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annvar下载数据库的网址
http
python
数据库
sql
比如想下载hg19_gwava数据,那么需要下载原始txt数据和idx文件,路径如下
用户1680321
2020-04-25
1.3K
0
python通用读取vcf文件的类(可以直接复制粘贴使用)
存储
python
处理vcf文件的时候,需要多种切割,正则匹配,如果要自己写其实会比较麻烦,并且每次还得根据vcf文件格式或者需要读取的值不同要修改相应的代码。因此很多人会选择一些python的vcf的库,但是首先你得安装这个库, 并且有一些库它固定了能够读的内容,如果你的vcf的信息不在它固定的里面,就读不出来。比如最近我想读一个样本的AF,但是它放在最后样本的GT那列,不在INFO那一列,有一些库竟然无能为力。 因此我写了这个通用的读vcf的类,直接复制粘贴这部分代码就可以方便的用这个类进行vcf文件的读取,过滤,写出等操作。
用户1680321
2020-03-03
2.7K
0
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