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文章/答案/技术大牛

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生信了

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43

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基于 ggplot2 的 confusion matrix 可视化

confusion matrix 经常被用来表示两个类别重合的程度，比如在分类任务中，我们可以用 confusion matrix 来展示预测的 label 与真实的 label 在多大程度上是一致的。

2022-11-30

8070

PaperR-(3)-2022-09

https 网络安全数据结构深度学习 python

Automated reconstruction of whole-embryo cell lineages by learning from sparse annotations

2022-11-30

3490

cython初体验

python 打包 c++https

笔者最近参与了一个项目，其目的是提升一个python程序的运行速度。其中一个手段就是利用cython来优化原来的python代码。笔者之前没有接触过cython，所以这次属于在实践中学习新知识。

2020-06-16

1.1K0

浅谈python中的多线程和多进程（二）

python 编程算法

前文《浅谈python中的多线程和多进程》中我们分享过一个例子，就是分别利用python中的多线程和多进程来解决高运算量的任务，从中看出二者的一些区别。其中一点是“多线程会共享所属进程的内存资源；而子进程会从父进程那里拷贝一份内存资源”。当时没有进一步解释，为了更直观地了解这一点，本文给出一个例子。

2020-06-04

6950

浅谈python中的多线程和多进程

python 编程算法腾讯云测试服务

我们在进行生信分析时经常要处理大文件，如果用串行运算往往费时，所以需要并行运算以节省时间。目前，流行的生信工具通常都可以并行运算，比如bwa。通常来讲，我们进行并行运算可以选择多线程或者多进程。那么二者有什么差别呢，我们又该如何选择呢？

2020-04-07

7640

Python+selenium自动下载xml或exe文件

xml https 网络安全 python

笔者最近在写一个小工具，需要从pubmed上批量下载包含文献信息的xml文件。很明显，这是一个爬虫任务，笔者选用了python+selenium的组合。代码写好后运行一切都很顺利，直到最后Chrome出现了警告信息，提示我是否要保留文件：

2019-12-05

1.8K0

（转载）Python的configparser模块

做生信的同学在使用类Unix系统的时候，经常会接触配置文件（config）。就笔者自己的经验而言，配置文件的常见格式有如下几种：

2019-10-18

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（转载）Python的logging模块

python 日志服务

做系统运维的朋友一定对 log（日志）的重要性有深切体会。做生信的同学在搭建 pipeline 时也会注意对程序运行的状态做一些记录，尤其是错误信息。下面的语句相信很多朋友都很熟悉：

2019-10-18

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Shell（一）好的操作习惯

运维 python bash bash 指令

前一段时间顺丰运维人员将生产数据库删除的传闻着实成为了新闻热词，如果传闻是真的，相信那位运维也是无心之过，可能只是一瞬的手误。但是代价太大了，业内人员都懂的。

2019-07-27

4720

Shell（二）常用命令和技巧

网站 linux python

Shell命令行一些常用命令 date cal calendar pwd parent working directory cd change directory ls list directory contents cp copy files and directories mv move and/or rename files and directories rm remove files touch create empty files or update file timestamps

2019-07-27

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Python（一）让你的代码更加pythonic

python c 语言编程算法

pythonic就是让你的代码更加具有python特色，通常是利用python独有的一些语法实现的。pythonic的代码往往更加简洁、优美和高效，不信你接着往下瞧：

2019-07-27

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生信（一）对BED文件进行排序

编程算法 python

在处理NGS数据时，经常要对BED文件进行排序。假设BED文件长这样，分隔符是’\t’：

2019-07-27

3.3K0

生信（二）反向互补序列

python 编程算法

如何得到一段基因序列的反向互补序列？这是基因测序领域经常遇到的问题。其实答案很简单，许多现成的软件都有这个功能。但是作为一个生信人，当然可以自己实现一个了。

2019-07-27

1.5K0

生信（四）命令行并行化工具GNU parallel

编程算法 python

我们在日常工作中经常要“批量”处理一些任务，比如“批量”解压目录下的gz文件。当然，用shell写一个for循环是很简单就可以实现的，比如下面这样：

2019-07-27

6120

生信（五）awk求取某一列的平均值

unix linux python

awk是生信人必须要掌握的命令行工具。为什么？因为它太强大了。我们举一个例子来说明。

2019-07-27

2.1K0

算法（五）字典树算法快速查找单词前缀

grep python 编程算法

字典树，又称单词查找树，是一个典型的一对多的字符串匹配算法。“一”指的是一个模式串，“多”指的是多个模板串。字典树经常被用来统计、排序和保存大量的字符串。它利用字符串的公共前缀来减少查询时间，最大限度地减少无谓的字符串比较。

2019-07-27

2.2K0

C语言读取文件（二）fscanf 详谈

fscanf 函数与 scanf 函数用法类似，只不过前者用于读取文件流的数据而已。至于 fscanf 的基础用法我就不赘述了，网上的文章很多。简单提及一下要点：

2019-07-27

5.5K0

使用Python去爬虫

python selenium tcp/ip 网络安全

爬虫，简单说就是规模化地采集网页信息，因为网络像一张网，而爬虫做的事就像一只蜘蛛在网上爬，所以爬虫英文名就是spider。

2019-07-27

1.5K0

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