-2016        NaN                     NaN         NaN       NaN
# 6    1         AB                  METRONIDAZOLE    Two Times a Day           Oral  30-May-2016  03-Jun-2016        NaN                     NaN         NaN       NaN
# 7    2         SS                     GENTAMICIN              Daily    Intravenous  04-Jun-2016  04-Jun-2016         SS              Microscopy    6-Jun-16  Abnormal
# 8    2         SS                  METRONIDAZOLE           8 Hourly    Intravenous  04-Jun-2016  06-Jun-2016         SS    Complete Blood Count    6-Oct-16  Recorded
# 9    2         SS  Oral Rehydration Salts Powder                PRN           Oral  06-Jun-2016  06-Jun-2016        NaN                     NaN         NaN       NaN
# 10   2         SS                           ZINC           8 Hourly           Oral  06-Jun-2016  06-Jun-2016        NaN                     NaN         NaN       NaN