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去除批次效应好，还是RobustRankAggreg优？
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批量计算
网站
小洁老师在去除批次效应的探索文件里给出了两种方法，一个是用R包limma中的函数removeBatchEffect(），另一个是R包SVA中的函数ComBat(）。
生信技能树
2021-07-06
2.3K
0
关于批次效应矫正后出现负值
网站
批量计算
html
a batch effect occurs when non-biological factors in an experiment cause changes in the data produced by the experiment. Such effects can lead to inaccurate conclusions when their causes are correlated with one or more outcomes of interest in an experiment. They are common in many types of high-throughput sequencing experiments, including those using microarrays, mass spectrometers
生信技能树
2020-08-17
5.5K
0
对转录组测序的counts矩阵去除批次效应
批量计算
相信大家听完了我B站的RNA-seq分析流程后，对这个数据的应用方向都不陌生。最近连续收到好几个求助，都是关于转录组测序的counts矩阵去除批次效应，值得写推文解答一下咯！
生信技能树
2020-02-20
5.7K
0
多种批次效应去除的方法比较
批量计算
数据分析
前面我在生信技能树推文：你确定你的差异基因找对了吗？ 提出了文章的转录组数据的60个样品并没有按照毒品上瘾与否这个表型来区分，而是不同人之间的异质性非常高，这个时候我提出来了一个解决方案，就是理论上就可以把人当做是一个批次效应，使用sva包的combat函数，把这样的效应去除一下，接着再找差异。当然了，去除批次效应的方法，肯定不止这一个，现在让我们列举并且比较一下吧！
生信技能树
2019-10-09
9.4K
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