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RNA-seq入门实战（十）：PPI蛋白互作网络构建（下）——Cytoscape软件的使用
node.js
网络安全
连续两次求贤令：曾经我给你带来了十万用户，但现在祝你倒闭，以及 生信技能树知识整理实习生招募，让我走大运结识了几位优秀小伙伴！大家开始根据我的ngs组学视频进行一系列公共数据集分析实战，其中几个小伙伴让我非常惊喜，不需要怎么沟通和指导，就默默的完成了一个实战！
生信技能树
2022-07-26
3.5K
0
使用rvest从COSMIC中获取突变表格
html
node.js
css
javascript
php
在学习如何爬取网页之前，要了解网页本身的结构。 用于构建网页的主要语言为 HTML，CSS和Javascript。HTML为网页提供了其实际结构和内容。CSS为网页提供了其样式和外观，包括字体和颜色等细节。Javascript提供了网页功能。在此，我们将主要关注如何使用R包来读取构成网页的 HTML 。
生信技能树
2022-04-14
1.9K
0
CircRNA-seq上游分析工具测评：CIRIquant VS. CIRCexplorer3
node.js
https
网络安全
ide
python
本次测评CircRNA-seq上游分析的两大最新工具CIRCexplorer3及CIRIquant。CIRCexplorer3是2019年发表在Genomics Proteomics Bioinformatics（2020 IF=7.69）上，目前引用量是22次；CIRIquant2020年发表在nature communications上，目前引用量是54次。
生信技能树
2021-12-17
3K
0
单细胞转录组揭示乳头状甲状腺癌起始与发展
访问管理
数据分析
node.js
网站
文章关注肿瘤微环境：先初步分群，然后依次看了几个重要组成部分：thyrocytes、immune细胞群、基质细胞（fibroblasts 、endothelial cells）
生信技能树
2021-12-16
1.3K
0
ChIP-seq数据应该是看peaks呢还是看motif
tcp/ip
node.js
通常情况下，我们认为转录因子在某个基因的启动子区域结合是调控关系，靶基因。但是这个SATB2居然绝大部分的结合位点都不是各个基因的启动子区域，就很尴尬了。不过，研究者综合motif 富集分析发现了肠道关键转录因子CDX2，HNF4A和转录调控过程中发挥重要作用的转录激活因子P300，提示SATB2可能与CDX2和HNF4A共同参与了增强子激活靶基因的转录调控。
生信技能树
2021-10-12
2.4K
0
cytoscape十大插件之九 - 转录调控王者 iRegulon
node.js
数据库
sql
结果主要分三个部分：Motifs，Tracks，Transcription Factors
生信技能树
2021-07-29
5.1K
0
没有单细胞的年代如何研究两个细胞亚群的差异呢
node.js
数据分析
硬件开发
数据库
sql
但是目前呢，学界对CAFs的来源本来就是并不那么清晰，理论上不可能存的单一的标记基因来区分出来CAFs。通常CAFs有4种来源：
生信技能树
2021-07-29
525
0
可变剪切流程之suppa的diffsplice太慢了
node.js
数据分析
部分工程师其实能力很一般，所以我们开放的数据分析产品线都是比较简单的，很容易掌控项目状态。有一个福建医科大的研究生三年级硕士接了一个TNBC数据集的可变剪切分析，是42个肿瘤样品和21个癌旁的RNA-seq数据，下载了fastq测序数据，然后走salmon流程以及suppa的可变剪切流程。
生信技能树
2021-07-29
593
0
cytoscape的十大插件之--cytoHubba插件
node.js
编程算法
https
网络安全
cytoscape 毋庸置疑是最出名的网络可视化神器，过万的引用率是最强大的口碑，它支持的网络种类很多。比如蛋白互作（PPI）、转录调控网络图（TF-target）、网络聚类模块分析（Module）、miRNA调控靶标基因网络图、竞争性内源RNA网络（ceRNA）、通路交互网络（pathway-crosstalk）。Download Cytoscape
生信技能树
2021-04-29
20.5K
0
NODE高通量数据库基础介绍及其页面规律
node.js
大数据
数据库
sql
https
National Omics Data Encyclopedia，NODE，国家组学数据百科全书（也太霸气了），是由中科院上海营养与健康研究所及中科院计算生物所PICB 建立的，致力于：
生信技能树
2021-02-03
2.7K
0
SCENIC转录因子分析结果的解读
数据分析
https
网络安全
腾讯云开发者社区
node.js
不过，虽然SCENIC转录因子分析越来越普通，但它的难度并不会降低，在试图学习这个分析方法之前，我们必须先看看SCENIC转录因子分析的实例，多读文献，总归是没有错的！
生信技能树
2020-12-17
4.9K
0
张泽民团队的单细胞研究把T细胞分的如此清楚
访问管理
数据分析
腾讯云开发者社区
node.js
然后呢，第二次分群的 上皮细胞可以细分恶性与否，免疫细胞呢细分可以成为: B细胞，T细胞，巨噬细胞，树突细胞等等。但实际上每个免疫细胞亚群仍然可以继续精细的划分，这个时候就有3条路线了：
生信技能树
2020-12-03
6.2K
0
为什么是AUC值而不是GSEA来挑选转录因子呢
node.js
通过学习，我们知道这个RcisTarget包内置的motifAnnotations_hgnc是16万行，可以看到每个基因有多个motif。而且下载好的 hg19-tss-centered-10kb-7species.mc9nr.feather 文件，也是 24453个motifs的基因排序信息。但是我们留下来了一个悬念，如何从几万个注释结果里面挑选到最后100个富集成功的motif呢？
生信技能树
2020-12-03
1.2K
0
cytoscape的cytohubba及MCODE插件寻找子网络hub基因
node.js
不过，好在我有一千多学员，一百多个学徒，给他们安排的作业就是写这些简单软件操作指南，这样就弥补了我写不来太基础教程的弱点。
生信技能树
2020-02-20
22.2K
1
单细胞转录组的肿瘤研究3大应用方向等你来攻克
node.js
数据分析
这些年陆陆续续阅读了近百篇该领域的CNS文献，所以我大概总结了单细胞转录组技术肿瘤研究3大应用方向
生信技能树
2019-09-25
2.1K
0
使用Y叔神包ggtree进行基因家族基因进化树构建
https
github
node.js
网络安全
git
大家好，我是技能树的老朋友啦，三年前在群主的第一波RNA-seq入门8步活动中因为表现优异获得群主青睐成为技能树VIP一员，也开启了自己的学习经验分享人生！
生信技能树
2019-08-02
8.5K
1
GEO数据挖掘流程+STRING VS R in KEGG/GO
go
编程算法
node.js
硬件开发
数据库
In molecular biology, STRING (Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins) is a biological database and web resource of known and predicted protein–protein interactions.(from Wkkipedia)
生信技能树
2019-05-15
3.3K
0
基于全基因组的基因家族分析（1）：数据准备
node.js
Sol Genomics Net：茄科基因组网络，里面包括了很多物种的基因组测序结果：番茄，土豆，茄子等。而且基因组更新最快，搜索了一下发现NCBI番茄基因组和Phytozome番茄基因组为ITAG2.4，而SGN已经是最新版本的ITAG3.2，当然以前的版本也都存在，特别方便。 此外，NCBI ProteinID是refseq accession(GENBANK文件格式有关于NCBI中ID的说明)，在最后转换到番茄protein ID时会有问题，小编最后终于放弃，没有找到转换的方法（谁要是知道方法，麻烦告诉我一下，一直很苦恼）。而Phytozome要下载这些数据居然还要注册，真的有点烦，偷偷告诉你，SGN貌似也要注册（这个大家应该都没有什么问题，就直接跳过）。
生信技能树
2019-05-13
3.3K
0
没有更多了
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【纪录片】中国数据库前世今生
穿越半个世纪，探寻中国数据库50年的发展历程
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