使用stat_summary和文本geom在ggplot中为每个组添加一个标签_如何使用geom_text在箱形图(ggplot2)中的每个框的顶部添加文本？ - 腾讯云开发者社区

) plot3 <- ggplot(violin2, aes(x=V2, y=V1)) + geom_violin() plot3 image.png 在此基础上加一个表示平均值的点 plot3...+ stat_summary(fun=mean, geom="point", shape=23, size=2) image.png 在这个基础上再添加抖动的散点图 plot3 +...轴的标题和设置一个主题 plot3 + stat_summary(fun=mean, geom="point", shape=23, size=2)+ geom_jitter(position...labs(x="NLR prediction", y="Copy Number of NLRs") + theme_minimal() image.png 论文中提供的代码到这里就结束了，和最终附件中的图还是有些许差别的...，接下来增加一些代码使之更像附件中的图更改x轴刻度的文本,并将其设置为斜体 plot3 + stat_summary(fun=mean, geom="point", shape=23, size

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R语言之可视化②点图

主要内容：准备数据基本点图在点图上添加摘要统计信息添加平均值和中位数带有盒子图和小提琴图的点图添加平均值和标准差按组更改点图颜色更改图例位置更改图例中项目的顺序具有多个组的点图...设置仅显示dose为0.5mg和2mg两个分组的点图 p + scale_x_discrete(limits=c("0.5", "2")) ?...第三步：在点图上添加摘要统计信息，使用函数stat_summary（）可用于向点图中添加均值/中值点等。...第六步：添加平均值和标准差，使用函数mean_sdl。 mean_sdl计算平均值加上或减去常数乘以标准差。在下面的R代码中，使用参数mult（mult = 1）指定常量。...第七步：按组更改点图颜色，在下面的R代码中，点图的填充颜色由剂量水平自动控制： # Use single fill color ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len

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ggplot2中的position参数解析

❝本节来回答一个老爷的问题，介绍常见绘图案例中几个基本参数的设置问题，主要用在柱状图与箱线图中。下面小编通过两个案例来进行展示，图形仅供展示用过程仅参考，希望各位观众老爷能够喜欢。...3. position_dodge2() 这是position_dodge()的一个扩展，提供了更多的控制，preserve= "single"：保持每个单独的柱子的宽度不变，而不是整个组。...position_dodge2(width = 0.9, preserve = "single") 示例：假设你有一个数据集，其中有两个因素变量A和B，每个都有两个水平1和2。...使用position="dodge"或position_dodge()，你会得到四个等宽的柱子（两个A=1和两个A=2），它们按B的水平分开。...# 绘制箱线图 stat_summary(fun = mean, geom = "point", col = "#00A08A") + # 绘制均值点 stat_summary(fun = mean

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ggplot2|详解八大基本绘图要素

此外, 图形中还可能包含数据的统计变换(statistical transformation, 缩写为stats), 最后绘制在某个特定的坐标系(coordinate system, 缩写为coord...2 坐标轴标尺修改（x , y）本部分主要是对坐标轴做如下改变，更改坐标轴名称更改x轴上标数的位置和内容显示对一个轴做统计变换只展示一个区域内的点更改刻度标签的位置实现上面的这些可以使用scale_x...# 增加1组颜色变量映射，然后求均值并连线 g + aes(color = factor(vs)) + stat_summary(fun.y = mean, geom = "line") ?...ggplot函数可以设置数据和映射，每个图层设置函数（geom_xxx和stat_xxx）也都可以设置数据和映射，这虽然便利，但也可能产生一些混乱。...ggplot2的图层设置函数对映射的数据类型是有较严格要求的，比如geom_point和geom_line函数要求x映射的数据类型为数值向量，而geom_bar函数要使用因子型数据。

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ggplot2|从0开始绘制箱线图

绘制基本的箱线图使用ToothGrowth数据集，dose变量为分类横坐标，对len变量做箱线图 ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) + geom_boxplot...geom_boxplot() + stat_summary(fun.y=mean, geom="point", shape=23, size=4, col = "red") + #添加均值 scale_x_discrete...4）添加最大值和最小值的两条须线 ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) + stat_boxplot(geom = "errorbar",width=0.15...5)箱线图添加点 geom_point函数，向箱线图中添加点； ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) + geom_boxplot() + geom_dotplot...二颜色设置 aes(color=)函数为每个箱线图设置一个颜色，划分箱线图之后，可以使用scale_color_*()函数自定义颜色。

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67-R可视化11-用ggrepel更加美观的添加标记（火山图的实现）

参考： Examples • ggrepel (slowkow.com)[1] 前言上一讲我们提到了66-R可视化10-自由的在ggplot上添加文本（柱状图加计数）[2] 可是，有的时候，并不是所有的...我先前写过：66-R可视化10-自由的在ggplot上添加文本（柱状图加计数）[3] 这样有个小箭头，好像也还不错~ p <- ggplot(mtcars, aes(factor(cyl), mpg...)) + stat_summary( fill = "gray90", colour = "black", fun = "mean", geom = "col"...上添加文本（柱状图加计数）: 66-R可视化10-自由的在ggplot上添加文本（柱状图加计数）.md [3]66-R可视化10-自由的在ggplot上添加文本（柱状图加计数）: 66-R可视化10-自由的在...ggplot上添加文本（柱状图加计数）.md [4]Examples • ggrepel (slowkow.com): https://ggrepel.slowkow.com/articles/examples.html

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散点图及数据分布情况

默认情况下每个方向添加的扰动值为数据点精度的40% #也可以通过time和weight进行调整 #使用ChickenWeight数据集，讲述不同饮食对小鸡成长的影响 cw_sp <- ggplot(ChickWeight...() #默认情况下，数据将被切分为30组，此时可以通过调整组距binwidth或者调整数据的极差进行调整 #除此之外调整边框以及填充色可以看上去更加清晰明了 # 设定组距为5(每个条形跨五个单位) ggplot...A：箱型图的均值一般是添加小钻石解决，使用stat_summary()函数添加你的钻石8 ggplot(birthwt, aes(x = factor(race), y = bwt)) + geom_boxplot...A：使用geom_dotplot()函数。这种点图也叫做Wilkinson点图。在这种图中点的分组和排列取决于数据。每个点的宽度对应了最大组距。...传递一个指定x和y带宽的向量到h，这个参数会被传递给实际生成密度估计的函数kde2d().在本例中，我们将在x，y轴方向上生成一个更小的带宽，以使密度估计对数据的拟合程度更高。

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R语言之可视化①误差棒

本教程介绍如何使用R软件和ggplot2包创建带有误差棒的图形。...使用三种剂量水平的维生素C（0.5mg,1mg和2 mg）和两种递送方法[橙汁（OJ）或抗坏血酸（VC）]中的每一种： > library(ggplot2) > df <- ToothGrowth >...首先，使用下面的辅助函数将用于计算每组感兴趣变量的均值和标准差。...使用点图绘制误差棒 p <- ggplot(df, aes(x=dose, y=len)) + geom_dotplot(binaxis='y', stackdir='center') # use...geom="pointrange", color="red") 使用函数geom_dotplot（）和stat_summary（）：平均值+/- SD可以添加为误差条或点范围

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课后笔记：ggplot2优雅的显示WB结果

「ggplot2中柱状图基本绘制函数常用geom_bar()」参数介绍：「data和mapping是ggplot的基本参数，数据和映射。」...mapping:使用aes函数指定，为aesthetic attributes的缩写。但字符串映射使用aes_string。...「position：」位置调整，有效值是stack、dodge和fill，默认值是stack（堆叠），是指两个条形图堆叠摆放，dodge是指两个条形图并行摆放，fill是指按照比例来堆叠条形图，每个条形图的高度都相等...image.png 数据调整及误差线增加在ggplot2中可以直接结合stat_summary函数快速进行数据统计->链接所以stat可以设置为summary,将柱状图的高度设置为各组的均值并联合stat_summary...p.png 组间差异性分析使用stat_compare_means()函数。

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ggplot Stripchart and line

(0.2), size = 1.2) + # 添加均值和标准差 stat_summary( aes(color = dose), size = 0.4..., # mult=1表示加减一个标准差 fun.data = "mean_sdl", fun.args = list(mult = 1) ) + # 添加自定义配色方案...# 添加分组线图，这里使用数据集2，用于绘制分组线图 p % ggplot(aes(x = dose, y = len, group = supp)) # 根据分组添加不同的线...# 上述的图形x变量均为离散变量，在实际的科研中，更多的是连续变量 #将x转换为连续变量 p_lianxu <- function(df3) { df3$dose <- as.numeric(as.vector...# 更改线的宽度 # 这里使用的是为工作的和总人口的比例 # 因此出来的图为宽度不同的线 economics %>% ggplot(aes(x = date, y = pop)) + geom_line

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R语言ggplot2折线图(line plot)添加置信区间（CI）展示学术论文作者数量的变化趋势

image.png 作图代码 ibrary(ggplot2) ggplot(df, aes(x=year, y=auth_num, col=journal, fill=journal)) + stat_summary...(fun.data="mean_cl_boot", geom="ribbon", #width=.2, alpha=I(.5)) + stat_summary...image.png 根据上图确实可以看出学术期刊的作者数量确实是有增加的趋势的这里新学到的知识点是使用stat_summary()函数添加置信区间，之前自己也实现过这个图，但是需要提前算好置信区间和平均值...，比如之前的推文 R语言ggplot2画带有置信区间的折线图和分组求均值遇到的一个问题，如果换成 stat_summary() 这个函数以后就方便很多好了，今天的内容就到这里了大家如果需要推文的示例数据和代码的话可以直接在公众号...、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记； 3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记！

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「R」ggplot2误差棒快速指南

给直方图和线图添加误差棒准备数据这里使用ToothGrowth 数据集。它描述了维他命C对Guinea猪牙齿的生长影响。...包含了三种不同的剂量（Vitamin C (0.5, 1, and 2 mg)）和相应的两种不同使用方法（ [orange juice (OJ) or ascorbic acid (VC)]）。...我们将绘制每组中牙齿长度的均值。...img 你也可以使用函数 geom_pointrange() 或 geom_linerange() 替换 geom_errorbar() # Use geom_pointrange ggplot(df2...阅读ggplot2线图更多信息: ggplot2 line plots 有均值和误差棒的点图使用函数 geom_dotplot() and stat_summary() ： The mean +/-

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Nature图表复现｜双轴柱状与折线图

论文论文原图图形解读 ❝此图的绘制不算难，难点在于各部分线条、字体、颜色、间距以及添加辅助刻度条，当然这些设置都可以在theme里面轻松完成，只是过程颇为繁琐。...() + # 使用stat_summary()添加预期寿命（lifeExp）的平均值柱状图 stat_summary(data=df, aes(year, lifeExp), fun = "mean...", geom = "bar", alpha = 0.7, fill="#00A08A") + # 添加预期寿命（lifeExp）的误差条 stat_summary(data=df, aes(year...fun = "mean", geom = "point", size=3, color="#F98400") + # 添加人均GDP（gdpPercap）的平均值线 stat_summary(data...="#F98400") + # 设置y轴的比例和标签 scale_y_continuous(expand = c(0, 1), breaks = scales::pretty_breaks(n

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R语言绘图之ggplot2

按变量组图（facet_等）真正的绘图命令（stat_，geom_，annotate），这三类就是实现一个函数一个图层的核心函数。...，用竖直线来表示 geom_path 几何路径，由一组点按顺序连接 geom_point 点 geom_pointrange 一条垂直线，线的中间有一个点（与Crossbar图和箱线图相关，可以用来表示线的范围...） geom_polygon 多边形 geom_quantile 一组分位数线（来自分位数回归） geom_rect 二维的长方形 geom_ribbon 彩虹图（在连续的x值上表示y的范围，例如Tufte...著名的拿破仑远征图） geom_rug 触须 geom_segment 线段 geom_smooth 平滑的条件均值 geom_step 阶梯图 geom_text 文本 geom_tile 瓦片（即一个个的小长方形或多边形...，需要用到统计变换 annotate：添加注释 #由于设置的文本会覆盖原来的图中对应的位置，可以改变文本的透明度或者颜色例：annotate(geom='text')会向图形添加一个单独的文本对象 annotate

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ggplot_Violin Plot & dot plot

它是箱式图和密度图的组合，密度图通过旋转放置在箱式图侧边，以显示数据的分布形状。小提琴图比箱形图显示更多的信息。...library(tidyverse) # 绘图 # 基本绘图参数设置 p % ggplot(aes(x = dose, y = len)) # 添加小提琴图并添加统计均值和标准差...# 多组点图 # 分组信息展示为添加颜色 p6 <- p + geom_boxplot(width = 0.5) + geom_dotplot(aes(fill = supp), binaxis...结束语小提琴图不是很常用，也在一些杂志中见到过，但是不是很多见，了解一下就可，毕竟数据分布，还要涉及到后续分析的内容，和自己后续的分析方案是否配套。...慎用吧关于ggplot添加图层真是个好东西，这样的点和箱式图的组合，以前都是用prisma做。 love&peace

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详谈R中散点图添加误差线的细节

❞ df %>% ggplot(aes(case_control,logCPM)) ❝使用 df 数据帧创建了一个新的 ggplot 对象，并将 x 轴和 y 轴变量分别设置为 case_control...❞ geom_jitter(aes(fill=case_control,color=case_control), pch=21, width=0.1, size=2) ❝向图表添加了一个抖动散点图。...fill 和 color 美学设置为 case_control，这意味着点的填充和颜色将基于该列的值。参数 pch 指定点的形状，width 指定点的宽度，size 指定点的大小。...❞ stat_boxplot(geom="errorbar", width=0.1, linetype="solid") ❝使用函数 stat_boxplot 向图表添加了误差条。...❞ stat_summary(geom="crossbar", fun="mean", width=0.2, linetype="solid") ❝向图表添加了一条水平线，以显示每个 case_control

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R语言作图——Dot plot(点图)

（数据框中的第一列行名在本次作图中暂时用不到） Step1. 绘图数据的准备首先要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式，建议大家在excel中保存成csv格式。 Step2....使用之前需要调用 # 今天要用到stat_summary()函数需要调用Hmisc包 Step4.绘图 data_melt<-melt (data[,-1]) #注释：melt()函数把表格中的宽数据变成长数据...添加平均值 p + stat_summary(fun.y = "mean", geom = "crossbar", mapping = aes(ymin = ..y.., ymax...添加误差线 p + stat_summary(fun.y = "mean", geom = "crossbar", mapping = aes(ymin = ..y.., ymax = ..y.....), width = 0.3) + stat_summary(fun.data = "mean_se", geom="errorbar", width = 0.2) ?

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SARS-CoV-2感染的雪貂支气管肺泡灌洗液单细胞转录组数据挖掘（1）降维聚类分群

（全部的代码复制粘贴即可运行，欢迎尝试以及批评指正）现在是雪貂支气管肺泡灌洗液单细胞转录组显示SARS-CoV-2感染期间巨噬细胞的顺序变化专辑第一讲：主要是降维聚类分群和每个单细胞亚群的生物学命名！...此外，它们的组织解剖学特征：包括上、下呼吸道长度的比例、气道腺体密度和末端细支气管结构等，为模拟人类呼吸道感染提供了最佳条件。...这里,我们执行的scRNA-seq BAL流体样品,这是用于调查的免疫学变化肺,SARS-CoV-2感染雪貂与阴性控制相比,在感染后2天(dpi)(早期SARS-CoV-2感染高峰病毒效价)和5 dpi...) library(tidyr) ##在GEO：GSE171828中直接下载即可 MPcov <- readRDS("Seurat_object_total_cells.Rds") MPcov #An...))+ stat_summary(geom = "bar",fun = "mean", position = position_dodge(0.9))+ stat_summary

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R语言ggplot2做簇状柱形图并添加误差线的一个完整示例

本文是回答B站关注者的提问，他的问题如下原始数据存储在一个excel文件里，这个excel文件里有三个子表格，每一个子表格的数据如下：总的数据格式现在的需要是做如下的图接下来就介绍如何利用原始数据到最终的图的...作图 library(ggplot2) ggplot(data=new_df,aes(x=name,y=value,fill=var4))+ stat_summary(geom = "bar",...position = position_dodge(0.9))+ stat_summary(geom = "errorbar", fun.min = ebbottom,...，柱子默认是不贴底的，如果要贴底使用函数scale_y_continuous(expand = expansion(mult = c(0,0.1))) mult对应的两个值一个是控制下面，一个是控制上面...，贴底就设置为0 就可以了还有一个知识点是 expand.grid(x=c(1,2,3),y=c(4,5,6)) 可以生成两两配对的数据

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24种R语言新手入门之小提琴图（三）

一、前言柱状图和箱线图的代码能理解了其实发现好多作图都是可以触类旁通的，小提琴图作为科研结果常用展示图也不可或缺，用ggplot或者vioplot。...(limits=c("0.5", "2")) 图片 2.2 添加数值 #添加中位值median,均值改mean p + stat_summary(fun.y=mean, geom="point", shape...=23, size=2, color="red") 图片 #中位数和四分位数 p + geom_boxplot(width=0.1) 图片 #均值和标准差 p <- ggplot(ToothGrowth...geom="pointrange", color="red") 图片 2.3 添加散点 #带点小提琴图 p + geom_dotplot(binaxis='y', stackdir='center',...和violinplot区分开来，部分代码不同，但是效果和目的一样。每个图都可以自己换线框、填充颜色透明度等，发文不重复。

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跟着Science学画图：R语言ggplot2作小提琴图展示NLRs基因的拷贝数（copy number）

R语言之可视化②点图

ggplot2中的position参数解析

ggplot2|详解八大基本绘图要素

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R语言绘图之ggplot2

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24种R语言新手入门之小提琴图（三）

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