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R语言ggplot2作图如何去掉图例NA

遇到这个问题是在使用ggtree可视化展示进化树时候,我想给进化树枝分组映射颜色,对应推文是跟着Nature Genetics学画图:R语言ggtree给进化树枝分组映射颜色 第一步是准备进化树文件...image.png 加载需要用到R包 library(treeio) library(ggtree) library(ggplot2) 读取树文件和分组信息 tree<-read.tree("practice.tree...image.png 这个结果右侧图例最下方式有一个NA,如果不想要那个NA加一行代码 scale_color_discrete(na.translate=FALSE) 参考链接是 https://stackoverflow.com...image.png 欢迎大家关注我公众号 小明数据分析笔记本 需要示例数据和代码 点赞 点击在看 然后在后台留言 20210605 就可以了 小明数据分析笔记本 公众号 主要分享:1、R语言和python...做数据分析和数据可视化简单小例子;2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记;3、生物信息学入门学习资料及自己学习笔记!

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R」魔性ggplot2,多个图例时顺序会变?

今天尝试解决使用ggplot2画图时一个问题,图例不按规矩出牌。 ggplot2作者们在测试时发现更新版本也出这问题了,正好可以用于简单说明。 本来是一个这样图形 ? 新版本变成了 ?...而我是画两个相似的图形时出现这问题,数据结构一样,然后画图后图例顺序变了~ 根据文档,默认使用了某种“秘密魔法”?!...下面是一个例子: dat <- data.frame(x = LETTERS[1:3], y = 1) p <- ggplot(dat, aes(x, y, fill = x, colour = 1:3...如果我们要改变图例顺序,按下面的操作,将color变成1,然后fill使用默认排序: # And we can reverse the order p + guides( color = guide_colorbar...当然,如果你理解了上面的英文文档,怎么设定怎么排都是可以

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R语言ggplot2绘图单元格为方块热图—1—调整图例位置

image.png 我选择使用R语言ggplot2来实现,这个是箱线图和热图拼接,右侧热图可以借助geom_point()函数实现,将点形状改为正方块,数值按照正负来映射颜色,按照一定数值来映射大小...基本思路有了。今天推文记录一个小知识点是 如何将图例远离主图并且给放到右上角去 首先是构造一份数据 df<-data.frame(x=LETTERS[1:4],y=1:4) df ?...image.png 拉大图例与主图距离 使用theme()函数中legend.box.margin参数来调节 ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))+ geom_col(aes...image.png 还有另外两个知识点是调节图例标题和图例距离以及图例文本和图例距离 分别需要用到legend.spacing.y和legend.spacing.x参数 ggplot(data=...image.png 欢迎大家关注我公众号小明数据分析笔记本 小明数据分析笔记本 公众号 主要分享:1、R语言和python做数据分析和数据可视化简单小例子;2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记

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ggplot2自定义各类文本颜色

❝本节来介绍一个修改文本颜色绘图案例,在实际数据分析过程中某些情况下我们需要为轴文本和图例文本来添加不同颜色,但是由于在ggplot2中无默认参数来实现这一功能,在此小编使用另一种巧妙方法来实现这一需求...,整个过程参考。...「2024更新绘图内容同时包含数据+代码+markdown注释文档+文档清单」 library(tidyverse) library(readxl) # devtools::install_github...,指定第3个工作表 # 对数据进行预处理,包括更改Cluster列值和调整summit列数值范围 dff % mutate(Cluster = str_replace_all(Cluster...❝可以看到Y轴文本根据不同Cluster生成了不同颜色,同时图例文本颜色也与图例色块保持了一致,强迫症可以得到满足了。

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R语言可视化及作图7--ggplot2之标签、图例和标题绘制

---- R语言绘图系列R语言可视化及作图1--基础绘图(par函数,散点图,盒形图,条形图,直方图) R语言可视化及作图2--低级绘图函数 R语言可视化及作图3--图形颜色选取 R语言可视化及作图...4--qplot和ggplot2美学函数 R语言可视化及作图5--ggplot2基本要素和几何对象汇总 R语言可视化及作图6--ggplot2之点图、条形图、盒形图、直方图、线图 * 1....factor(1:5)) pp <- ggplot(dat,aes(x,y,color=p,size=q,shape=r))+geom_point() #画出散点图,在不对图例进行任何调整情况下,图形有测也会出现三个图例...,包含了颜色图形和大小 ggplot(mpg,aes(displ,cty))+geom_point(aes(size=hwy,color=cyl,shape=drv))+guides(color=guide_colorbar...在theme函数中,与图例有关主要参数有: 参数 用法 功能 legend.background 接受函数element_rect() 定义图例背景 legend.margin 接受数值 定义图例边缘范围

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如何通过R语言制作BBC风格精美图片

在BBC数据团队开发了一个R包,以ggplot2内部风格创建可发布出版物图形,并且使新手更容易到R创建图形。 例如: ? 加载所有所需R语言包 通常在R中创建图表需要安装和加载某些软件包。...它本质上修改了ggplot2主题功能中某些参数。例如,第一个参数是设置绘图标题元素字体,大小,字体和颜色。...width_pixels:默认情况下设置为640px,因此当希望图表具有不同宽度并指定其宽度时才调用此参数。...默认ggplot图例在各个图例项目之间几乎没有空格。...按大小重新排序栏 默认情况下,R将按字母顺序显示数据,但按大小排列则很简单:只需将reorder()包装在要重新排列x或y变量周围,然后指定要变量 重新排序。 例如。

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ggplot2自定义离散型热图图例

本节来介绍ggplot2绘制中图例设置方面的问题,通过一个热图案例进行阐述。整个过程参考,希望对各位观众老爷能有所帮助。...ggplot2中图例体系 ❝在ggplot2中针对图例自定义设置可通过guide与guides函数来完成,二者虽只有一字之差具体参数上也基本一致,但是使用时却也有些许不同。...「guides函数中常使用主要有 guide_legend 和 guide_colourba」两类 guide_legend:用于定义离散型数据图例 guide_colourba:用于定义连续型数据图例...❝因此在使用前需针对图例所对应几何对象来选择正确函数,同时在实际绘图过程中图例绘制还存在一种情况,即数据为连续型但是在绘制图例将其定义为离散型。...下面就通过此函数来自定义设置图例 ❞ 加载R包 library(tidyverse) library(MetBrewer) df % drop_na

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R语言从入门到精通:Day17 (ggplot2绘图)

它通过全面一致语法帮助我们将多变量数据集进行可视化,并且很容易生成R自带图形难以生成图形。...第一个是lattice包中singer数据集,它包括纽约合唱团歌手身高和语音变量等。 第二个是mtcars数据集,它包含32辆汽车详细信息。...最后一个是car包中Salaries数据集,包含了大学教授收入信息,并用来探索性别差异对他们收入影响。...最后,将研究如何调整ggplot2图形外观,包括修改坐标轴和图例、改变配色方案以及添加注释。...ggplot2包学习起来可能有些困难,同时网上也有很多学习资料,一系列ggplot2函数及相应例子可以在http://docs.ggplot2.org上找到,但最重要还是要多动手!多动手!

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R绘图笔记 | 一般散点图绘制

可先阅读文章:R绘图笔记 | R语言绘图系统与常见绘图函数及参数 1.利用plot()绘制散点图 R语言中plot()函数基本格式如下: plot(x,y,...) plot函数中,x和y分别表示所绘图形横坐标和纵坐标...## 部分参数解释 data, x, y # data指数据框,x、y为数据框中用来绘制图形变量 combine # 逻辑词,默认FALSE,当y是包含多个变量向量时使用;如为TRUE,则创建组合面板图...merge # 逻辑词或字符;默认FALSE,当y是包含多个变量向量时使用;如为TRUE,则在同一绘图区域合并多个y变量; # 字符为"asis"或"flip",如为"flip",则y变量翻转为x...# 逻辑词,图例中是否包含文字; ggtheme # ggplot2主题名称,默认为theme_pubr(); # 可用值包括theme_gray(),theme_bw(),theme_minimal...参考资料: 1.R语言数据可视化之美,张杰/著 2.scatterplot()函数帮助文件 3.ggscatter()函数帮助文件

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数据科学学习手札57)用ggplotly()美化ggplot2图像

非常精美,且绘制图像自由程度堪比ggplot2,其为R也提供了接口,在plotly包中,但对于已经习惯用ggplot2进行可视化朋友而言,自然是不太乐意转向plotly学习,有趣是plotly...R包中有着函数ggplotly(),可以将ggplot2生成图像转换为交互式plotly图像,且还可以添加上ggplot2原生图像中无法实现交互标签,最重要是其使用方法非常傻瓜式,本文就将结合几个小例子来介绍...这里我们利用R自带鸢尾花数据绘制了一个简单散点图,接着我们只需要简单一行代码就可以实现神奇转换效果: library(plotly) ggplotly(p) ?   ...可以观察到,经过ggplotly()处理后ggplot2图像通过R-studio中viewer窗口打开,即当前图像是网页文件,而随着我们鼠标的放置,可以在保留原有ggplot2外观情况下,进行plotly...可以看到悬浮标签内信息如我们所愿,但ggplot2中某些部件在plotly中是相冲突,例如图例: p_changed <- ggplot(iris, aes(x=Sepal.Length, y=Sepal.Width

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动态地理信息可视化——leaflet在线地图简介

最近稍微涉猎了一下leaflet这个包,突然感到发现了动态可视化新大门,这个包所提供地图类型、动态效果、图层展示方式都大大扩展了ggplot作图系统数据地图上缺陷。...: #该句加载地图数据,也可以说是对地图初始化操作,相当于ggplot2作图系统中ggplot()函数,会建立一个没有内容空白图层面板。...颜色映射对于数据地图而言是最复杂也最为重要视觉对象,毕竟你目光中要有很大一部分数据墨水比是由色彩来呈现,但是小魔方再在前讲解ggplot数据地图系列时候已经讲解过非常详细颜色映射规则。...针对数据地图而言,颜色映射要依据数据类型而定,数值型变量(包含定距变量、定比变量)需要使用连续渐变色进行映射,因子变量(包含分类及有序)需要使用分类色、或者同色系离散渐变进行颜色映射。...colorFactor:这个就是单纯分类变量(因子或者有序)映射颜色设置方式。 图例对象: addLegend:是添加图例图层对象,相当于ggplotguilde函数。

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R语言可视化——关于ggplot所支持数据地图素材类型

虽然从数据存储格式上来讲我们分为shp素材、json素材,但是由于在R语言中使用ggplot2作图,所支持数据集对象大致又可分为两类,它们都可以由shp、json数据文件转化而来。...这两种格式数据集所描述信息差不多是一致。第一种格式(sp)是R语言绘图比较传统数据格式,它将地理信息数据分割为两大块:描述层和映射层。...而sf对象将这种控件数据格式件进行了更加整齐布局,使用st_read()导入空间数据对象完全是一个整齐数据框,拥有整齐行列,这些行列中包含数据描述和几何多边形边界点信息。...(倘若描述层均没有对应id,你需要为其构造虚拟id,这一次合并算上的话,那么就需要三次合并)。 然而在sf对象中我们需指定一次合并即可,即描述层和业务指标数据合并。...R语言中可以制作数据地图包有很多(我长用到): #需要自己准备数据地图素材: map() ggplot(china_map1)+geom_line() #只能做轮廓图 ggplot(china_map1

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R语言数据结构(包含向量和向量化详细解释)

更多内容请参考《R语言编程艺术》 ——————————————— 向量类型是R语言核心。深入理解向量对R数据结构及其操作,函数开发和应用有着重要意义。...[1]表示这行得第一项是输出结果第一项。 x由3个元素组成,分别是3,23,5 长度就是其包含元素个数。注意区别后面的列表长度。...4 常见数据结构和向量关系及常见操作 4.1矩阵 前已述及,矩阵也是向量,特殊向量,包含量阿哥附加属性:行和列。所以,矩阵也有模式,例如数值型或字符型。但向量不能看做有一列或一行矩阵。...还有合并 apply族函数在数据框中用法 apply lapply sapply apply 如果数据每一列数据类型相同,则可以对该数据框使用apply函数。或针对数据框中某些列应用。...1 xf包含四个数值,共3个水平(levels,就是xf中不同数值) 2 length返回数据长度,而不是水平个数 3 unclass要引起注意。

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Day7:R语言课程 (R语言进行数据可视化)

学习目标 使用扩展包“ggplot2”绘制图表。 使用“map”函数进行数据结构迭代。 导出在R环境之外使用图片。...`map`系列函数 purrr包map()提供了一系列函数,它是tidyverse中一个包。参阅R for Data Science一书。...该族包括几个函数,每个函数输入都是向量,输出是指定类型向量。例如,用这些函数对向量中每个元素或数据框中每列或列表每个组件执行某些任务/函数,依此类推。 map() 创建一个列表。...ggscatter1 有了必须映射,再为图片添加一些可选映射,比如颜色。通过指定列标题来,按照基因型给点上色。自动使用一组默认颜色,不必指定。此外,ggplot2还自动绘制了图例!...ggplot2 theme系统处理非数据绘图元素,例如: 坐标轴标签映射 图片背景 标签背景 图例外观 可以使用内置主题(即theme_bw()),通过将其添加为附加层,主要更改背景/前景色。

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绘图资源rpubs推荐

rpubs这个网页其实不仅仅是绘图资源,同时包含了很多各行各业统计示例,但是它是以创作者用户为单位组织内容,并没有行业分区板块,也没有思维导图那样层次结构供检索和学习。...Easy web publishing from R Write R Markdown documents in RStudio. Share them here on RPubs....其实中文领域,公众号才是最好资源,类似的绘图细节有《老俊俊生信笔记》: 环形热图进阶 ggplot 绘制环形堆叠条形图 精彩目录, 值得细读: 其实它底层仍然是ggplot系列 但是如果你要从ggplot2...✦ 数据(Data),最基础是可视化数据和一系列图形映射(aesthetic mappings),该映射描述了数据变量如何映射到可见图形属性。...✦ 标度(Scales)是将数据取值映射到图形空间,例如用颜色、大小或形状来表示不同取值,展现标度常见做法是绘制图例和坐标轴。

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