在本教程中，我们将深入探讨重建此地图的具体细节。我们将使用全球河流分类 （GloRiC).GloRiC对世界野生动物基金会HydroSHEDS的全球河流网络进行监督分类，以在全球层面创建河流覆盖类型。...我们在下面使用 mutate 来创建宽度，并使用case_when来分配宽度。后者在SQL用户中是众所周知的。在此上下文中，如果满足条件，它会根据宽度列分配一个值。 # 2....边界框 在我们用ggplot2做魔术之前再走几步。我们的目标包括欧洲和中东，因此我们希望确保我们主要占领欧洲。我们通过制作一个边界框来做到这一点。让我们使用 WGS84 坐标定义边界框的参数。...在本教程中，我们将使用世界等距圆柱投影来展平地图。因此，我们首先定义此投影，然后转换坐标。 # 3....在本教程中，您学习了如何导入河流空间文件以及如何在 R 中制作欧洲的炫酷河流地图。随时检查完整代码这里，克隆存储库并根据需要重现、重用和修改代码。
在撰写本文时，ggplot2涉及在CRAN上的超过2,000个包和其他地方的更多包！在包中使用ggplot2编程增加了几个约束，特别是如果你想将包提交给CRAN。...尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...常规任务最佳实践 使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象（例如，在一个plot()-风格的函数中）。...一个很好的例子是ggdendro[3]，它创建系统树图但同时计算出数据以方便用户干自己想要做的事情。...在Suggests 如果你在包中使用ggplot2，大概率你会想要将它列入Imports。
R适用于统计分析，绘图的一款编程软件，R属于开源，自由，免费的软件。随着生物信息学的发展，R语言在数据分析和绘制图形上都有着十分重要的优势。尤其是现在大部分科研绘图，都使用R语言来完成的。...那么下面我就用所学R知识不多的情况下教大家绘制这幅SCI配图。 本次绘图工具：RStudio。 RStudio是R的集成开发环境，界面更加丰富实用，使用起来更加方便。...本次绘图所使用的R包：ggplot2和ggpointdensity ggplot2是R语言绘制图形一个十分重要也是非常基础的一个包，使用ggplot2再加上R自带的base画图基本可以完成所有图形的绘制...知乎的这篇文章：https://zhuanlan.zhihu.com/p/109468400，详细介绍了R和Rstudio的安装，大家可以参考一下。 接下来打开RStudio来完成这幅图的绘制。...，总共使用了30行左右的代码，是不是很赞，大家对这幅图有什么建议或者有什么问题都可以私聊我，也可以找我要源代码。
加载R包 library(tidyverse) library(ggtext) 导入数据 df <- readr::read_csv('data.csv') 构建标签数据 labs <- data.frame...12, 22, 32, 42, 52), label = c('10', '20', '30', '40', '50'), color = "black") + # 在y...为间隔添加水平线 geom_hline(yintercept = seq(0, 50, by = 10), colour = "grey70", linewidth = 0.3) + # 添加柱状图，...geom_col(aes(y = F_count_total, fill = as.factor(Season)), alpha = 0.8, show.legend = FALSE) + # 添加柱状图，...theme_void() + # 使用空白主题 # 设置主题，移除面板网格和背景 theme(panel.grid = element_blank(),
森林图常见于元分析，但其使用绝不仅如此，比如我现在想要研究的对象有诸多HR结果，我想要汇总为一张图，森林图就是个非常好的选择。...ggpubr包提供的森林图是针对变量分析绘图，我也尝试使用了metafor包的forest画图函数，但太灵活了，我除了感觉文档画的不错，但实际使用却很难得到想要的结果。...安装： install.packages("forestplot") 文本 森林图可以与文本连接起来并自定义。...文本表 下面是一个使用文本表的例子： library(forestplot) #> 载入需要的程辑包：grid #> 载入需要的程辑包：magrittr #> 载入需要的程辑包：checkmate #...使用表达式 data(HRQoL) clrs <- fpColors(box="royalblue",line="darkblue", summary="royalblue") tabletext <
欢迎关注R语言数据分析指南 ❝最近VIP群内有朋友询问火山图的绘制方法，那么本节就来详细介绍在R中如何使用「ggplot2绘制火山图」，小编添加了详细的注释希望各位观众老爷能够喜欢。...("data.xls", header = TRUE, sep = "\t") 数据清洗 plot_data % janitor::clean_names() %>% # 使用...size = 1) geom_point(aes(color = gene_type), alpha = 0.6, shape = 16, size = 1) + # 从 up_genes 数据框中绘制特定形状的散点图...geom_point(data = up_genes, shape = 21, size = 2, fill = "red", colour = "black") + # 从 down_genes 数据框中绘制特定形状的散点图...log2(2)，表示折叠变化范围为 0.5 到 2 geom_vline(xintercept = c(log2(0.5),log2(2)), linetype = "dashed") + # 在图中显示
绘制条形图，简单调整柱子的宽度以及加上 x，y 轴标题。...高配版条形图 使用 geom_rangeframe()将 x,y 轴分离。...这里的细节调整包括：使用 ggthemes 包中的 theme_tufte() 主题，viridis 包的 scale_fill_viridis() 离散配色。...主要细节调整：geom_col() 中的 aes(fill = score)，连续性变量填充使用 scale_fill_gradient2() 以及加上了图例。...推文以条形图作为例子进行详细讲解（试图教会你们）。当然这种技巧也可以使用其他图形中。读者如有需求，可以自行探索。
学习文档: https://cran.r-project.org/web/packages/NMF/vignettes/heatmaps.pdf Heatmap引擎 NMF包中的热图引擎是由aheatmap...引擎具体的优点作者有在文档是写，我就不唠叨了。 数据和模型 为了演示热图函数的用法，我们这里创建一个随机的NMF输入矩阵，以及一些注释和协变量。...接着，我们使用NMF模型来分解矩阵。 res = nmf(X, 3, nrun = 10) 混合系数矩阵：coefmap NMF结果的混合系数矩阵可以使用coefmap()函数进行绘制。...该函数默认添加2个注释通道用来展示从最佳拟合结果中获得的簇（聚类数）和一致性矩阵的层次聚类。在图例中，这两个通道分别以_basis_和_consensus_命名。...：aheatmap 还有很多自定义画热图的例子，使用下面的命令查看。
论文中公布了部分作图代码，作图使用到的是R语言的ggplot2。跟着其中的代码学习一下。...论文本地文件是e2113075119.full.pdf 今天的推文重复一下论文附件中的Fig S1 这个图是用面积图来展示的拟南芥基因组中变异长度的分布 论文中提供的代码链接是 https://github.com...library(ggplot2) library(data.table) library(dplyr) 将数据整理成作图要求的格式 dat$length = dat$V1 dat[which(dat...论文中提供的代码是因为有很多相同的数据要处理，所以他把作图代码整理成了函数的形式，大家可以研究一下论文中提供的代码 总共有18个这种图，最后如果要拼图可以借助aplot这个R包,这个R包里有一个函数是...p,p,p,p,p,p,p,p,p),ncol=4)+ plot_annotation(tag_levels = "a") dev.off() 最终结果如上 今天推文的示例数据和代码可以在推文开头提到的
之前分享过一篇推文介绍过这个内容 R语言ggplot2包画曼哈顿图的一个简单小例子，但是当时自己不太懂曼哈顿图，实现是直接借助ggplot2的geom_jitter()这个函数实现的。...这个函数并不会考虑每个变异位点的位置，而实际的曼哈顿图是需要根据变异位点的位置来画的。今天的推文重新介绍一下ggplot2绘制曼哈顿图的代码。...数据集就使用之前的推文中用到的数据跟着Nature Genetics学GWAS分析：emmax软件gwas分析/qqman包展示结果，这个数据太大，出图有些慢，只随机选取了其中1%的数据 (这个数据我自己的存储路径...R语言中也有现成的包和函数可以直接画曼哈顿图，我这里选择用ggplot2来画是因为出图后可以非常方便的组合其他的图，比如可以叠加一个基因结构的图，然后再拼一个展示不同基因型表型差异的图。...这些如果是用ggplot2来做，都可以用代码实现，省去了手动拼图的过程。
本文主要使用函数coord_polar（）用于生成饼图，它只是极坐标中的堆积条形图。...(df) ## group value ## 1 Male 25 ## 2 Female 25 ## 3 Child 50 首先使用柱状图来做可视化 library(ggplot2...生成一个原始饼图 pie <- bp + coord_polar("y", start=0) pie ?...更改饼图填充颜色 可以使用以下函数手动更改饼图填充颜色： scale_fill_manual（）*：使用自定义颜色 scale_fill_brewer（）：使用来自 RColorBrewer *包的调色板...使用因子变量创建饼图 head(PlantGrowth) ## weight group ## 1 4.17 ctrl ## 2 5.58 ctrl ## 3 5.18 ctrl
最近有朋友问R中绘制冲积图的代码，其本质仍然是条形图只是添加了样本间的连线；案例要求按列计算每个样本的相对丰度跟往常有所不同。...加载R包 library(tidyverse) library(ggsci) library(magrittr) library(reshape) library(RColorBrewer) library...,read_tsv("group.xls"),by=c("name"="sample")) 绘制冲积图 ggplot(plot, aes(name, value, alluvium = Genus, stratum...size = 11, color = "black"), # 设置x轴标题的边距、大小，颜色为黑色 axis.title.y = element_text(margin = margin(r...= unit(0.1, "cm"), # 设置图例水平间距为0.1厘米 legend.box.background = element_blank() # 设置图例框背景为空白 ) 图片 绘制组间冲积图
欢迎关注R语言数据分析指南 ❝最近有朋友需要绘制环状热图叠加多层注释，本节来通过一个例子来简单介绍一下如何实现，主要通过「ggtreeExtra」来实现，聚类分析使用「ape」包来进行更加适用于生物信息相关的数据...❞ 加载R包 library(tidyverse) library(ggtree) library(treeio) library(ape) library(magrittr) library(ggnewscale
树图(TreeMap) 通过矩形面积的大小，以及填充颜色的深浅，来显示节点的统计数据，通过嵌套层次来显示分组的层级的可视化图形。...那么如何绘制树图呢？...首先绘制树图需要的包： install.packages(“treemap”) 树图函数： treemap(x,index,vSize,vColor,palette,range,border.col...设置边框的颜色值 type 设置统计数据的大小的类型，一般选择value，也就是值类型 代码实现： install.packages("treemap", repos='http://cran.r-project.org...border.col='#63B8FF', palette=c("#FFFFFF00", "#1C86EE00"), range=c(minSales, maxSales) ) 一副完美的tree图就搞定啦
欢迎关注R语言数据分析指南 ❝最近有朋友问R中绘制冲积图的代码，其本质仍然是条形图只是添加了样本间的连线；案例要求按列计算每个样本的相对丰度跟往常有所不同。...下面小编就来简单介绍一下代码 ❞ 加载R包 library(tidyverse) library(ggsci) library(magrittr) library(reshape) library(RColorBrewer...,read_tsv("group.xls"),by=c("name"="sample")) 绘制冲积图 ggplot(plot, aes(name, value, alluvium = Genus,...size = 11, color = "black"), # 设置x轴标题的边距、大小，颜色为黑色 axis.title.y = element_text(margin = margin(r...= unit(0.1, "cm"), # 设置图例水平间距为0.1厘米 legend.box.background = element_blank() # 设置图例框背景为空白 ) 绘制组间冲积图
❞ 加载R包 library(tidyverse) library(ggtree) library(treeio) library(ape) library(magrittr) library(ggtreeExtra
❝在R中创建sina图使用geom_sina函数，sina图是一种用于显示单个分类变量的每个观测值的图形。它与箱线图和小提琴图类似，但是它显示了每个单独的数据点，这可以提供关于数据分布的更多信息。...❞ 「sina图的主要优点是它可以清楚地显示每个数据点，而不是简单地显示数据的总体分布。这使得sina图特别适用于小样本大小的数据集，其中每个数据点的值都很重要。」...加载R包 library(tidyverse) library(lubridate) library(scico) library(ggforce) 导入数据 df <- read_csv("data.csv...ggforce包中的geom_sina函数绘制sina图 ggforce::geom_sina(aes(color=gas_in_storage_t_wh), alpha=.5, shape=21)...# 使用cowplot包中的theme_minimal_grid函数设置主题 cowplot::theme_minimal_grid(12, line_size = .3) + # 设置图例和轴的样式
云雨图介绍 我们使用r语言中ggplot2包绘制云雨图，云雨图可以看做是核密度估计曲线图、箱线图和抖动散点图的组合图表。...我们可以使用自定义的半小提琴函数geom_flat_volin()、箱型图函数geom_boxplot和抖动散点图函数geom_jitter()叠加实现。...2.代码复刻 2.1准备数据 这是我们本次数据部分截图 2.2打开Rstudio设置工作路径和导包并且导入数据 setwd('你的工作路径') #导包 library(ggplot2) #导入数据...data <- read.csv('data1.csv') 2.3 ggplot2库实现图形绘制 2.3.1绘制半提琴图 2.3.2绘制抖动散点图 2.3.3叠加箱线图 2.3.4实现坐标翻转...大家以后有需要可以使用云雨图。
常见的热图看腻了，这节来介绍如何通过ggplot2绘制圆形热图，为了方便各位观众老爷观看，我制作了一个交互式文档，后台回复关键词2021-4-14获取本文代码及文档 （这个是我转载的推文，如果需要这个代码和数据...，需要到原公众号去留言） 加载R包 library(tidyverse) library(ggthemes) library(cowplot) 读入数据 accidents <- read.csv("...2007 170 7 8 2007 143 8 9 2007 146 9 10 2007 145 10 数据可视化 先画一张常见的热图
热图是我们展示数据时常用的图形，今天小编教大家使用"pheatmap" 快速绘制热图。 首先，我们需要准备输入文件。比如，我想绘制热图来比较30个基因在6个组织里的表达情况。 ?...cellwidth：热图每格的宽度。 cellheight：热图每格的高度。 cluster_cols：对列进行聚类。 cluster_rows：对行进行聚类。 执行完代码后，热图就绘制好啦！ ?...这时我们可以看到，热图中基因的表达量有了明显区分，这30个基因在E和F组织中基本不表达。...在colorRampPalette后输入要更改的颜色，（10）代表将色阶分为10个梯度。...pheatmap还有许多其他功能，具体使用方法大家可以参考： https://www.jianshu.com/p/1c55ea64ff3f 参考资料： https://cran.r-project.org
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