腾讯云开发者社区-腾讯云

开发者社区

文档建议反馈控制台

最新优惠活动

文章/答案/技术大牛

发布

科技记者

专栏作者

170

文章

166626

阅读量

35

订阅数

宏转录组学习笔记--另一个教程

数据库 sql 编程算法生物基因 typescript

这项工作已获得Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International协议的许可。这意味着您可以复制，共享和修改作品，只要结果以相同的许可证分发即可。本教程由Mobolaji Adeolu（adeolum@mcmaster.ca），John Parkinson（john.parkinson@utoronto.ca）和Xuejian Xiong（xuejian@sickkids.ca）制作。

2020-03-31

2.6K0

使用CCS序列数据改进宏基因组拼接效率和物种分类注释

生物基因 apache 数据库 sql

DNA组装是用于研究微生物群落结构和功能的宏基因组流程中的核心方法学步骤。在这里，我们调查太平洋生物科学长期和高精度循环共识测序（CCS）的宏基因组项目的实用性。我们比较了PacBio CCS和Illumina HiSeq数据的应用和性能以及使用代表复杂微生物群落的宏基因组样本的组装和分类分类算法。8个SMRT细胞从沼气反应器微生物组合样品中产生大约94Mb的CCS读数，其平均长度为1319nt，精度为99.7％。CCS数据组合产生了大于1 kb的相当数量的大型重叠群，与从相同样本产生的约190x较大的HiSeq数据集（〜18 Gb）组装的大型重叠群组成（即约占总重叠群的62％）。使用PacBio CCS和HiSeq重叠群的混合组件在装配统计数据方面进行了改进，包括平均重叠体长度和大型重叠群数量的增加。CCS数据的并入产生了两个显性系统的分类学分类，基因组重建的显着增强，使用HiSeq数据单独组合则分类不佳。总而言之，这些结果说明了PacBio CCS在某些宏基因组应用的价值。

2020-03-03

2.5K0

没有更多了

社区活动

RAG七天入门训练营

鹅厂大牛手把手带你上手实战，赢鹅厂证书、公仔好礼！

Python精品学习库

代码在线跑，知识轻松学

博客搬家 | 分享价值百万资源包

自行/邀约他人一键搬运博客，速成社区影响力并领取好礼

技术创作特训营·精选知识专栏

往期视频·千货材料·成员作品最新动态