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Nature methods | Alevin-fry， 一种高效准确的单细胞测序数据预处理工具
https
网络安全
github
git
开源
随着单细胞以及单核测序（single-cell and single-nucleus RNA-sequencing）的快速发展以及逐渐普及，越来越多的单细胞测序数据集在近几年不断的出现。这些数据集不仅有着成倍增加的细胞数量，也包括了更多维度的生物特征信息，这使得预处理单细胞测序数据的所需的时间不断增加。例如，10x Genomics的官方预处理软件CellRanger有时需要几十个小时来处理一个单一数据集。虽然目前有些轻量化工具可较快的处理单细胞测序数据，比如kallisto｜bustools 和alevin，但轻量化工具的假阳性和准确性问题一直有待解决。
生信宝典
2022-04-19
629
0
Adonis结果P值小于0.05，一定代表两组样品物种构成差异显著吗？
https
网络安全
github
git
开源
PERMANOVA原理解释：这个统计检验可用于判断PCA/PCoA等的分群效果是否显著！
生信宝典
2022-01-18
1.6K
0
你的adonis用对了吗？不同因素的顺序竟然对结果有很大影响
https
网络安全
github
编程算法
git
PERMANOVA原理解释：这个统计检验可用于判断PCA/PCoA等的分群效果是否显著！
生信宝典
2022-01-18
2.1K
0
画一个带统计检验的PcOA分析结果 （再进一步，配对比较）
https
网络安全
github
git
开源
PERMANOVA原理解释：这个统计检验可用于判断PCA/PCoA等的分群效果是否显著！
生信宝典
2022-01-18
1.1K
0
这个统计检验可用于判断PCA/PCoA等的分群效果是否显著！
https
网络安全
github
git
开源
了解了基本概念 方差分析中的“元”和“因素”是什么？ 下面我们看下PERMANOVA。
生信宝典
2022-01-18
1K
0
AlphaFold2开源了，不是土豪也不会编程的你怎么蹭一波？
https
网络安全
容器镜像服务
github
git
2020年，AlphaFold2在CASP14蛋白质结构预测关键评估大赛中夺得透明，其预测的大部分结构达到了空前的准确度，不仅与实验方法不相上下，还远超解析新蛋白质结构的其他方法。
生信宝典
2022-01-18
244
0
这个40M的小工具助你在windows下处理数据如虎添翼！！
git
windows
linux
bash
bash 指令
NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析 （Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析 （ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析 (重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step)）、批次效应处理等内容。
生信宝典
2021-11-08
1.1K
0
翻车实录之Nature Medicine新冠单细胞文献|附全代码
html
图像处理
github
https
git
NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析 （Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析 （ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析 (重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 （原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Limma差异分析、火山图、功能富集）等内容。
生信宝典
2020-05-26
1.3K
0
NBT：单细胞转录组新降维可视化方法PHATE
数据分析
https
网络安全
github
git
NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析 （Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析 （ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析 (重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 （原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Limma差异分析、火山图、功能富集）等内容。
生信宝典
2020-04-24
1.8K
0
咦！这样画基因结构图够好看！（结尾有送书福利）
编程算法
github
git
开源
gggenes是ggplot2的扩展包，用于绘制基因结构图、多物种基因比较图的很好玩的工具。
生信宝典
2020-02-26
5K
0
Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（八）- Scater包输入导入和存储
http
github
git
开源
基因定量后会整理成一个行为基因（或转录本）列为细胞的表达矩阵。虽然前面做了原始数据质控和测序数据质控移除了一部分从reads数层面就不合格的细胞，还需要进一步根据表达矩阵移除其它类型低质量细胞。如果未能识别并移除低质量细胞会混淆下游分析中的有意义的生物信息。
生信宝典
2019-10-14
883
0
推荐一个牛逼的生物信息 Python 库 - Dash Bio
https
网络安全
github
git
要开始使用 Dash Bio，请使用 pip install dash_bio 安装，然后转到 Dash Bio 的文档: http://dash.plot.ly/dash-bio
生信宝典
2019-09-16
2.7K
0
单细胞预测Doublets软件包汇总|过渡态细胞是真的吗？
https
网络安全
github
git
开源
对于高通量方法，在细胞捕获效率和doublets比例之间存在折中，通常的做法是以1-5％的doublets为目标(Ziegenhain et al., 2017)(http://refhub.elsevier.com/S0098-2997(17)30049-3/sref115) 。
生信宝典
2019-09-03
5.4K
0
一个震撼的交互型3D可视化R包 - 可直接转ggplot2图为3D
图像处理
github
git
开源
虽然3D的plot见得比较多了，但是看见这样的R包，我的心还是砰了一下，这个简直不能再好看了！
生信宝典
2019-07-22
4.4K
0
维恩(Venn)图绘制工具大全 （在线+R包）
http
https
github
网络安全
git
Online tools 2-30 Venn Diagrams (non-proportional) http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/
生信宝典
2019-05-09
2.3K
0
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