用户1075469

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生物信息学数据管理习题 Python3

这是我两三年前学习过的一本书,我觉得这本书挺好,把生物学的问题直接在python学习中解决了,推荐给大家,之前还整理了习题代码,分享一下。之前分享在了githu...

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Excel实现序列反向互补

最近有需求需要把很多excel里的引物序列反向互补,当然,任何一个编程语言都能解决,可是编个脚本需要一定的时间,而且,跨平台性也不足够好吧。Excel就不一样了...

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使用nf-core的ampliseq(qiime2)流程分析16S数据

最近看到生信技能树的一篇推文在介绍nf-core这个流程管理工具,发现官方有qiime2的流程,学习一下,顺便探索一下中间的坑。关于nf-core,这篇推文已经...

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使用纳米孔测序数据进行16S-DNA条形码研究的计算方法[综述]

3.Centrifuge和Minimap2是处理纳米孔数据的最合适工具,并且可以认为它们是当前的最佳选择;

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​宏转录组学习笔记(三)--通过脚本和snakemake实现自动化

到目前为止,我们已经完成了所有工作,并复制并粘贴了许多命令来完成所需的操作。这可行!但是也可能很耗时,并且更容易出错。接下来,我们将向你展示如何将所有这些命令放...

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宏转录组学习笔记--另一个教程

这项工作已获得Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International协议的许可。这意味着您可以复制,...

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宏转录组学习笔记(二)

继续前面的学习,前面已经把软件安装完成,数据库准备好,下面就是分析的过程了,基本上按照原文的命令进行的,由于教程中没有给出tara_f135_full_mega...

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【玩转腾讯云】使用云服务器进行生信数据分析

很多小伙伴手头有生信数据分析,但苦于没有服务器,没法完成自己需要的数据分析,特别是处于学习阶段的同学。这里,向大家推荐一下使用腾讯云CVM服务器,按量计费进行数...

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宏转录组学习笔记(一)

前面提到,已经有两家公司通过宏转录组(Metatranscriptomics)测序检测肠道微生物,面向消费者提供检测服务。对宏转录组充满了好奇,有这样的比方说,...

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简单的snptest要不要学

下载地址在这个网站 https://mathgen.stats.ox.ac.uk/genetics_software/snptest/snptest.html

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久等了的QIIME 2 2020.2 更新来了

QIIME 2 2020.2 更新踩着2月的尾巴来了!疫情仍在,学习的好时光呀,加油!这次更新有一些小的命令更改,已经把需要关注的重点更新突出显示。官方提醒下一...

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APIhttps网络安全
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COVID-19检测方法汇总

世卫组织已经将新冠状病毒2019-nCov重命名为COVID-19,所以与时俱进,我们也叫COVID-19。今天看下它的检测方法,整体来看,应该说还没有十全十美...

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网络安全
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ubiome类似数据dada2处理探索7

前面做的许多处理基本上自己拼凑来的,下面再看下完整解决方案。researchgate网站上有人说qiime1版本有这个双向数据配对不拼接的选项?这个没找到。主要...

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数据库数据分析SQL
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ubiome类似数据dada2处理探索6

接着前面的内容,这里再进行下数据库的处理,看看从参考数据库就按测序数据处理是不是能提高物种注释的精度。这里先预报一下,种的分类结果并不能有明显的提升,或许是因为...

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数据库SQL
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2019新冠状病毒学习笔记

最近这波疫情,重现当年初中非典时期,甚至愈演愈烈,与之前初中时的封校住宿学习不同,已经工作的今天和太多的互联网信息大爆炸让我们有些焦虑,特别是,作为学习生物的人...

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网络安全
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ubiome类似数据dada2处理探索5

前面我们探索了处理不能拼接的V4 PE150数据,首先双向reads根据质量情况分别切成120bp,然后使用dada2 R包进行了直接+10N拼接,生成ASV表...

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文献学习--大肠癌中富集的7种细菌是潜在的诊断标记物

以上是来自2018年5月的热心肠日报,这篇文章[1]这会拿出来重读是因为,我发现有公司以这篇文章的方法做成了一个肠癌早筛产品,就是前段时间发布的以检测7种菌来进...

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数据结构HTML
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ubiome类似数据dada2处理探索4

前面我们探索了处理不能拼接的V4 PE150数据,首先双向reads根据质量情况分别切成120bp,然后使用dada2 R包进行了直接+10N拼接,生成ASV表...

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数据分析
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Nanopore-16S数据分析学习笔记2

这里要吐槽一下牛津纳米孔科技公司,既然是想要扩大应用,就不应该像苹果一样把整个系统搞的这么封闭,应该把软件,流程都公开开源,这样软件才能变多,社区才会更加活跃呀...

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数据分析
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ubiome类似数据dada2处理探索3

我简单处理了下otu序列和表,使它们能导入qiime2,应该是一行shell代码解决的,shell水平不行,python来顶了。

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