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文章/答案/技术大牛

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图形化开放式生信分析系统开发

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GATK Germline_SNP_INDEL_2.0 分析遗传病（耳聋）

容器镜像服务生物基因大数据可视交互系统

备注：docker运行的操作系统，推荐为Linux，windows，macOS系统改下docker可能部分功能（网络）不能正常运行

SliverWorkspace

2022-12-12

7300

使用宏基因组的方法快速鉴定新冠病毒SARS-CoV2

容器镜像服务 html ssh 生物基因大数据可视交互系统

备注：docker运行的操作系统，推荐为Linux，windows，macOS系统改下docker可能部分功能（网络）不能正常运行

SliverWorkspace

2022-12-07

1.3K0

新冠病毒分型和突变分析（SARS-CoV2_ARTIC_Nanopore）

容器镜像服务网络安全 ssh 生物基因大数据可视交互系统

备注：docker运行的操作系统，推荐为Linux，windows，macOS系统下docker可能部分功能（网络）不能正常运行

SliverWorkspace

2022-11-30

8540

新冠病毒分型和突变分析（SARS-CoV2_ARTIC_Illumina）

容器镜像服务生物基因大数据可视交互系统

备注：docker运行的操作系统，推荐为Linux，windows，macOS系统改下docker可能部分功能（网络）不能正常运行

SliverWorkspace

2022-11-09

1K0

基于docker的生信基础环境镜像构建

容器镜像服务生物基因

这里参考snakemake的写法，每个分析步骤创建一个yaml文件，里面是用到的软件及版本。首次运行检测该步骤环境存在，不存在先安装软件初始化。

SliverWorkspace

2022-08-11

1.3K0

转录组RNA-Seq使用docker+bioconda搭建分析环境

容器镜像服务

近期学习转录组分析，从ncbi下载数据，转成fastq，STAR/hisat2 map到基因组上，使用featureCount拿到表达矩阵文件挺顺利的，就是到了下游分析，开始使用R开始遇到了各种问题。

SliverWorkspace

2020-10-10

9910

使用docker完成生信分析环境搭建

bash 指令 bash 容器镜像服务 centos https

生信开发人员最头疼的问题，可能就是平台搭建和软件安装了。部署和迁移上要费很大力气。本文讲述使用docker制作一个镜像，后续通过导入自己定制的镜像，复制文件完成分析流程的部署和迁移。

SliverWorkspace

2020-01-17

1.6K0

图形化开放式生信分析系统开发 - 1 需求分析及技术实现

容器镜像服务自动化 shell 网站

从三年前开始，工作的原因接触到了NGS（二代测序）技术和相关的生信分析，在公司技术到临床应用转化过程中遇到一系列问题，在问题中挣扎、解决问题的过程中逐渐有了开发一套通用生信分析系统的想法，到目前已经完成了由想法到产品的转化，有必要做一下记录以便复盘：本文为系列文章的第一篇。

SliverWorkspace

2019-12-28

1.1K2

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