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沙龙
3
回答
为
DNA
序列
创建
数组
散
列
arrays
、
perl
、
hash
、
dna-sequence
我有一个名为%id2seq的
散
列
,它包含由键$id引用的
DNA
序列
字符串。我希望能够通过使用字符串中的一个位置作为参考来操作
DNA
序列
。例如,如果我的
DNA
序列
是ACGTG,我的$id将是Sequence 1,我的$id2seq{'Sequence 1'}将是ACGTG,而我的“理论”$id2seq{'Sequence 1'}[3]将是我试图
创建
一个
数组
的
散
<
浏览 37
提问于2019-03-24
得票数 0
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2
回答
如何
创建
和遍历
散
列
(深度
为
n)的
散
列
,深度n处的值是整数?
perl
、
hash
、
bioinformatics
我想将大小
为
n的
DNA
序列
存储在所描述的数据结构中。每个
散
列
可以包含将具有
散
列
值的关键字C、G、A、T。这些
散
列
值将是完全相同的
散
列
值-它们将有四个键,C,G,A,T,它们将具有
散
列
值。这种结构对于n级
散
列
是一致的。但是,最后一级
散
列
将改为具有整数值,这些整数值表示从级别1到级别n的
序
浏览 3
提问于2012-03-20
得票数 0
回答已采纳
1
回答
读取和有条件更新N行,其中N>100 000用于
DNA
序列
处理
c#
、
multithreading
、
azure
、
locks
我有一个概念应用程序的证明,它使用Azure表将
DNA
序列
与“某事”相关联。 表1是主表。它唯一地列出了每个
DNA
序列
。PK是RK的负载平衡
散
列
。RK是
DNA
序列
的唯一编码值。每个主题都会
创建
其他表。PK是负载平衡
散
列
,RK是
DNA
序列
的唯一值。假设RKs的数量比主表小许多数量级。每个主题都有一个N个
DNA
序列
的列表,在主表中有
浏览 0
提问于2012-09-12
得票数 4
2
回答
如何用2位编码字符?
c++
、
c
、
hash
为了实现
DNA
序列
k-mers的哈希函数,
DNA
序列
通常包含四个字符A、C、G、T的组合。我发现这个很有趣, 我使用了从A,C,G,T到{00,01,10,11} (以位
为
单位)的简单映射,允许一个字节编码四个碱基。然后可以使用
散
列
(Word)+
散
列
(rc(Word))或任何其他对称函数。这种方法的优点是您可以使用当前的哈希查找下一个哈希;当您将基元从k中移出时,您可以在
散
列
或
散
浏览 5
提问于2016-08-31
得票数 0
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1
回答
在holochain-rust中,获取和显示所有用户列表的最佳方式是什么?
dht
、
holochain
、
holochain-rust
创建
一个链接到所有用户以访问完整用户列表的中央代理是否有意义?有没有看起来更好的方法?
浏览 6
提问于2018-11-23
得票数 2
3
回答
如何在Ruby中找到两个字符串中相同子
序列
的索引?
ruby
、
dna-sequence
在这里,类
DNA
的每个实例对应于一个字符串,如'GCCCAC'。可以从这些字符串构造包含Arrays的子字符串
数组
。问题是编写
DNA
类的shared_kmers(k,
dna
2)方法,它返回一个由所有对i,j组成的
数组
,其中这个
DNA
对象(接收消息)与
dna
2共享一个普通的k-mer,在这个
dna
中的位置I,在
dna
2
dna
1 =
DNA
.new('GCCCAC'
浏览 1
提问于2019-11-03
得票数 4
回答已采纳
2
回答
我需要在我的网页中连接我的
散
列
值。
perl
我
创建
了一个cgi表单,在这个表单中插入一个
散
列
来查看输出。逻辑是当用户输入他的名字时,他将得到与他的名字相关的
DNA
序列
。我试图从哈希的匿名
数组
中获取值。如果输入有效,则将字符串转换为大写,然后使用哈希生成适当的
DNA
序列
并输出如下: 1.一次取一个用户名的字母,并使用步骤1中
创建
的
散
列
查找该字母并获得相应的
DNA
密码子。构建一个由这些三胞胎组成的'
DNA</e
浏览 3
提问于2013-03-10
得票数 1
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1
回答
长度
为
76个字符的字符串的单义哈希函数
c
、
string
、
hash
、
dna-sequence
这就是我的问题(我用C语言编程): 我有一些包含
DNA
序列
的大型文本文件(每个文件大约有6500万行,大小约为4~5 GB)。我的想法是使用
散
列
函数
创建
一个JudyHS
数组
,以便将String
DNA
序列
(长度
为
76个字母,有7个可能的字符)转换为整数,以减少内存使用(对于数百万个条目,4或8个字节而不是76个字节应该是相当大的成就问题是,我找不到一个
散
列
函数,它可以明确地定义这么长的字符串,并生成
浏览 1
提问于2011-05-03
得票数 3
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1
回答
消除
数组
的Perl
散
列
中的单一化值
arrays
、
string
、
perl
、
hash
我成功地
创建
了
数组
的
散
列
,并使用它从文件(Creating a hash of arrays for
DNA
sequences, Perl具有输入文件格式)计算每个
DNA
序列
的对数赔率分数。我会为每个
序列
得到一个分数,但每次计算都会得到一个警告。当然,我想澄清一下警告。警告是:Use of uninitialized value in string eq at line 148。我有一个对数赔率得分散
列
%loscore,它包含了mo
浏览 14
提问于2019-03-25
得票数 0
1
回答
如何在
数组
元素中搜索哈希键中的匹配项
arrays
、
perl
、
hash
我有一个
数组
,其中包含
DNA
序列
的唯一I(数字)。我把我的
DNA
序列
放在一个哈希中,这样每个键都包含一个描述性的标题,它的值就是
DNA
序列
。此列表中的每个标题都包含基因信息,并以其唯一的ID号作为后缀:头(
散
列
键):PREDICTEDXenopusSiluranatropicalishypotheticalproteinLOCLOCmRNA14272
序列
(哈希值):ATGGGTC.我不确定如
浏览 1
提问于2013-05-16
得票数 1
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1
回答
如何将as.DNAbin{ape}与存储在数据中的
DNA
序列
一起使用?
r
、
dna-sequence
、
ape-phylo
我有一个数据,其中一个列有座位名,另一个列有
DNA
序列
。我试图使用as.DNAbin{ape}或类似的方法来
创建
一个DNAbin对象。AATTCTATTGGTCATCACAATGGTGGTCCGTGGCTCACGTGCGTTCCTTGTGCAGGTCAACAGGTCAAGTTAAGATCGGAAGA"),.Dim = c(4L,2L)) 如果我尝试y <- as.
DNA
(x) R
创建
一个具有4个
DNA
序列
(示例中的4行)的长度
为
2
浏览 2
提问于2014-01-14
得票数 2
回答已采纳
1
回答
从r中的其他向量自动生成变量列表
r
、
list
、
vector
我有一个由107个
dna
序列
(
列
)组成的矩阵,每个
序列
有10个碱基(行)长。我还有一个称为nSamples的种群频率矢量,以及一个称为dnapops的种群名称矢量。我想自动
创建
一个嵌套列表,该列表分别包含前27个
序列
作为
dna
1,下一个27个
序列
作为
dna
2,下一个17个
序列
作为
dna
3.....and,依此类推,直到所有107个
序列
都在列表中它们各自的群体中。这需要是动态的,因为
浏览 6
提问于2016-08-03
得票数 1
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3
回答
将文件中的字符串转换为十六进制(Ruby)第二部分
ruby
、
ubuntu
我是Ruby新手,正在尝试将包含
DNA
序列
的文本文件转换为十六进制输出。我目前正在使用
散
列
来匹配十六进制值的字符串。#
dna
_sequencing.rb "aa" => 0, "ac" => 1, "ag" => 2, "at" => 3, "
浏览 0
提问于2018-02-28
得票数 1
1
回答
PSET 6
DNA
:如何计算连续STR的运行次数
python
、
cs50
我已经
为
PSET6编写了大部分代码,并且掌握了它的要点。但我被一些围绕如何迭代
DNA
序列
和计算连续STR的最长运行的逻辑所困。对于没有上CS50类的人,我基本上必须实现一个程序,根据他们的
DNA
来识别一个人。为了解决这个问题,我必须迭代
DNA
序列
,计算一个
DNA
子串重复多少次,并计算该子串连续运行的最长运行时间。(strcounter),并
创建
了一个
数组
来跟踪STR重复的最长连续运行。我打开csvfile并将第一行STR名称设置<em
浏览 17
提问于2020-09-08
得票数 0
2
回答
使用Python在
DNA
链上生成突变频率
python-3.x
、
bioinformatics
我想输入一个
DNA
序列
,并制作某种生成器,产生具有特定突变频率的
序列
。例如,假设我有
DNA
链"ATGTCGTCACACACCGCAGATCCGTGTTTGAC",我想要制造T->A频率
为
5%的突变。我知道
创建
随机突变可以用这样的代码来完成:def mutate(string, mutation, threshold):所以,如果我使用字节
数组
,
浏览 0
提问于2014-05-31
得票数 1
回答已采纳
4
回答
带有重复密码子的Perl
DNA
需要一个脚本来计数和增加值。
perl
、
hash
、
bioinformatics
、
counting
所以我的问题是我有一个
dna
分子,我需要在里面找到重复密码子并打印出来。让我告诉你我到现在为止做了什么: $triplet = substr ($
dna
,$i,3); @triplet = ("$triplet");print
浏览 11
提问于2014-04-11
得票数 1
回答已采纳
2
回答
填充字符串
数组
时出现问题
c++
、
arrays
、
string
、
matrix
我的程序是
DNA
序列
比对。它通过搜索在所有
序列
中顺序相同的一系列字符来比较两个
DNA
序列
。应将顶行上的所有插槽设置
为
间隙惩罚乘以其索引,即0*间隙、1*间隙、2*间隙… 沿左
列
的所有插槽应设置
为
间隔惩罚乘以其索引,即
浏览 0
提问于2019-07-10
得票数 0
4
回答
将相似的输入映射到相似的输出的
散
列
函数?
algorithm
、
hash
、
hashcode
、
simhash
是否存在一个哈希函数,其中输入中的微小变化会导致输出中的微小变化?例如,如下所示:hash("Foo!") => 9e107d9d372bb6826bd81d3542a419d7 <- note small difference
浏览 4
提问于2009-11-06
得票数 3
2
回答
Perl:
为
DNA
序列
的对数赔率分数
创建
和操作
数组
的
散
列
arrays
、
perl
、
hash
即使在看过文档之后,我也无法
创建
数组
的
散
列
。我希望HoA包含
序列
中基序(较小
序列
)的对数赔率分数。$HoA{$id}[$pos] = #score based on the position>Sequence_1>Se
浏览 0
提问于2019-03-27
得票数 1
1
回答
UniData中顺序文件和动态
数组
的MD5
散
列
md5
、
unidata
、
u2
我正在
创建
一个需要数字签名(MD5
散
列
)的顺序文件。在
创建
序列
文件的同时,我还使用相同的数据
创建
了一个动态
数组
。如果我同时对顺序文件和动态
数组
执行MD5
散
列
,我能期望结果相同还是不同?
浏览 1
提问于2010-02-09
得票数 4
回答已采纳
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