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使用pandas进行文件读写
文件存储
python
pandas是数据分析的利器，既然是处理数据，首先要做的当然是从文件中将数据读取进来。pandas支持读取非常多类型的文件，示意如下
生信修炼手册
2020-06-24
2.1K
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python海量数据快速查询的技巧
文件存储
python
数据库
sql
在实际工作中，经常会遇到查询的任务，比如根据某些rs号，检索dbsnp数据库，提取这些snp位点的信息，对于这样的任务，最基本的操作方法是将数据库的内容存为字典，然后检索特定的key即可。
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2020-05-28
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python读写压缩文件
文件存储
对于很大的文本文件，通常会压缩之后再进行存储和传输，比如二代测序的fastsq文件，通常都是gzip压缩之后的格式。对于压缩文件的读写，通过python的内置模块也可以快速搞定。根据压缩格式的不同，提供了以下3个模块
生信修炼手册
2020-05-14
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python读写csv文件
文件存储
文件读写的经典操作方式如下，通过内置的open函读取到每行内容，按照指定的分隔符进行分隔，然后对每一列的内容进行处理。这样的方式在处理制表符分隔的文件时，没什么问题，但是在处理csv文件时，会非常的头痛。
生信修炼手册
2020-05-13
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SnpSift学习笔记(三)
文件存储
本篇主要介绍caseControl, rmRefGen, tstv, rmInfo, gt, vcfcheck这6个命令的用法。
生信修炼手册
2020-05-11
473
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tabix操作VCF文件
文件存储
打包
tabix 可以对NGS分析中常见格式的文件建立索引，从而加快访问速度，不仅支持VCF文件，还支持BED, GFF，SAM等格式。
生信修炼手册
2020-05-11
7.2K
0
使用FastQTL进行cis-eQTL分析
编程算法
文件存储
FastQTL是一款专门用于cis-eQTL分析的软件，在GTEx项目中就是采用该软件进行cis-eQTL的分析，对应的文章发表在Bioinformatics杂志上，链接如下
生信修炼手册
2019-12-19
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【纪录片】中国数据库前世今生
穿越半个世纪，探寻中国数据库50年的发展历程
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