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生物信息云

旨在传播生物医学科研实验技能和生物信息学基础知识及应用技巧

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单细胞专题 | 3.单细胞转录组的上游分析-从BCL到FASTQ

Cellranger mkfastq 管道可用于将 BCL 文件解码为单个库的 FASTQ 文件。如果测序提供程序已经完成了这一步，则可以直接使用每个库的 FASTQ 文件进行数据分析。cellranger mkfastq的本质是调用bcl2fastq生成bcl2fastq，并生成额外的10x样本信息。Bcl2fastq是 illumina开发的bcl到fastq的转换程序。cellranger下载安装地址如下：

2022-06-13

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Linux笔记【002】| 远程登录服务器软件：MobXterm与FileZilla

linux ssh https 网络安全 bash

在实际开发或者计算的时候可以使用一些第三方的工具对远程的服务器进行控制。目前常用的Linux远程登录工具有：putty、xshell、secureCRT等等。我推荐使用MobXterm。secureCRT其实也是一款很强大的终端工具，但是，它毕竟是收费软件。Putty非常小巧，而且免费，因此也有不少人使用，但Putty真的不好用，不支持标签，开多个会话的话就需要开多个窗口，窗口切换也很不方便。当然还有其它终端工具，比如XShell，XShell6是一款高效专业的实用型免费SSH客户端。XShell5简单强悍，支持标签式的环境，动态端口转发，自定义键的映射关系，用户定义的按钮，VB脚本，显示2字节字符和国际语言支持UNICODE的终端。我这里介绍MobaXterm，其他的自己百度下载，看自己适合哪种。MobaXterm是一款集万千于一身的全能型终端神器，先说说这款神器的优点：

2020-10-23

2.8K0

一个专门为生物信息专门开发的Linux系统：Bio-Linux

linux 虚拟化 bash bash 指令

Bio-Linux是功能齐全的、强大的、可定制的、易于维护的生物分析工作站。Bio-Linux基于Ubuntu提供500多个生物分析程序，由一个图形化的菜单进行管理，能方便地访问到其生物分析文档系统及对测试程序有用的样本数据。用于处理新型序列数据类型的Bio-Linux软件包可额外安装。

2019-08-07

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