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社区首页 >问答首页 >如何将一组fasta序列转换为R中的一组Xstring

问如何将一组fasta序列转换为R中的一组Xstring
EN

Stack Overflow用户
提问于 2020-03-28 10:25:32
回答 1查看 38关注 0票数 0
关联问题
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我正在为如何将一组fasta序列转换成一组XStrings或DNAstrings而苦苦挣扎。

我试图用read.fasta将我的fasta文件(包含几个序列)读入序列列表。如果我只处理一个序列，我将能够将它转换为DNAString (使用DNAString函数)，但由于我有多个序列，我无法实现这一点。

举个例子：

代码语言：javascript
代码运行次数：0
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AI代码解释
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my_sequences<-read.fasta(sequences.fasta)
my sequences 

$`1:20000-20009`
[1] "agtcgctag"
attr(,"name")
[1] "1:20000-20009"
attr(,"Annot")
[1] ">1:20000-20009"
attr(,"class")
[1] "SeqFastadna"

$`1:30000-30010`
[1] "aggggggggggca"
attr(,"name")
[1] "1:30000-30010"
attr(,"Annot")
[1] "1:30000-30010"
attr(,"class")
[1] "SeqFastadna"

.
.
.

现在我无法将这个集合转换为一组XStrings或DNAStrings

r
EN

回答 1

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2020-03-28 10:48:18

只需在生物字符串中使用readDNAStringSet：

代码语言：javascript
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AI代码解释
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my_sequences<-readDNAStringSet(sequences.fasta)

例如：

代码语言：javascript
代码运行次数：0
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AI代码解释
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fa = c(">1:20000-20009","agtcgctag",">1:30000-30010","aggggggggggca")
writeLines(fa,"test.fa")
library(Biostrings)
my_sequences<-readDNAStringSet("test.fa")

my_sequences
  A DNAStringSet instance of length 2
    width seq                                               names               
[1]     9 AGTCGCTAG                                         1:20000-20009
[2]    13 AGGGGGGGGGGCA                                     1:30000-30010

每个子集都是一个DNAString：

代码语言：javascript
代码运行次数：0
运行
AI代码解释
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my_sequences[[1]]
  9-letter "DNAString" instance
seq: AGTCGCTAG
票数 0
EN
页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/60899896

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