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一行命令将count转为CPM/TPM/FPKM
黑石物理服务器
一行命令将count转为CPM/TPM/FPKM 的软件为rnanorm,是一个基于Python开发的命令行工具。安装可以通过命令安装：
生信技能树
2023-02-27
2.9K
0
怀疑了不该怀疑的人
黑石物理服务器
编程算法
前面介绍了 ： 一行命令将count转为CPM/TPM/FPKM ，是一个Python软件，也是读取gtf文件，根据id来自动计算每个基因的长度后进行相对应的公式的转换：
生信技能树
2023-02-27
395
0
Counts FPKM RPKM TPM CPM 的转化
黑石物理服务器
编程算法
最近有粉丝自告奋勇希望可以把他自己在简书等平台的生物信息学笔记分享在我们公众号，在专业的舞台上跟大家切磋！
生信技能树
2022-06-08
3K
0
比较不同的对单细胞转录组数据normalization方法
黑石物理服务器
http
使用CPM去除文库大小影响 之所以需要normalization，就是因为测序的各个细胞样品的总量不一样，所以测序数据量不一样，就是文库大小不同，这个因素是肯定需要去除。最简单的就是counts per million (CPM)，所有样本的所有基因的表达量都乘以各自的文库reads总数再除以一百万即可。(一般miRNA-seq数据结果喜欢用这个) 代码如下： calc_cpm <- function (expr_mat, spikes = NULL) { norm_factor <- colSu
生信技能树
2018-03-09
5.2K
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