是指在snakemake工作流中,根据输入文件的数量和规则定义,自动生成相应数量的输出文件。
在snakemake中,可以使用参数化规则来实现生成参数化数量的输出文件。参数化规则使用通配符来表示输入文件的不同变体,并根据这些变体生成相应数量的输出文件。
以下是一个示例的snakemake规则,用于生成参数化数量的输出文件:
rule generate_output:
input:
"input_files/{sample}.txt"
output:
"output_files/{sample}_{index}.txt"
params:
index=lambda wildcards: range(1, wildcards.sample_count + 1)
shell:
"echo {input} > {output}"
在这个规则中,input
指定了输入文件的路径,其中{sample}
是一个通配符,表示输入文件的变体。output
指定了输出文件的路径,其中{sample}
和{index}
都是通配符,表示输出文件的变体。
params
部分定义了一个名为index
的参数,它是一个lambda函数,根据wildcards.sample_count
的值生成一个范围从1到sample_count
的整数列表。这样,对于每个输入文件,都会生成相应数量的输出文件。
在shell
部分,使用echo
命令将输入文件的内容写入到输出文件中。
这个规则可以通过以下方式运行:
snakemake --snakefile my_workflow.smk --config sample_count=3
其中,--config sample_count=3
指定了sample_count
参数的值为3,表示生成3个输出文件。
这个规则的应用场景包括批量处理多个输入文件,并生成相应数量的输出文件。例如,可以用于批量处理基因组数据,根据每个样本的不同变体生成相应数量的结果文件。
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