开源工具Protologger：从16S到全基因组的细菌系统分类流程

微生物研究领域一直面临着大量未命名细菌的困扰。虽然许多新物种已经被分离培养，但由于缺乏有效发表的名称和规范描述，这些菌株的研究和应用受到严重限制。传统的原核生...

QIIME 2 2025.7：微生物数据分析再升级！

QIIME 2 2025.7 作为今年的功能版本，本次更新延续了团队一贯的高质量节奏，带来了多项插件增强、框架优化以及文档更新。

文献解读：从样本到出图，你的宏基因组分析可能每一步都在“掉坑”？这篇指南帮你完美避坑

大家好！今天我们来分享一篇发表在《Communications Biology》上的研究。做过宏基因组学分析的同学都知道，从样本处理到数据分析，每一步的选择都可...

文献解读：具有广泛宿主范围的噬菌体在生态系统中很常见

噬菌体在微生物群落中多种多样且丰富，它们在微生物群落的进化和适应中发挥着重要作用。噬菌体复制和繁殖通常被认为限制在单个或狭窄的宿主范围内。法国巴斯德研究所的研究...

SingleM测试:基于reads和单拷贝标记基因氨基酸序列的物种分析

上个月刚发表在NBT上的软件，看到有几个公众号和博客对这个软件进行了介绍，还是比较好奇这个软件的效果到底如何呀，在小伙伴的怂恿下测试一下下啦！

噬菌体宿主预测工具——iPHoP

Hello，Hello小伙伴们大家好，好久没跟大家分享干货啦！近年来，随着宏病毒组学研究的快速发展，病毒与宿主的互作关系逐渐成为微生物生态学和环境基因组学领域的...

文献解读-基于多种组装与 binning 工具的二代与三代宏病毒组比较评测：解析肠道病毒基因组功能特征

近日，复旦大学与中国科学院微生物研究所等团队在《Microbiome》发表了一项重要研究，利用 95 份平行测序的人类粪便富集病毒样颗粒数据，系统评估了短读长测...

文献解读-全球土壤抗生素抗性基因与风险增高及其与人类耐药基因库（resistome）的连通性（connectivity）增强有关

研究提出一个基于系统发育树的生境交错度指标（connectivity），用于量化同一 ARG 在不同生境（如土壤与人群）序列的交错混合程度，揭示土壤不仅是 AR...

文献解读-基于鸟枪法宏基因组测序数据构建宏基因组组装基因组（MAGs）：方法、应用、挑战与机遇

Hello，小伙伴们大家好。相较于下游的注释与功能分析，从复杂的宏基因组数据中准确地拼装并重构微生物基因组，始终是该领域的核心任务之一，近期小编学习从宏基因组测...

文献解读-借助来自不同生态环境的真实宏基因组数据，对多种病毒识别软件进行性能评估

Hello，Hello小伙伴们大家好，最近小编在搭建宏病毒组（metaviromes）相关流程，与常规宏基因组（metagenomics）分析相比，宏病毒组的核...

巨型病毒识别工具——GiantHunter教程

Hello，Hello小伙伴们大家好，好久没有给大家更新微信公众文了，最近小编在搭建宏病毒组相关流程，宏病毒和宏基因最大的区别在于，在组装的fasta序列中识别...

脚本分享—根据序列ID从fasta文件提取特定的序列

hello，hello！小伙伴们大家好，我是小编豆豆，今天小编继续来给小伙伴们分享免费好用的脚本。之前有公司将小编以前开发拿来贩卖，为了杜绝万恶的资本家

脚本分享—gbk文件中提取核苷酸序列以及注释信息

脚本分享—gbk文件中提取蛋白质序列以及注释信息

本脚本用于从 GenBank（GBK）格式文件中提取蛋白质序列，并将结果输出为 FASTA 格式文件。主要功能包括：

脚本分享—从fasta格式文件中批量提取特定位置的序列

这个脚本主要用于从FASTA格式文件中批量提取指定位置的序列，可以应用在很多不同场景，比如：

研究论文-基于宏基因组分析的研究表明，蚯蚓种类显著影响畜禽粪便中的抗生素抗性基因组构成

Hello，Hello小伙伴们大家好，目前小编就职于中国热带农业科学院，环境与植物保护研究所农业农村部热带地区低碳绿色农业重点实验室。目前实验室主要以研究方向是...

测试BioMaster: AI生信分析的demo测试

从去年吴恩达说agent（智能体）将大有可为，到dify等开源智能体以及Manus（多智能体应用）的爆火，AI智能体进入多智能体时代，应用也逐渐成熟。最近对两个...

宏病毒组binning工具—— vRhyme教程

Hello，Hello小伙伴们大家好，好久没有给大家更新微信公众文了，最近小编在学习宏病毒组，其中一个和宏基因组类似的过程——binning，然后和宏基因组bi...

GPU加速生信分析--序列比对Arioc

最近偶尔探索下GPU生信软件，虽然方兴未艾，发现多数软件已经是古董，比如GPU版本的Blast，使用CUDA7，10.1这样的版本已经是最新的，软件依赖复杂，编...