在撰写本文时，ggplot2涉及在CRAN上的超过2,000个包和其他地方的更多包！在包中使用ggplot2编程增加了几个约束，特别是如果你想将包提交给CRAN。...尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...有时候在开发R包时为了保证正常运行，不得不将依赖包列入Depdens。...常规任务最佳实践 使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象（例如，在一个plot()-风格的函数中）。...如果你在包中使用ggplot2，大概率你会想要将它列入Imports。
问题 你想安装和使用一个 R 包。...方案 如果你正在使用支持 R 的图形界面软件，应该存在通过菜单栏方式安装 R 包的选项（例如，常用的 Rstudio 中，可以点击菜单栏 Tools 中的 Install Packages… 进行 R...这里主要介绍如何用命令行来安装 R 包，如下所示： install.packages("reshape2") # reshap2为包名 在一个新 R 线程中使用该包之前，你必须先导入它。...library(reshape2) 如果你在一个脚本中使用该包，将这一行输入脚本中。...如果想要将所有已安装的软件包更新为可用的最新版本，使用以下命令： update.packages() 如果你在 Linux 系统上使用 R ，管理员可能已经在系统上安装了一些 R 包，由于普通用户没有更改权限
⚠️：by = c("col1" = "col2")举例：left_join(x, y, by = c("C" = "D"))把y数据框中D列的内容当作索引，把y根据索引C去匹配x数据框中D中的内容，匹配上就把...y中其他列的内容根据索引组合上去。...bind_rows(..., id = NULL) id是增加的新列的名字 intersect(x, y, ...)取得同时出现在x和y两个数据框中的行 ?...setdiff(x, y, ...)出现在x中但是不在y中的行 ?...union(x, y, ...)整合出现在x数据框中或y数据框中的，去除了两个数据框中重复的部分，想要保留重复的话使用union_all() ?
python与R处理数据都十分方便，不过功能侧重点不是很一样，python作为一种通用型语言用处更加广泛；而R在可视化和统计分析等方面更加方便。...有时候在python的代码中插入R的code会更快捷的实现我们想要的功能，rpy2这个包则可以让我们实现这一功能。...1.安装 pip install rpy2 如果安装不上的话，可以试试conda： conda install -c r rpy2 2.使用 比如如下使用iris数据集，求第一列Sepal.Length...3.在notebook中直接使用 加载rpy2.ipython： %load_ext rpy2.ipython 在cell中调用R： ?...这样就可以实现在jupyter notebook中写python的同时也能写R了！
一年前我写了一篇文章，关于在 R 中估计 GARCH(1, 1) 模型参数时遇到的问题。我记录了参数估计的行为（重点是 β ），以及使用 fGarch 计算这些估计值时发现的病态行为。...RMetrics 套件包（包括 fGarch）由 ETH Zürich 的 Diethelm Würtz 教授维护。他在 2016 年的车祸中丧生。 Dr....with R Examples中），所以我非常感谢这个建议。...我将探讨包支持的不同优化程序。我不会像我在第一篇文章中那样画图，这些图只是为了表明存在的问题及其严重性。相反，我将考察由不同优化程序生成的估计器的特性。...所以现在，如果你是一名从业者，在估计 GARCH 模型时你应该怎么做？我想说不要理所当然地认为你的包使用的默认估计算法会起作用。你应该探索不同的算法和不同的参数选择，并使用导致最大对数似然的结果。
调出函数library() require()内置基础包basedatabase：存放数据集utils：工具函数grDevices：绘图相关graphics：R绘图函数stats：与统计相关的函数methods...：一般定义方法和类splinesstats4tcltk试例help(package"R包名称") #查看R包详情信息library(help="R包名称")ls(package:R包名称) #列出包中所有函数...data（package=R包名称）#列出包中包含的所有数据集detach(package:R包名称) #移除R包remove.package(R包名称) #卸载R包R包批量迁移installed.package...() #显示所有已安装R包
在R中求解二次规划有许多包，这次，我们将讨论一下quadprog包。在我们开始讲解案例之前，我们将先简短地介绍一下二次规划的机理。...化为标准型 想要用quadprog包求解二次规划，我们需要同时转化我们的目标函数和约束条件为矩阵形式。这里是官方文档的说明： ?...具体实现 quadprog包默认是求解极小值问题的，所以，我们的约束条件默认的形式也就是AX>=bvec。通常我们需要把一些原来是求极大值的问题或者<=约束通过乘以负号来转化。...这是R的完整实现: ? ? 源代码GitHub地址：https://github.com/harryprince。 ?...Harry Zhu，擅长用Python和R进行数据建模、定量研究，目前就职于量子金服（Quantum Financial Service）。
了解war和tomcat服务器 简单来说，war包是JavaWeb程序打的包，war包里面包括写的代码编译成的class文件，依赖的包，配置文件，所有的网站页面，包括html，jsp等等。...一个war包可以理解为是一个web项目，里面是项目的所有东西。 ?...Tomcat 服务器是一个免费的开放源代码的Web 应用服务器，属于轻量级应用服务器，在中小型系统和并发访问用户不是很多的场合下被普遍使用，是开发和调试JSP 程序的首选。...解决方案 打开idea编译器，点开build，打开build artifacts，选择war包。 ? ? ?...然后把准备好的war包复制粘贴到webapps目录，返回上一级目录，找到bin，打开bin文件，在bin里面找到starup运行tomcat。运行成功如图所示。 ?
安装 在R或者Rstudio交互界面输入： source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("RTCGAToolbox") Windows下...我安装时发现XML包可能需要单独安装。 如果你是Linux系统，而且XML包一直安装不上，请仔细查看错误信息。...在终端下输入 sudo apt-get install libxml2-dev sudo apt-get install libcurl4-gnutls-dev 完成后接着安装XML包和RCurl包；...安装RTCGA工具包。...voom包和limma包的函数做这个功能分析。
注：现在大部分时间我们都在使用 tidyr 提供的长宽格式转换工具，比 reshape2 包提供的操作更容易理解。 熔解与铸造 reshape库用一个直观的模型来描述如何操作数据表。...使用例子 我们用一个例子来看一下熔解与铸造究竟是怎么回事，以体会reshape2包的有用之处。...# 使用数据展示 head(airquality) ## Ozone Solar.R Wind Temp Month Day ## 1 41 190 7.4 67 5...铸造 dcast()读取已熔解的数据，并使用你提供的一个公式和一个可选的整合数据的函数将其重铸。...在这个公式中，~左边定义了要划掉的变量集合，以确定各行的内容，而右边定义要划掉、确定各列内容的变量集合。
基本函数使用mutate(mtcars,gpm=1/mpg) #新增一列select(m,'mpg')select(m,1) #按序列号或数字筛选filter(m,gear > 3) #筛选行arrange
问题 你想知道包里有什么。 方案 在一个新的 R 会话中使用 search() 可以查看默认加载的包。...[19] "package:datasets" "package:methods" #> [21] "Autoloads" "package:base" 以下提供的函数能够列出包中的函数和对象...showPackageContents <- function(packageName) { # 获取特定包所有内容的列表 funlist <- objects(packageName)...===========\n") cat("Objects: \n") cat(objectlist$name[objectlist$object]) cat("\n") } 以 base 包作为示例测试...qr.resid qr.solve qr.X quarters quarters.Date quarters.POSIXt quit R_system_version R.home R.Version
ChAMP 包提供了完整的分析illumina甲基化芯片的pipeline, 和普通的Bioconductor 包的安装一样，代码只有简单的两行 source("http://bioconductor.org.../biocLite.R") biocLite("ChAMP") 我用的电脑是windows 操作系统，64位的R-3.4.3，安装过程中除了网速较慢，花费一点时间安装之外，并没有出现任何的问题。...dll 文件就是windows操作系统下的动态链接库，在加载R包的过程中，如果这个R包有对应的动态链接库，那么就会加载进来。...解决方案就是设置环境变量R_MAX_NUM_DLLS, 不管是什么操作系统，R语言对应的环境变量都可以在.Renviron文件中进行设置。...("d:/Documents/.Renviron", mustWork = FALSE) 第一个参数为.Renviron文件的真实路径，然后在加载ChAMP包就可以了 >> Package version
安装和使用 直接从CRAN下载即可： 1install.packages("modules") 使用了解2个函数的使用就可以了。 一是import()，用于替换library()加载包。...如果不想要在全局直接访问包内的函数，在导入时设定attach=FALSE。...4[1] "TCGA-55-7913-01B-11D-2237-01" 目前放置的几个代码文件都可以在代码库https://github.com/BioSisyphus/Rlib中查看。...这里一个对绝大部分读者有用的函数是install()，它之前被放在R包wfun中。我前几天把它重新进行了迁移和修改。...代码核心其实 就是各种情况的检查，优先使用适合的包和函数进行下载、安装。它的存在就是方便国内使用者，特别是 初学者简便地下载、安装包。
R包的加载镜像设置后下载options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) #对应清华源options(BioC_mirror...="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") #对应中科大源install.packages(“包”)或者BiocManager::install(“包”)。...#取决于你要安装的包存在于CRAN网站还是Biocductor，可以在歌搜到install.packages("dplyr")library(dplyr) #在使用前需要调取‘dplyr’包dplyr...包的使用> test mutate(test,new= Sepal.Length * Sepal.Width) #新增加列 Sepal.Length...x z y1 b A 22 e B 53 f C 64 x D NA> left_join(test2, test1, by = 'x') #test2在左 x y z1 a 1 <
代码 代码来自《r-data-science-quick-reference-master》的内容。 dplyr包的使用例子。...## 加载R包 library(tidyverse) iris_df <- as_tibble(iris) print(iris_df, n = 3) head(iris_df$Species)...%>% filter(str_starts(Species, "v")) %>% print(n = 3) iris_df %>% filter(str_ends(Species, "r"...mean_income ) ) %>% spread(key = "year", value = "mean_income") 温馨提示： 第一步：运行一边代码，掌握相应的包和函数使用
看到 gt 包终于被宣告提交到 CRAN 了。这个包挂在 GitHub 上非常久了，基于它包好像都有几个。我今天把冷饭拿出来再炒一炒，或许有读者会喜欢。...另外，该包作者将表格相关的包做了个汇总，我也把它更新到了本文的下方。本文应当可以成为读者使用 R 构建表格的一大入口，值得点赞收藏。 RStudio 提供了出版级的表格解决方案gt包。...使用简单的表格展示gt基础 让我们使用一个R datasets包中不是很流行的数据集islands：它是一个命名向量。...()函数可以在表格底部添加源注释。...在gt()函数中填入rowname_col参数即可生成根部分。另外，我们可以用另一个包含列名为rowname的数据集作为gt生成根部分的内容。
PAGODA全称pathway and gene set overdispersion analysis，pagoda是2016年在nature methods发表的一个分析单细胞测序的方法，主要特点是在已知的重要信号通路基础上对细胞进行分类...-openssl-dev libssl-dev libcairo2-dev libxt-dev libgtk2.0-dev libcairo2-dev xvfb xauth xfonts-base #R中安装...")) # Install pagoda install_github("hms-dbmi/pagoda2") library('pagoda2') 1.数据读入 #读入表达矩阵，这里用的seurat包中的数据...') str(r$clusters) # par(mfrow=c(1,2)) r$plotEmbedding(type='PCA',embeddingType='tSNE',groups=r$clusters...$PCA[[2]][['4']]; r$plotGeneHeatmap(genes=rownames(de)[1:15],groups=r$clusters$PCA[[2]]) ?
学习文档: https://cran.r-project.org/web/packages/NMF/vignettes/heatmaps.pdf Heatmap引擎 NMF包中的热图引擎是由aheatmap...而aheatmap函数本身又是pheatmap包pheatmap函数的修改版本。引擎具体的优点作者有在文档是写，我就不唠叨了。...该函数默认添加2个注释通道用来展示从最佳拟合结果中获得的簇（聚类数）和一致性矩阵的层次聚类。在图例中，这两个通道分别以_basis_和_consensus_命名。...或者设置Colv="consensus"让列以consensus矩阵排序 每一列和为1（刻度化过） 调色板使用RColorBrewer包提供的“Y10rRd”，有50个刻度 如果想让coefmap()显示...par(opar) 默认情况下： 列没有排序 行根据默认的层次聚类得到的距离进行排序（eculidean和complete） 每一行和为1 调色板使用RColorBrewer包提供的“Y10rRd”，有
R studio/R 工具指南（十四：在Rstudio中使用python和conda） (qq.com) 前言 最近忽然发现linux 上装R 包让人叫苦不迭，各种蜜汁依赖或路径原因的报错，比如单单一个...通过conda安装 我创建一个conda 环境，用这个环境来安装R 和我需要的R 包不就好了吗？...比如直接搜到了这个R 包的conda 安装方法：Bioconductor Rhdf5 :: Anaconda.org[3] conda create -n R4.1.2 -y r-base # 安装R环境...conda activate R4.1.2 # 在激活的环境下安装 conda install -c bioconda bioconductor-rhdf5 conda install -c bioconda...Rserver的诡计 比如免费版的Rserver，只能使用管理员配置的R。这也就意味着，你没法自由地驰骋在你的R环境里，包括安装R 包等等。
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