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生信技能树

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RNA-seq入门实战(十):PPI蛋白互作网络构建(下)——Cytoscape软件的使用
连续两次求贤令:曾经我给你带来了十万用户,但现在祝你倒闭,以及 生信技能树知识整理实习生招募,让我走大运结识了几位优秀小伙伴!大家开始根据我的ngs组学视频进行一系列公共数据集分析实战,其中几个小伙伴让我非常惊喜,不需要怎么沟通和指导,就默默的完成了一个实战!
生信技能树
2022-07-26
3.5K0
使用rvest从COSMIC中获取突变表格
在学习如何爬取网页之前,要了解网页本身的结构。 用于构建网页的主要语言为 HTML,CSS和Javascript。HTML为网页提供了其实际结构和内容。CSS为网页提供了其样式和外观,包括字体和颜色等细节。Javascript提供了网页功能。在此,我们将主要关注如何使用R包来读取构成网页的 HTML 。
生信技能树
2022-04-14
1.9K0
CircRNA-seq上游分析工具测评:CIRIquant VS. CIRCexplorer3
本次测评CircRNA-seq上游分析的两大最新工具CIRCexplorer3及CIRIquant。CIRCexplorer3是2019年发表在Genomics Proteomics Bioinformatics(2020 IF=7.69)上,目前引用量是22次;CIRIquant2020年发表在nature communications上,目前引用量是54次。
生信技能树
2021-12-17
3K0
单细胞转录组揭示乳头状甲状腺癌起始与发展
文章关注肿瘤微环境:先初步分群,然后依次看了几个重要组成部分:thyrocytes、immune细胞群、基质细胞(fibroblasts 、endothelial cells)
生信技能树
2021-12-16
1.3K0
ChIP-seq数据应该是看peaks呢还是看motif
通常情况下,我们认为转录因子在某个基因的启动子区域结合是调控关系,靶基因。但是这个SATB2居然绝大部分的结合位点都不是各个基因的启动子区域,就很尴尬了。不过,研究者综合motif 富集分析发现了肠道关键转录因子CDX2,HNF4A和转录调控过程中发挥重要作用的转录激活因子P300,提示SATB2可能与CDX2和HNF4A共同参与了增强子激活靶基因的转录调控。
生信技能树
2021-10-12
2.4K0
cytoscape十大插件之九 - 转录调控王者 iRegulon
结果主要分三个部分:Motifs,Tracks,Transcription Factors
生信技能树
2021-07-29
5.1K0
没有单细胞的年代如何研究两个细胞亚群的差异呢
但是目前呢,学界对CAFs的来源本来就是并不那么清晰,理论上不可能存的单一的标记基因来区分出来CAFs。通常CAFs有4种来源:
生信技能树
2021-07-29
5250
可变剪切流程之suppa的diffsplice太慢了
部分工程师其实能力很一般,所以我们开放的数据分析产品线都是比较简单的,很容易掌控项目状态。有一个福建医科大的研究生三年级硕士接了一个TNBC数据集的可变剪切分析,是42个肿瘤样品和21个癌旁的RNA-seq数据,下载了fastq测序数据,然后走salmon流程以及suppa的可变剪切流程。
生信技能树
2021-07-29
5930
​cytoscape的十大插件之--cytoHubba插件
cytoscape 毋庸置疑是最出名的网络可视化神器,过万的引用率是最强大的口碑,它支持的网络种类很多。比如蛋白互作(PPI)、转录调控网络图(TF-target)、网络聚类模块分析(Module)、miRNA调控靶标基因网络图、竞争性内源RNA网络(ceRNA)、通路交互网络(pathway-crosstalk)。Download Cytoscape
生信技能树
2021-04-29
20.5K0
NODE高通量数据库基础介绍及其页面规律
National Omics Data Encyclopedia,NODE,国家组学数据百科全书(也太霸气了),是由中科院上海营养与健康研究所及中科院计算生物所PICB 建立的,致力于:
生信技能树
2021-02-03
2.7K0
SCENIC转录因子分析结果的解读
不过,虽然SCENIC转录因子分析越来越普通,但它的难度并不会降低,在试图学习这个分析方法之前,我们必须先看看SCENIC转录因子分析的实例,多读文献,总归是没有错的!
生信技能树
2020-12-17
4.9K0
张泽民团队的单细胞研究把T细胞分的如此清楚
然后呢,第二次分群的 上皮细胞可以细分恶性与否,免疫细胞呢细分可以成为: B细胞,T细胞,巨噬细胞,树突细胞等等。但实际上每个免疫细胞亚群仍然可以继续精细的划分,这个时候就有3条路线了:
生信技能树
2020-12-03
6.2K0
为什么是AUC值而不是GSEA来挑选转录因子呢
通过学习,我们知道这个RcisTarget包内置的motifAnnotations_hgnc是16万行,可以看到每个基因有多个motif。而且下载好的 hg19-tss-centered-10kb-7species.mc9nr.feather 文件,也是 24453个motifs的基因排序信息。但是我们留下来了一个悬念,如何从几万个注释结果里面挑选到最后100个富集成功的motif呢?
生信技能树
2020-12-03
1.2K0
cytoscape的cytohubba及MCODE插件寻找子网络hub基因
不过,好在我有一千多学员,一百多个学徒,给他们安排的作业就是写这些简单软件操作指南,这样就弥补了我写不来太基础教程的弱点。
生信技能树
2020-02-20
22.2K1
单细胞转录组的肿瘤研究3大应用方向等你来攻克
这些年陆陆续续阅读了近百篇该领域的CNS文献,所以我大概总结了单细胞转录组技术肿瘤研究3大应用方向
生信技能树
2019-09-25
2.1K0
使用Y叔神包ggtree进行基因家族基因进化树构建
大家好,我是技能树的老朋友啦,三年前在群主的第一波RNA-seq入门8步活动中因为表现优异获得群主青睐成为技能树VIP一员,也开启了自己的学习经验分享人生!
生信技能树
2019-08-02
8.5K1
GEO数据挖掘流程+STRING VS R in KEGG/GO
In molecular biology, STRING (Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins) is a biological database and web resource of known and predicted protein–protein interactions.(from Wkkipedia)
生信技能树
2019-05-15
3.3K0
基于全基因组的基因家族分析(1):数据准备
Sol Genomics Net:茄科基因组网络,里面包括了很多物种的基因组测序结果:番茄,土豆,茄子等。而且基因组更新最快,搜索了一下发现NCBI番茄基因组和Phytozome番茄基因组为ITAG2.4,而SGN已经是最新版本的ITAG3.2,当然以前的版本也都存在,特别方便。 此外,NCBI ProteinID是refseq accession(GENBANK文件格式有关于NCBI中ID的说明),在最后转换到番茄protein ID时会有问题,小编最后终于放弃,没有找到转换的方法(谁要是知道方法,麻烦告诉我一下,一直很苦恼)。而Phytozome要下载这些数据居然还要注册,真的有点烦,偷偷告诉你,SGN貌似也要注册(这个大家应该都没有什么问题,就直接跳过)。
生信技能树
2019-05-13
3.3K0
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