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使用pheatmap在r中重塑热图时出现问题

在R中使用pheatmap重塑热图时出现问题可能是由于以下原因之一：

数据格式问题：pheatmap函数要求输入的数据是一个矩阵或数据框，如果数据格式不正确，会导致出现问题。请确保数据是正确的矩阵或数据框格式。
数据缺失或异常值：如果数据中存在缺失值或异常值，pheatmap可能无法正确处理这些值，导致出现问题。建议在使用pheatmap之前，先对数据进行处理，确保数据的完整性和准确性。
参数设置问题：pheatmap有许多可调整的参数，如颜色映射、聚类方法等。如果参数设置不正确，可能会导致热图显示不准确或不符合预期。建议仔细阅读pheatmap的文档，了解每个参数的含义和使用方法，并根据实际需求进行调整。
R版本或包版本问题：有时候，pheatmap在某些R版本或包版本下可能存在bug或不兼容性问题。建议尝试更新R版本和pheatmap包版本，或者尝试使用其他热图绘制的包，如heatmap.2或ggplot2等。

总结起来，解决使用pheatmap在R中重塑热图时出现问题的方法包括：确保数据格式正确、处理数据中的缺失值或异常值、正确设置参数、更新R版本和pheatmap包版本，或尝试其他热图绘制的包。以下是腾讯云相关产品和产品介绍链接地址：

腾讯云云服务器（CVM）：提供可扩展的云服务器实例，用于运行各种应用程序和服务。详情请参考：https://cloud.tencent.com/product/cvm
腾讯云云数据库MySQL版：提供高性能、可扩展的MySQL数据库服务，适用于各种规模的应用程序。详情请参考：https://cloud.tencent.com/product/cdb_mysql
腾讯云人工智能平台（AI Lab）：提供丰富的人工智能开发工具和服务，包括图像识别、语音识别、自然语言处理等。详情请参考：https://cloud.tencent.com/product/ailab

请注意，以上链接仅供参考，具体产品选择应根据实际需求和情况进行。

相关搜索:使用ggplot (面积图)在R中再现图使用R中的滑块绘制多个数据帧的热图在Python中调用R包时出现问题在R中使用apexcharter的交互式热图在反应性上失败在R中创建键值存储时出现问题在R中失败的热图在R中安装devtools时出现问题在R中安装qdap包时出现问题在R中安装tidyverse时出现问题在R中构建敏感度热图

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pheatmap带你轻松绘制聚类相关性热图

欢迎关注R语言数据分析指南 ❝最近有朋友询问如何使用「pheatmap」绘制相关性热图，小编之前已经写过各种ggplot2风格的热图，但是对于pheatmap却是很少涉及，这一节就来介绍一下「pheatmap...绘制相关性热图」，希望各位观众老爷能够喜欢。...("thomasp85/scico") library(scico) 导入数据 # 读取环境数据文件并存储到env变量中，使用tab作为分隔符，第一列作为行名，不检查列名的合法性 env <- read.delim...("env.xls", header = TRUE, sep = "\t", row.names = 1, check.names = FALSE) # 读取物种数据文件并存储到genus变量中，使用...「scico」包制作一个调色板 mycol <- scico(100, palette = "vik") pheatmap绘制热图 # 绘制热图，显示相关系数，行列聚类，无边框，显示p-value作为数字

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R语言之heatmap绘制

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重现5.6分文章的免疫分型图

其中有一张免疫分型的热图，非常的重要，通过该图（下图）可以发现，乳腺癌可以很好的分成3个免疫亚型。今天就教大家采用pheatmap 重现这张图。...) library(readr) # 文件路径 pdata_file <- "F:/LookGene/Course/junior/R_plot/pheatmap/pheatmap_data.txt"...使用方法 ?...') 想要掌握这热图的画法，需要先了解一下pheatmap的使用方法。...width 图片宽度 height 图片高度 silent 不绘图 na_col NA在热图上显示的颜色测试数据如果有免疫浸润方面的分析需求。

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R语言学习 - 热图简化

热图绘制 - pheatmap 绘制热图除了使用ggplot2，还可以有其它的包或函数，比如pheatmap::pheatmap (pheatmap包中的pheatmap函数)、gplots::heatmap...在heatmap美化篇提到的数据前期处理方式，都可以用于pheatmap的画图。此外Z-score计算在pheatmap中只要一个参数就可以实现。...heatmap.2的使用就不介绍了，跟pheatmap有些类似，而且也有不少教程。不改脚本的热图绘制绘图时通常会碰到两个头疼的问题：需要画很多的图，唯一的不同就是输出文件，其它都不需要修改。...为了简化绘图、维持脚本的一致，我用bash对R做了一个封装，然后就可以通过修改命令好参数绘制不同的图了。先看一看怎么使用首先把测试数据存储到文件中方便调用。...数据矩阵存储在heatmap_data.xls文件中；行注释存储在heatmap_row_anno.xls文件中；列注释存储在heatmap_col_anno.xls文件中。

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生信代码：绘制热图和火山图

中绘制的差异基因数目，如200 group1 条件1对应的样本barcodes列表 group2 条件2对应的样本barcodes列表 R中具体示例： #由于在TCGAanalyze_LevelTab...#这里的重复数据来源（肿瘤组合和癌旁正常组织来源于同一患者）由于使用的是配对正常样本和肿瘤组织，其对应的患者12位barcodes是一致的，在使用TCGAbiolinks包自带的热图绘制函数时会出现样本信息匹配错误...，故小编在这里使用pheatmap()绘制热图。...以上为热图的输出结果，我们可以看到按照行（样本）进行聚类，基本上能够把肿瘤组织与正常组织分类开，说明两种组织的基因表达是具有差异的。相反，在不同存活状态和性别中，暂时未能发现于基因差异表达的相关性。...九、结语今天的热图和火山图就暂告一段落。

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R语言代码相关疑问标准提问

也高度赞扬郭一些提问交流的模式，比如：求助：Zotero中添加Markdown插件失败还亲自写了一个提问参考范文：如果这样问问题，大家可能会更趋向于帮助我，都是非常值得大家学习的，不过对于简单的R...如果是提问热图好久之前的学徒问的，他绘制的热图，两个问题，首先颜色不明显，其次分组那个图例看不到了，溢出。 ? 我就建议他把数据代码打包一份，如下： ?...然后发给我，我解压后，就可以直接打开Rproj文件，使用那个 run.R 代码根据他的数据进行图表复现，如下： load(file = 'for_cor.Rdata') library(pheatmap...) pheatmap(m, annotation_col=ac) pheatmap(m,show_colnames =F,show_rownames = F, annotation_col...=ac) 发现真的如他所描述的，出图很诡异，所以我修改了一个参数，就是 border_color ，可以解决热图颜色问题，但是无法解决分组那个图例看不到了，溢出的问题，所以就跟其他学徒讨论，发现居然修改分组的名称可以解决

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使用NMF代替层次聚类

前面我们在教程：使用R包deconstructSigs根据已知的signature进行比例推断，顺利的把508个病人，根据11个signature进行了比例推断，得到的比例矩阵以普通的热图，以及pheatmap...) pheatmap(nmf.input) 其中代码里面的escc_denovo_results.Rdata文件，来自于教程：使用R包SomaticSignatures进行denovo的signature...basismap 第三步：使用挑选出的signature再次NMF nmf.input2 <- nmf.input[sig.order,] library(pheatmap) pheatmap(nmf.input2...consensusmap 番外：一些可视化函数主要是继续参考每个nmf类里面的不同signature的比例，已经不同nmf类的相关性热图 sample.order <- names(group[order...cluster=c("1"=jco[1],"2"=jco[2],"3"=jco[3],"4"=jco[4]))) dev.off() png(file = "basismap.png" ) # 从这张图可以比较清晰地看到各亚型中的驱动

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跟着Nature Methods学画图：R语言画热图（pheatmap）展示基因表达量

在简书土豆学生信分享的内容看到这篇论文简书的链接是 https://www.jianshu.com/p/bbf9cb13b41a 论文是 ?...image.png 在学习他这个代码的时候发现其中自定义了一个函数可以操作热图的文字标签，可以让热图上只显示我们感兴趣的文字标签。...image.png 我们用这个表达量文件先做一个简单的热图读入数据 df<-read.csv("NM/NK_markers_1.csv",header=T,row.names = 1) head(df...) 最简单的热图 library(pheatmap) pdf(file = "NM/hp-1.pdf",width = 4,height = 10) pheatmap(df,fontsize = 3)...image.png 这个图和开头提到的论文里的Figure3f就有几分相似了，但是还没有添加分组信息需要用到示例数据的可以在文末留言，记得点赞和点击在看！

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