遇到这个问题是在使用ggtree可视化展示进化树的时候，我想给进化树的枝分组映射颜色，对应的推文是跟着Nature Genetics学画图：R语言ggtree给进化树的枝分组映射颜色 第一步是准备进化树文件...image.png 加载需要用到的R包 library(treeio) library(ggtree) library(ggplot2) 读取树文件和分组信息 tree<-read.tree("practice.tree...image.png 这个结果右侧的图例最下方式有一个NA的，如果不想要那个NA加一行代码 scale_color_discrete(na.translate=FALSE) 参考链接是 https://stackoverflow.com...image.png 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 需要示例数据和代码 点赞 点击在看 然后在后台留言 20210605 就可以了 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python...做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记！
今天尝试解决使用ggplot2画图时的一个问题，图例不按规矩出牌。 ggplot2的作者们在测试时发现更新版本也出这问题了，正好可以用于简单说明。 本来是一个这样的图形 ? 新版本变成了 ?...而我是画两个相似的图形时出现这问题，数据结构一样，然后画图后图例的顺序变了~ 根据文档，默认使用了某种“秘密魔法”？！...下面是一个例子： dat <- data.frame(x = LETTERS[1:3], y = 1) p <- ggplot(dat, aes(x, y, fill = x, colour = 1:3...如果我们要改变图例顺序，按下面的操作，将color变成1，然后fill使用默认排序： # And we can reverse the order p + guides( color = guide_colorbar...当然，如果你理解了上面的英文文档，怎么设定怎么排都是可以的。
目 正文 自定义ggplot2图的图例。这里我们要修改非数据组件，通常通过theme（）命令来完成。 此页面受到ggplot2（？theme）帮助页面的强烈启发。...另外，请访问非常强大的ggplot2文档以获取更多信息。...我们从mtcars数据集和默认图例开始： library(ggplot2) basic=ggplot(mtcars, aes(wt, mpg, colour = factor(cyl), shape =...image.png 删除图例中的一类 basic + guides(shape=FALSE) ?...一些自定义图例的测试 # 图例被红框包裹 basic + theme( legend.box.background = element_rect(color="red", size=2),
image.png 我选择使用R语言的ggplot2来实现，这个是箱线图和热图的拼接，右侧的热图可以借助geom_point()函数实现，将点的形状改为正方块，数值按照正负来映射颜色，按照一定的数值来映射大小...基本的思路有了。今天的推文记录一个小知识点是 如何将图例远离主图并且给放到右上角去 首先是构造一份数据 df<-data.frame(x=LETTERS[1:4],y=1:4) df ?...image.png 拉大图例与主图的距离 使用theme()函数中的legend.box.margin参数来调节 ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))+ geom_col(aes...image.png 还有另外两个知识点是调节图例的标题和图例的距离以及图例的文本和图例的距离 分别需要用到legend.spacing.y和legend.spacing.x参数 ggplot(data=...image.png 欢迎大家关注我的公众号小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记
❝本节来介绍一个修改文本颜色的绘图案例，在实际数据分析的过程中某些情况下我们需要为轴文本和图例文本来添加不同的颜色，但是由于在ggplot2中无默认的参数来实现这一功能，在此小编使用另一种巧妙的方法来实现这一需求...，整个过程仅参考。...「2024更新的绘图内容同时包含数据+代码+markdown注释文档+文档清单」 library(tidyverse) library(readxl) # devtools::install_github...，指定第3个工作表 # 对数据进行预处理，包括更改Cluster列的值和调整summit列的数值范围 dff % mutate(Cluster = str_replace_all(Cluster...❝可以看到Y轴文本根据不同的Cluster生成了不同的颜色，同时图例文本颜色也与图例色块保持了一致，强迫症可以得到满足了。
在BBC数据团队开发了一个R包，以ggplot2内部风格创建可发布出版物的图形，并且使新手更容易到R创建图形。 例如： ? 加载所有所需的R语言包 通常在R中创建图表需要安装和加载某些软件包。...它本质上修改了ggplot2的主题功能中的某些参数。例如，第一个参数是设置绘图标题元素的字体，大小，字体和颜色。...width_pixels：默认情况下设置为640px，因此仅当希望图表具有不同的宽度并指定其宽度时才调用此参数。...默认的ggplot图例在各个图例项目之间几乎没有空格。...按大小重新排序栏 默认情况下，R将按字母顺序显示数据，但按大小排列则很简单：只需将reorder（）包装在要重新排列的x或y变量周围，然后指定要变量 重新排序。 例如。
---- R语言绘图系列： R语言可视化及作图1--基础绘图（par函数，散点图，盒形图，条形图，直方图） R语言可视化及作图2--低级绘图函数 R语言可视化及作图3--图形颜色选取 R语言可视化及作图...4--qplot和ggplot2美学函数 R语言可视化及作图5--ggplot2基本要素和几何对象汇总 R语言可视化及作图6--ggplot2之点图、条形图、盒形图、直方图、线图 * 1....factor(1:5)) pp <- ggplot(dat,aes(x,y,color=p,size=q,shape=r))+geom_point() #画出散点图，在不对图例进行任何调整的情况下，图形有测也会出现三个图例...，包含了颜色图形和大小 ggplot(mpg,aes(displ,cty))+geom_point(aes(size=hwy,color=cyl,shape=drv))+guides(color=guide_colorbar...在theme函数中，与图例有关的主要参数有： 参数 用法 功能 legend.background 接受函数element_rect() 定义图例背景 legend.margin 接受数值 定义图例的边缘范围
它通过全面一致的语法帮助我们将多变量的数据集进行可视化，并且很容易生成R自带图形难以生成的图形。...第一个是lattice包中的singer数据集，它包括纽约合唱团歌手的身高和语音变量等。 第二个是mtcars数据集，它包含32辆汽车的详细信息。...最后一个是car包中的Salaries数据集，包含了大学教授的收入信息，并用来探索性别差异对他们收入的影响。...最后，将研究如何调整ggplot2图形的外观，包括修改坐标轴和图例、改变配色方案以及添加注释。...ggplot2包学习起来可能有些困难，同时网上也有很多学习资料，一系列ggplot2的函数及相应的例子可以在http://docs.ggplot2.org上找到，但最重要的还是要多动手！多动手！
非常精美，且绘制图像的自由程度堪比ggplot2，其为R也提供了接口，在plotly包中，但对于已经习惯用ggplot2进行可视化的朋友而言，自然是不太乐意转向plotly的学习，有趣的是plotly的...R包中有着函数ggplotly()，可以将ggplot2生成的图像转换为交互式的plotly图像，且还可以添加上ggplot2原生图像中无法实现的交互标签，最重要的是其使用方法非常傻瓜式，本文就将结合几个小例子来介绍...这里我们利用R自带的鸢尾花数据绘制了一个简单的散点图，接着我们只需要简单的一行代码就可以实现神奇的转换效果： library(plotly) ggplotly(p) ? ...可以观察到，经过ggplotly()处理后的ggplot2图像通过R-studio中的viewer窗口打开，即当前的图像是网页文件，而随着我们鼠标的放置，可以在保留原有ggplot2外观的情况下，进行plotly...可以看到悬浮标签内的信息如我们所愿，但ggplot2中的某些部件在plotly中是相冲突的，例如图例： p_changed <- ggplot(iris, aes(x=Sepal.Length, y=Sepal.Width
本节来介绍ggplot2绘制中图例设置方面的问题，通过一个热图的案例进行阐述。整个过程仅参考，希望对各位观众老爷能有所帮助。...ggplot2中的图例体系 ❝在ggplot2中针对图例的自定义设置可通过guide与guides函数来完成，二者虽只有一字之差具体参数上也基本一致，但是使用时却也有些许不同。...「guides函数中常使用的主要有 guide_legend 和 guide_colourba」两类 guide_legend：用于定义离散型数据图例 guide_colourba：用于定义连续型数据图例...❝因此在使用前需针对图例所对应的几何对象来选择正确的函数，同时在实际绘图过程中图例绘制还存在一种情况，即数据为连续型但是在绘制图例将其定义为离散型。...下面就通过此函数来自定义设置图例 ❞ 加载R包 library(tidyverse) library(MetBrewer) df % drop_na
可先阅读文章：R绘图笔记 | R语言绘图系统与常见绘图函数及参数 1.利用plot()绘制散点图 R语言中plot()函数的基本格式如下： plot(x,y,...) plot函数中，x和y分别表示所绘图形的横坐标和纵坐标...## 部分参数解释 data, x, y # data指数据框，x、y为数据框中用来绘制图形的变量 combine # 逻辑词，默认FALSE，仅当y是包含多个变量的向量时使用；如为TRUE，则创建组合面板图...merge # 逻辑词或字符；默认FALSE，仅当y是包含多个变量的向量时使用；如为TRUE，则在同一绘图区域合并多个y变量； # 字符为"asis"或"flip"，如为"flip"，则y变量翻转为x...# 逻辑词，图例中是否包含文字； ggtheme # ggplot2主题名称，默认为theme_pubr()； # 可用值包括theme_gray(),theme_bw(),theme_minimal...参考资料： 1.R语言数据可视化之美，张杰/著 2.scatterplot()函数帮助文件 3.ggscatter()函数帮助文件
今天继续 跟着Nature Communications学画图系列第四篇。学习R语言ggplot2包画散点图，然后分组添加拟合曲线。对应的是论文中的Figure2 ?...in anthropogenically impacted environments 这篇论文数据分析和可视化的部分用到的数据和代码全部放到了github上 https://github.com/karkman.../crassphage_project 非常好的R语言学习素材。...更改图例的标题 ggplot(crass_impact,aes(x=rel_crAss,y=rel_res,color=country))+ geom_point(aes(shape=crAss_detection...这里注意到更改图例的标题以后图例的顺序也变了。原来图例的默认顺序也是按照首字母排序来的。 还想改图中的哪些地方可以留言讨论
今天分享R语言中的柱形图，所有图表语法都基于ggplot2包中的ggplot函数完成 。...多系列簇状柱形图： with(mpg,table(class,year)) ? 通过汇总可以看到class与year之间的交叉表关系，以下将以这两个变量来制作系列簇状柱形图。...以上图表是未做任何设定时的两系列柱形图，可以看到两个系列位置重叠无法看到无法看清楚1999年的柱形图实际高度。...通过设定柱形图填充顺序与图例显示顺序，使得图例中的颜色顺序与图表中一致。...你需要非常熟练的使用R语言中的数据重塑辅助工具包：dplyr、tidyr、reshape2等将宽数据重塑为R作图支持的长数据格式。
最近稍微涉猎了一下leaflet这个包，突然感到发现了动态可视化的新大门，这个包所提供的地图类型、动态效果、图层展示方式都大大扩展了ggplot作图系统的在数据地图上的缺陷。...： #该句加载地图数据，也可以说是对地图的初始化操作，相当于ggplot2作图系统中的ggplot（）函数，会建立一个没有内容的空白图层面板。...颜色映射对于数据地图而言是最复杂也最为重要的视觉对象，毕竟你的目光中要有很大一部分数据墨水比是由色彩来呈现的，但是小魔方再在前讲解ggplot数据地图系列的时候已经讲解过非常详细的颜色映射规则。...针对数据地图而言，颜色映射要依据数据类型而定，数值型变量（包含定距变量、定比变量）需要使用连续渐变色进行映射，因子变量（包含分类及有序）需要使用分类色、或者同色系的离散渐变进行颜色映射。...colorFactor：这个就是单纯的分类变量（因子或者有序）映射的颜色设置方式。 图例对象： addLegend：是添加图例的图层对象，相当于ggplot中的guilde函数。
更多内容请参考《R语言编程艺术》 ——————————————— 向量类型是R语言的核心。深入理解向量对R中数据结构及其操作，函数的开发和应用有着重要意义。...[1]表示这行得第一项是输出结果的第一项。 x由3个元素组成，分别是3,23,5 长度就是其包含的元素的个数。注意区别后面的列表的长度。...4 常见数据结构和向量的关系及常见操作 4.1矩阵 前已述及，矩阵也是向量，特殊的向量，包含量阿哥附加的属性：行和列。所以，矩阵也有模式，例如数值型或字符型。但向量不能看做有一列或一行的矩阵。...还有合并 apply族函数在数据框中的用法 apply lapply sapply apply 如果数据框的每一列的数据类型相同，则可以对该数据框使用apply函数。或针对数据框中的某些列应用。...1 xf包含四个数值，共3个水平（levels，就是xf中不同的数值） 2 length返回的是数据的长度，而不是水平的个数 3 unclass要引起注意。
虽然从数据存储格式上来讲我们分为shp素材、json素材，但是由于在R语言中使用ggplot2作图，所支持的数据集对象大致又可分为两类，它们都可以由shp、json数据文件转化而来。...这两种格式的数据集所描述的信息差不多是一致的。第一种格式（sp）是R语言绘图比较传统的数据格式，它将地理信息数据分割为两大块：描述层和映射层。...而sf对象将这种控件数据格式件进行了更加整齐的布局，使用st_read（）导入的空间数据对象完全是一个整齐的数据框，拥有整齐的行列，这些行列中包含着数据描述和几何多边形的边界点信息。...（倘若描述层均没有对应的id,你需要为其构造虚拟id，这一次合并算上的话，那么就需要三次合并）。 然而在sf对象中我们仅需指定一次合并即可，即描述层和业务指标数据的合并。...R语言中可以制作数据地图的包有很多（我长用到的）： #需要自己准备数据地图素材： map() ggplot(china_map1)+geom_line() #只能做轮廓图 ggplot(china_map1
今天继续 跟着Nature Communications学画图 系列第五篇。学习R语言ggplot2包画图。然后多个图拼接到一起。对应的是论文中的补充材料图一。 ?...in anthropogenically impacted environments 这篇论文数据分析和可视化的部分用到的数据和代码全部放到了github上 https://github.com/karkman.../crassphage_project 非常好的R语言学习素材。...，指定几行几列，指定图例的位置，图例的位置只有右和下可以选。...这个函数有一个好处是可以共享图例 下面试一下他的代码 首先是读入数据 crass_categ <- read.table("data/crAss_categ.txt") 加载ggplot2 library
rpubs这个网页其实不仅仅是绘图资源，同时包含了很多各行各业的统计示例，但是它是以创作者用户为单位组织内容，并没有行业分区的板块，也没有思维导图那样的层次结构供检索和学习。...Easy web publishing from R Write R Markdown documents in RStudio. Share them here on RPubs....其实中文领域，公众号才是最好的资源，类似的绘图细节有《老俊俊的生信笔记》： 环形热图进阶 ggplot 绘制环形堆叠条形图 精彩目录， 值得细读： 其实它的底层仍然是ggplot系列 但是如果你要从ggplot2...✦ 数据（Data），最基础的是可视化的数据和一系列图形映射（aesthetic mappings），该映射描述了数据中的变量如何映射到可见的图形属性。...✦ 标度（Scales）是将数据的取值映射到图形空间，例如用颜色、大小或形状来表示不同的取值，展现标度的常见做法是绘制图例和坐标轴。
本系列内容来自github上面超级火爆的R语言可视化项目：tidyTuesday。是学习R语言数据分析和可视化极好的素材。...) 一些关于字体的设置可以参考这篇文章 R/ggplot2保存图片中文字体至PDF——showtext包一文清除所有障碍 。...（包含标题、子标题、坐标轴和引用等注释) gg <- gg + labs(title = "从2004年到2016年美国各种学费<em>的</em>年均变化", x = NULL,...= 12), # legend.position 设置图例位置, 这里用坐标来指定图例的位置 legend.position = c('.88', '.2'), # legend.key.size...(family = 'gochi',size = 20), # legend.position 设置图例位置, 这里用坐标来指定图例的位置 legend.position = c('.79',
学习目标 使用扩展包“ggplot2”绘制图表。 使用“map”函数进行数据结构迭代。 导出在R环境之外使用的图片。...`map`系列函数 purrr包map()提供了一系列函数，它是tidyverse中的一个包。参阅R for Data Science一书。...该族包括几个函数，每个函数的输入都是向量，输出是指定类型的向量。例如，用这些函数对向量中的每个元素或数据框中的每列或列表的每个组件执行某些任务/函数，依此类推。 map() 创建一个列表。...ggscatter1 有了必须的映射，再为图片添加一些可选的映射，比如颜色。通过指定列标题来，按照基因型给点上色。自动使用一组默认颜色，不必指定。此外，ggplot2还自动绘制了图例！...ggplot2 theme系统处理非数据绘图元素，例如： 坐标轴标签映射 图片背景 标签背景 图例外观 可以使用内置主题（即theme_bw()），通过将其添加为附加层，主要更改背景/前景色。
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