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使用jupyter notebook运行python和R
jupyter notebook
开源
r 语言
python
一个图形化的交互式运行环境,对于编程语言的学习和开发,特别是可视化方面,提供了极大的便利。比如在window上使用R语言进行绘图,在R语言自带的交互环境中,可以实时观测到代码的可视化效果,从而方便的进行参数调整。
生信修炼手册
2020-07-16
2.2K
0
bwa 软件用法简介
编程算法
github
git
开源
BWA-backtrack适合比对长度不超过100bp的序列;BWA-SW和BWA-MEM适合于长度为70-1M bp的序列;其中BWA-MEM是最新开发的算法,对于高质量的测序数据,其比对的速度更快,精确度更高,对于70-100bp的reads, BWA-MEM算法在比对长度为70-100bp的序列时,效果比BWA-backtrack 算法的效果更好。总而言之,通常情况下,选择BWA-MEM算法就好。
生信修炼手册
2020-05-11
2.9K
0
bcftools安装简介
github
git
开源
bcftools 是samtools 的开发者提供的一款专门操作VCF文件的工具,它可以处理VCF格式,也可以处理VCF对应的二进制文件。
生信修炼手册
2020-05-11
4.3K
0
breakdancer检测结构变异
github
git
开源
breakdancer 是一款结构变异检测软件, 专门针对双端测序数据进行开发,github地址如下
生信修炼手册
2020-05-11
1.3K
0
sleuth:基于TPM值的差异分析
github
git
开源
kallisto等alignment-free转录本定量软件,会给出TPM值的定量结果。基于这种类型的结果进行差异分析时,有两种策略可以选择。
生信修炼手册
2020-05-08
3.9K
0
salmon:sailfish的升级版本
github
git
开源
salmon 是sailfish 的升级版,其内存消耗更少,速度更快,准确度更高。官网如下
生信修炼手册
2020-05-08
759
0
STAR:转录组数据比对工具简介
github
ftp
git
开源
STAR是一款RNA_seq数据专用的比对软件,比对速度非常快,最大的优势是灵敏度高,GATK推荐采用STAR比对,然后进行下游的SNP分析。软件的源代码保存在github上,地址如下
生信修炼手册
2020-05-08
5.5K
0
barrnap:预测基因组上的核糖体RNA
github
git
开源
在前面的文章中,我们介绍了RNAmmer这款rRNA预测软件,这个软件只有大学和科研机构的用户可以免费使用。本着开源的精神,有个科研团队开发了barrnap这款软件,完全开源免费,github链接如下
生信修炼手册
2020-05-08
1.1K
0
Gerbil:支持GPU加速的kmer count工具
github
git
开源
https
网络安全
对于基因组组装而言,kmer count是最基础的分析内容之一,传统的kmer count工具在kmer长度小于32时,有着较好的性能,但是对于较大长度的kmer, 内存消耗和运行速度都差强人意。随着测序读长的不断增加,一款能够支持较大kmer的计数,而且性能良好的工具就显得非常的有必要。
生信修炼手册
2020-05-08
768
0
HLAforest:使用RNA-seq数据进行HLA分型
bash 指令
bash
github
git
开源
HLAforest是一款针对RNA_seq数据进行HLA分型的软件,github地址如下
生信修炼手册
2020-05-08
530
0
GenomeScope评估基因组大小和杂合度
github
git
开源
基因组越大,杂合度也大,重复片段越大,该物种的组装难度就越大。通常我们会通过genome survery分析,对以上几个指标进行简单评估,核心就是通过kme 分布来进行评估。
生信修炼手册
2020-05-08
1.8K
0
jellyfish:快速计算kmer分布
github
git
开源
jellyfish可以统计DNA序列中Kmer的分布,它运行速度快,内存消耗低,支持并行,是最常用的kmer统计软件之一。
生信修炼手册
2020-05-08
2.3K
0
使用IDR软件处理生物学重复样本的peak calling
github
git
开源
对于chip_seq, atac_seq等实验而言,生物学重复样本的peak calling结果很难完全一致。对于多个生物学重复样本的peak calling结果, 如何筛选出最终的可以代表这一组样本的peak是一个难题。
生信修炼手册
2020-05-07
3.7K
0
引用2000多次的ATAC经典文献也在用的peak calling软件-Genrich
github
android
git
开源
这篇文章中,使用了Genrich这个软件来进行peak calling。该软件适用于chip_seq, DNase_seq, ATAC_seq等多种文库的peak calling,源代码保存在github上,链接如下
生信修炼手册
2020-05-07
1.1K
0
Juicer:Hi-C数据处理分析的利器
https
github
网络安全
git
开源
通过Hi-C数据可以分析TAD,chromatin loops等染色质空间结构的基本单元,加强我们对染色质三维结构的认知。面对海量的Hi-C数据,如何高效完成数据分析成为了一个挑战。
生信修炼手册
2019-12-19
2.3K
0
CNCI:转录本蛋白编码潜能预测工具
github
https
git
开源
网络安全
CPC是一款使用率非常高的lncRNA预测软件,但是它也存在一些问题。利用二代测序得到的转录组数据,我们组装得到的转录本往往是不完整的,基于非全长的转录本去预测lncRNA,如果这个lncRNA和蛋白编码基因存在overlap,那么很容易造成误判;其次对于没有物种注释的物种,其效果也很差。
生信修炼手册
2019-12-19
2.3K
1
LDSC分析实战
github
git
开源
通过对单个表型的GWAS分析结果进行连锁不平衡回归分析,可以鉴定是否存在混淆因素,同时估计遗传力的大小;对于多个不同表型的GWAS分析结果进行分析,则可以计算表型间的遗传相似度。
生信修炼手册
2019-12-19
3.8K
0
使用Minimac进行基因型填充
https
网络安全
github
git
开源
Minimac是一款经典的基因型填充软件,该软件也是以内存消耗小,运行速度快而著称,历经了MaCH, minimac, minimac2, minmac3多个版本的更新换代,目前最新版本为v4, 网址如下
生信修炼手册
2019-12-19
1.4K
1
DECoN:最高分辨率的CNV检测工具
github
git
开源
DECoN是一款CNV检测工具,适用于exon-based的panel测序,可以识别single exon CNV, 文章链接如下
生信修炼手册
2019-12-19
3.1K
0
使用CNVnator进行CNV检测
容器镜像服务
容器
github
git
开源
CNVnator是一款CNV检测软件,基于Read-Depth的分析策略,通过对全基因组测序数据进行分析来预测CNV, 源代码保存在github上,网址如下
生信修炼手册
2019-12-19
2.5K
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