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最强大netCDF处理工具

因为其功能强大,NCO每次更新时几乎都会随着更新,其文档也并不完善。在NCO发行文件data/ncap2_tst.nco可以查到更为详细描述,data/*.nco文件包含了更详细使用方法。...文件集合是对所有输入文件进行变量格点统计,组集合是对文件变量进行格点统计。...ncks—netCDF Kitchen Sink ncks可以说是NCO处理netCDF文件又一神器(毕竟是厨房神器),是最长使用命令之一。...ncks可以完成ncdump和nccopy大部分功能,同时还可以实现文件提取、分割等操作,还可以根据给定网格文件对数据进行插值。...除了NCO之外,还有一用于处理netCDF文件命令行工具--CDO,也有对应Python封装版本,感兴趣可以查看。 此次仅对上述命令进行简要介绍,下次再详细介绍常用命令使用方法。

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气象数据处理:NetCDF文件处理

所谓自描述就是自带属性信息,这和一般雷达基数据格式不同,一般雷达数据也是二进制,但不是自描述,而是需要额外数据格式文档来说明数据格式,而NetCDF文件包含了描述变量和维度元数据信息。...通常包含以下三部分: 维度 变量 属性 维度部分记录是每个变量维度名及长度,而变量包含了维度,属性(如数据单位)信息及变量值。属性部分包含了一些额外信息,比如文件创建者等。...关于netCDF4-python库介绍,之前已经提到了 netcdf4-python 模块详解,还有这里这里使用 Cartopy 和 netCDF4 可视化 WRF 模式数据 下面以一例子来讲述一下如何处理...= data.variables["SST"][1, :, :] scipy scipy 库io模块同样提供了 netcdf 文件处理方法,其所使用外部模块和 netCDF4-python 使用相同...此节仅记录了怎么读netcdf文件,关于如何写netcdf文件下次再说。 除了上述三种工具之外,CDO和NCO在处理netcdf文件时有时会非常有用,关于这两部分介绍有空再说。

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CDO转换数据集格式

在进行数据处理和分析过程或是基于其他原因,为了方便进一步处理,有时需要将NetCDF数据格式转换为GRIB数据格式。...在格式转换过程,首先要确定NetCDF格式数据是否全部变量都包含网格信息,或是网格类型为非 generic。因为CDO不支持上述两种情况下格式转换。...,其中有7网格坐标,1,5,6三是曲线网格坐标,而其余网格类型为 generic,是不支持转换到GRIB格式。...查看 outfile.grb 文件信息可以发现,infile.ncgeneric网格类型变量都不存在了 ,而且变量名也都发生了变化 ,变量名命名方式为 var + infile.nc文件变量顺序...如果输入文件不包含网格信息,可以使用setgrid操作符设置网格描述信息,然后再执行转换操作。当然,NCO也有命令可以完成网格信息添加。比如: ncatted。

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基于netcdfnc文件读写

如果是打开已有文件,对已有文件进行编辑时,如添加新变量,维度,属性等信息,需要进入定义模式,然后修改完成后,为了保证文件内容是最新,可使用nc_sync/nf_sync等函数更新文件。...,通常空间维度是非记录维度 netCDF classic 和 64位文件,最多只能有一记录维度,但在netCDF4文件可以有多个记录维度。...NetCDF库中提供了大量关于变量操作函数,大致分为以下几类: •变量定义函数:用于定义/添加新变量变量数据获取函数:此类函数可从变量提取数据,此类函数提供了针对不同数据类型函数•变量查询函数...,那么要确保记录维度位于最左侧(⚠️:这里所说最左侧是nc文件变量最左侧,但是在程序定义变量时候,使用nc_def_var等定义变量时,记录维度应该位于最右侧),否则会出现 NetCDF: NC_UNLIMITED...,近期在博客更新了一些内容,其中有涉及到NetCDF,也有使用其它高级工具处理NetCDF文件,比如nco等。

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使用Python处理NetCDF格式文件

NetCDF 数据特性包括: 自描述性:即 netCDF 文件包括关于其中所含数据信息,如捕获数据元素时间以及使用测量单位。...可移植性:或称跨平台性,即在一种操作系统上创建 netCDF 文件通常可被其他操作系统上软件读取。 可扩展性:即可有效地读取一netCDF 文件小子集,而无需读取整个文件。...NetCDF 文件处理工具 其中列出ncdump可以查看NetCDF文件变量和属性等信息,ncview,panoply可以对NetCDF文件变量进行简单可视化,如果需要对NetCDF文件进行裁剪...,算术运算或者插值等操作,可以使用nco或cdo等工具。...Notebook也给出了使用 scipy 读取 netcdf 文件示例。 ? 图1 无数据循环 ?

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CDO学习1 CDO简介

NCO启发,通过命令行,提供了一系列气候数据相关操作 主要是被设计用在操作netCDF3/4,GRIB1/2 众多函数可以被用在任何NetCDF/格点化数据 非常适合与特定任务 有效调动内存...CDO:一命令行工具 $ cdo [options] CDO操作类别 文件信息和文件操作符 选择和比较 元数据修改 算术操作符 统计分析 回归和内插 矢量和谱转换...如需参考,只需输入:cdo -h 操作符:1.文件信息 $ cdo infov ifile 这是一带有一2D变量数据集示例结果,包括3时间步长: -1 : Date...T是一可选参数,其缺省值T=20℃。 除此之外CDO还能做什么? CDO有许多通用命令行开关,可以与(大多数)运算符一起使用。...-z zip Deflate compression of netCDF4 vars. 组合运算符 所有的运算符都有一固定输入流和一输出流,可以直接将结果管道给其它操作符。

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Python指定时间、经纬度读取NC数据

本文介绍基于Python语言netCDF4库,读取.nc格式数据文件,并提取指定维(时间、经度与纬度)下变量数据方法。   ...同时,在我们之前文章Python批量读取NC数据时间维信息,就介绍过基于netCDF4库,对一文件夹下大量.nc格式数据文件某一维信息加以提取方法。...而在本文中,我们则是同样基于netCDF4库,读取.nc文件,并提取指定维(Dimensions,也就相当于是自变量)下变量(Variables,也就相当于是因变量具体数值。   ...库,并指定要读取.nc格式数据文件路径nc_path;随后,使用nc.Dataset()打开这一文件,并将返回Dataset对象存储在nc_data变量;紧接着,通过print()打印nc_data...首先,在dimensions,我们可以看到所有的维;我这里.nc格式数据是一表示气象数据,所以文件维依次就是时间、纬度与经度;随后,在variables,我们可以看到所有的数据变量(这里数据变量是包含了维

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netcdf4-python 模块详解

netcdf 变量 netcdf 变量就像 numpy 模块 python 多维数组。然而,不像 numpy 数组,可以在一或多个无限维添加netcdf 变量。...netcdf 文件属性 netcdf 文件包含了两种类型属性:全局属性和变量属性。前者提供是组或整个数据集信息,后者提供是组变量信息。...,为了提取标量变量数据,可以使用 np.asarray(v) 或 v[...]...从多个netcdf数据集中获取数据 如果你想从多个文件获取一变量数据,可以使用 MFDataset 类进行数据获取。...相比使用单个文件名创建一 Dataset 实例,MFDataset 实例可以通过一系列文件名或含有通配符字符串从多个文件获取数据。

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如何利用matlab高效处理NC文件

它能过记录多维度格网数据,所以有必要通过matlab提取 NC文件数据。此外,我们可以把格网数据存储到NC文件保存。...) 功能:读取 NetCDF 数据源变量数据 NcPath='01.nc'; lon1 =ncread(NcPath,'lon'); %读取lon所有数据 lon2 =ncread(NcPath...,'lon',2,3,4); %从lon[2]开始,按间隔4,共读取3数据 二、创建NC文件 (1) netcdf语法规则 1. ncid = netcdf.create(filename, mode...) ①作用:创建新NetCDF file ②常用mode: 'CLOBBER':覆盖现有文件 'NOCLOBBER':不覆盖现有文件 'SHARE':更新现有文件 ③返回值ncid是文件ID 2....拓展:利用GMT对NC文件格网数据插值 可以利用GMT对生成.nc格式文件进行自动插值,并可以选择插值精度,十分方便,如下是对某网格数据插值实现

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【过程记录】Mars3D加载3DTiles三维模型

(允许一cmpt文件内嵌多个其他类型瓦片) 更多内容可参见Mars3D文档。...使用起来并不复杂,下面直接看文档里提供快速上手示例: <!...3DTiles导入Mars3D 上面这个只是Mars3D功能冰山一角,下面就使用Vue版本Mars3D源码。 首先需要在本地安装Vue3环境,然后下载上面提到Github源码。...在终端输入 npm install 安装相应依赖,安装好之后,启动开发环境 npm run serve 在浏览器打开弹出链接,本次使用就是这个模块。...在此之前,先把3DTiles文件拷贝进工程,方便后续调用,源文件数据均是调用网络接口获得,我这里在public文件夹下新建了一data目录用来存放数据。

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python推荐 | 面向地学领域Python库汇总

这是一篇告诉你如何更好使用Python来解决地学领域问题文章。 数据处理 •NetCDF格式 : netCDF4-python,h5py,h5netcdf,xarray等。...除了上述简单数据处理库之外,python还提供了NCO和CDO工具封装,pynco和cdo,提供了更多便捷操作。...当然还有一些库不知道该怎么分类,因为分析画图时候会用到,就放到这边吧: •geopandas:地理空间数据处理和可视化神器•pyshp,fiona等可处理常规shapefile文件,常在画图时候添加海岸线和边界线使用...当你有一想法时候,可以在Google或者Github搜索一下,说不定Python就能满足你呢!...作为一伪程序猿,竟然越来越喜欢没有代码推送了

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解析nc格式文件,GRB格式文件依赖包edu.ucar.netcdfAllapi 学习

我们有时使用术语CDM 数据集来表示任何这些可能性,并强调数据集不必是 netCDF 格式文件。...3.3 Variable Variable = 变量 变量是数据容器。它有一数据类型、一组定义其数组形状维度,以及一组可选属性。它使用任何共享维度都必须在同一组或父组。...3.7 序列 序列是一维结构,其长度在您实际读取数据之前是未知。要访问序列数据,您只能遍历序列,一次从一结构实例获取数据。...这确保了变量每个数据点对于 CoordinateSystem 每个 CoordinateAxis 都有一对应坐标值。...我们有一nc文件 意思就是根据代码,将这个二进制文件里面的内容读取出来,我们看看使用代码读取到东西是什么。

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C++netCDF读取NC数据:踩坑经历

本文介绍基于C++语言netCDF库读取.nc格式栅格文件时,出现数据无法读取、数据读取错误、无法依据维度提取变量等情况原因与解决方法。   ...最近,由于需要读取ERA5气象数据,因此使用C++语言中netCDF库读取.nc格式文件;这其中也是踩了很多坑,所以在此记录一下,也相当于是汇总了C++netCDF库读取.nc文件一些常见问题...3 NcVar格式数据不能跨函数使用   此外,经过操作发现,我们读取得到NcVar格式变量,其似乎只能在.nc格式文件被读取后立刻使用,而不能跨函数使用;如果跨函数使用,就会出现badid错误。...4 时间维度需要放在第一位置   有时,我们需要按照不同维度,对变量数据加以读取。例如,我这里.nc格式文件变量是1种气象数据,其具有3种维度,包括经度、纬度与时间等。   ...那么,假设我们希望获取某一指定时间中,某一经度与纬度处,对应变量数值(相当于就是其在栅格文件像素值)——那么多数情况下,我们会选择.getVar(start, value)这种方法,对变量数据加以读取

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【xarray库(二)】数据读取和转换

pandas(pd)包 Series 函数能够创建一维数组,np.ones((10,))创建了一一维 10 全为 1 数列,其结果如下所示 np.ones((10,))创建结果 在 python...对于字符串而言,可以将字符串各个字符提取出来,其结果如下所示 list("abcdefghij")运行结果 上述 list 函数创建了一列表。这个列表赋予了 index 值。...arr = series.to_xarray() arr 运行结果 由于只有一变量,所以转换结果是 xarray DataArray类型。...(broadcast) 离散数据存储 广播数据对其连续化 这样情况下就保证了每一 a 都对应了 b 一行数据。...文件后缀为.nc。Xarray 基于 netCDF 数据模型,因此磁盘上 netCDF 文件直接对应于数据集对象。

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气象数据常用格式以及处理工具

二进制文件和文本数据   气象二进制文件是指利用ASCII及扩展ASCII字符编写数据或程序指令文件,一般没有格式,用文本编辑器打开只能看到无意义乱码,需要特定解码说明才能使用,例如气象雷达数据...;文本数据以记录形式存在,每一条记录是以ASCIIVS回车符CR(OD)加换行符LF(OA)来结束,可以用文本编辑器查看,但也需要变量说明文档,例如NOAA提供ghcn以及isd数据都需要进行处理提取数据...(Network Common Data Form)   NetCDF数据是常用气象和卫星数据存储数据格式,结构形式包含维数、变量、属性和数据四子域,公众号前几期有过利用python对netCDF...数据处理介绍,有感兴趣同学可以关注公众号查看历史精彩文章使用python处理NetCDF格式文件,这里介绍大家利用CDO如何处理netCDF格式文件   CDO(Climate Data Operators...处理grib文件常用工具包pygrib,Grib格式数据处理有详细介绍,gribapi也自带python接口,可以通过ECMWF提供ecCodes或cgrib安装包进行安装使用

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背向NCL,面向对象

数据处理 •NetCDF格式 : netCDF4-python,h5py,h5netcdf,xarray等。...除了上述简单数据处理库之外,python还提供了NCO和CDO工具封装,pynco和cdo,提供了更多便捷操作。...Python中有很多处理模式输出库,功能都比较完善。 模式输出处理 •wrf-python:对于使用WRF模式来说使用最为频繁模式输出后处理工具之一。...当然还有一些库不知道该怎么分类,因为分析画图时候会用到,就放到这边吧: •geopandas:地理空间数据处理和可视化神器•pyshp,fiona等可处理常规shapefile文件,常在画图时候添加海岸线和边界线使用...当你有一想法时候,可以在Google或者Github搜索一下,说不定Python就能满足你呢! ----

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wrf-python 详解之如何使用

变量 除了输出诊断变量外,wrf.getvar函数也可以用来提取常规WRF输出netCDF 变量。...当有多个文件并且每个文件具有多个时间时,如果最后一文件时间数少于之前文件时间数,那么剩余数组将用缺省值填充。...如果指定值的话,那么从每个文件提取变量时,指定值将应用于每个文件。在具有多个时刻多个文件,这样做可能是没有意义,因为每个文件第 n 索引可能表示不同时刻。...然而,在字典中所有的WRF文件都应包含相同维度。结果是一数组,最左侧维度是字典键。同样允许使用嵌套字典。...,此例只返回3各垂直层,而使用经纬度坐标的返回了100垂直层。

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wrf-python 详解之API

这部分包含时 wrf-python 模块API,如果wrf-python提供函数不能满足你需求,你也可以根据已有的API重新编写一处理函数或是其它诊断函数。...当然,大多数时候我们仅需要wrf-python已经提供诊断函数和其它可调用函数,可能都不会使用到这些API。...用户API 方法 诊断 从WRF输出返回基本诊断变量 插值 返回3D场插值到2D平面(指定垂直层)值 坐标转换 返回经纬度坐标对应X,Y坐标 网格去栅格 返回去栅格化后变量,与NCLwrf_user_unstagger...函数效果相同 numpy 提取 返回 xarray.DataArray 实例包含 numpy.ndarray 数组 变量提取NetCDF文件NetCDF文件对象序列中提取变量 辅助绘图 返回文件或是变量地理边界...装饰器 算法装饰器 从封装函数输出进行单位转换装饰器 元数据装饰器 为封装函数输出设置元数据装饰器 装饰器工具 确定文件包含哪个变量可调用类 类 可迭代封装器类 一生成器和自定义可迭代类封装类

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用Python批处理指定数据-以WRF输出结果为例演示按照指定维度合并(附示例代码)

使用过WRF的人都知道,它模拟结果是按照我们指定时间间隔和模拟时间段依次输出。但在处理数据时候呢,比如想画一时间趋势图之类时候,挨个读取数据非常繁琐。...我们希望能够把所有的数据或者某个我们关心变量单独提取出来,让其按照指定维度,如时间维度来排序并整合成一文件。...下面我就分享一下我在日常科研为了解决这个问题而写代码,供大家参考使用(代码很简单, 大家只需要把文件名、路径改成自己就可以用了)。...因为一般WRF 默认输出文件文件名后缀没有.nc,无法直接使用xarray进行读取,也就用不了concat函数。所以这里我们先给所有的输出文件批量添加后缀名".nc"。...(也可自行指定文件路径) path = os.getcwd() #一般 WRF 默认输出文件文件名后缀没有.nc,无法直接使用xarray进行读取,进而用不了concat函数 #这里我们批量修改文件

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提高科研生产力——CDO介绍与安装

在系统上安装后,只需要将函数后面接上你输入输出文件,就可以轻松实现数据处理. 从数据文件提取、增加、删除变量,改变维数再输入至新文件. 全部都只需要一指令,即可完成!...安装教程 废话不多说,我们直接上安装教程 CDO安装其实很简单,这里我们主要讲述在LINUX系统上安装 前期需要软件有6,本文给出是博主已经安装成功版本。...第二步:开始安装 首先建立好用于存放安装软件文件夹soft 其次mkdir zlib hdf5 eccodes curl netcdf (1)解压、编译、安装zlib 解压: tar -zxf zlib...解压: tar -zxf netcdf-4.6.1.tar.gz 切换文件夹: netcdf-4.6.1 检测操作环境以生成Makefile LDFLAGS=-L/usr/local/lib CPPFLAGS...make check’ and ‘make install’ 在安装好eccodes后,要记得在自己.bashrc添加eccodes库环境变量,否则在后面编译cdo时会报错,找不到libeccode.so

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