用户1075469

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新技能Get!宏基因组分析结果导入qiime2分析和可视化

最近读微生态公众号中宏基因组的文章,发现阿童木写的教程,宏基因组的数据可以导入qiime2分析。于是有了发现新大陆的感觉,qiime2是一个优秀的可视化工具,有...

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高效使用R笔记3

每次R语言启动读入.Renviron和.Rprofile两个文件,前者主要是环境变量,程序位置和API密钥等;后者是启动进需要运行的几行R代码。启动时先找.Re...

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《高效R语言编程》4-高效工作流

我们将实践、习惯、提升生产力的系统环境定义为工作流。项目管理和计划,这里使用DiagrammeR包。

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高效R编程

这是《高效R语言编程》的学习笔记,前面的笔记在这里:https://blog.csdn.net/zd200572/article/details/1153493...

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QIIME 2 2021.4发布(qiime2支持galaxy啦)

2、q2-dada2 denoise-paired增加了一个新的参数,使这种方法的用户能够控制最小长度的前进/反向重叠。此方法的的默认值12,和先前版本保持不变...

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《高效R语言编程》笔记

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记一个R语言错误

发现如果习惯了一个编程语言,想当然的往另一个上套,是要吃大亏的,这是一个真实的经历。我最早学的Python,习惯了它的英语化编程,到了最近操作表的多了起来,发现...

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sWGS检测CNV的一点探索

这个软件可以检测切除的肿瘤组织,识别其中的肿瘤细胞含量,也可以用来检测纯肿瘤组织。可以有参考,也可以不用,官方提供了参考,可以自建。

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QIIME 2 2021.2 版本发布啦

提醒一下,我们下一个计划发布的QIIME 2计划于2021年4月发布(QIIME 2 2021.4),但请继续关注更新。

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Kraken2 Vs qiime2 16S物种注释

最早接触Kraken2这个软件是在宏基因组,但官网上说其实这个软件也是可以用于16S物种注释的。当时没怎么在意,后面发现有个美国肠道微生物检测公司Thryve是...

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SMURF流程之q2-sidle(三)——数据库准备

这一步是提取一个区域的数据库,基于K-mer,为了提升内存效率,把简并碱基和重复kmer作为一条序列。

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SMURF流程之q2-sidle(一)

前面说到Science封面文章用的16S数据分析流程有qiime2的插件版本,可以解决基于matlab MCR standalone版本的报错,于是实践一下!h...

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SMURF流程之q2-sidle(二)-- 序列重建

继续前面的文档学习,地址在这里啦!官方文档‎ SMURF 算法的核心是基于基于 kmer 的短区域重建到全长框架中。有两个步骤,首先是ASV在单个区域基于kme...

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SMURF-Science封面文章使用的16S新流程

肠道微生物是近两年的研究热点,但是去年登上Science封面的是一篇研究肿瘤中的微生物的文章,另人眼前一亮,有些肿瘤即使没有与外界环境相通,也是有微生物的存在的...

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SMURF(5R)-Science封面文章使用的16S新流程(二)

前面介绍的SMURF流程的运行以失败告终了,不过这个是这篇文章的参考方法,至于这篇文章改进过的方法,还没有试过,这就试一下,顺便考虑是否能把6区的移植过来,搞个...

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R语言宏基因组学统计分析学习笔记(第三章-3)

早在1897年,皮尔逊就警告说,在器官测量中使用两个绝对测量值的比值,可能会形成“伪相关”。自1920s以来,地质学的研究人员已经知道,使用标准的统计方法来分析...

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宏基因组笔记(第二章)

一直以来,看到这本书《Statistical Analysis of Microbiome Data with R》活跃在朋友圈和公众号,既然口碑这么好,当然有...

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ngs进行HLA分型(二)

发现这个软件之前的官网已经打不开,但是在github上仍然在更新,https://github.com/SyntekabioTools/HLAscan或许是换了...

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NGS数据进行HLA分型

发现已经下载不到的软件是hla-hd, hlascan, 本来一直信任xhla,却发现这个软件竟然处理手上这个特殊的样本也报了个罕见错误,大概是可能性比较多,代...

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windows 安装 miniconda3 +jupyter lab ,使用系统R语言

觉得jupyter+R挺配的,可以每块代码直接在下面输出结果,适合R语言学习。我觉得我就是因为这个工具+生信技能树的R语言入门教程而入门的R语言。当然,入门一门...

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