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tidyverse数据清洗案例详解

介绍 本中你将学习在R中数据处理简洁的方法，称为tidy data。将数据转换为这种格式需要一些前期工作，但这些工作从长远来看是值得的。...数据清洗案例 我们主要通过一个案例，来了解如何整洁数据，并将案例中的各个有用函数进行详细解读。...我们知道单元格代表案件数，因此我们将变量数存储在cases中,并用na.rm去除含有缺失值的行。这里使用pivot_longer()将数据变长，具体见后面函数详情。...函数主要参数: cols选取的列； names_to 字符串，指定要从数据的列名中存储的数据创建的列的名称。 values_to 字符串，指定要从存储在单元格值中的数据创建的列的名称。...例子如上面例子：将new_sp_m014到newrel_f65之间的列选取,汇总到key列名中,值存在cases列名中,并将含有缺失值的行进行删除。

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R语言基础-数据清洗函数pivot_longer

发现自己的R语言的基础还是相对弱很多的，通过对前面的肺癌单细胞文章代码的学习，也在巩固自己的R基础。今天是需要对昨天test的icitools的R包进行自己的数据分析。...names_to：一个字符向量，指定要根据存储在 cols 指定的数据的列名中的信息创建一个或多个新列。如果长度为 0，或者如果提供了 NULL，则不会创建任何列。...原型（或简称 ptype）是一个零长度向量（如 integer() 或 numeric()），它定义了向量的类型、类和属性。如果您想确认创建的列是您期望的类型，请使用这些参数。...如果列重复，默认值“check_unique”会出错。使用“minimal”允许在输出中重复，或“unique”通过添加数字后缀来消除重复。...values_to：一个字符串，指定要从存储在单元格值中的数据创建的列的名称。

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tidyverse

背景 Tidyverse 是 Rstudio 公司推出的专门使用 R 进行数据分析的一整套工具集合，里面包括了readr，tidyr， dplyr，purrr，tibble，stringr...《R 数据科学》电子书：https://r4ds.had.co.nz/ tidyverse 包重构了 R 语言处理数据的语法，比默认的 R 函数更加方便，相当于一套新的语法，使用起来更加方便...目前最新的版本中主要提供 pivot_longer，pivot_wider 等函数。...每种类型的观察单元构成一个表格； tidy data 定义：https://cran.r-project.org/web/p ... ttes/tidy-data.html...稀疏矩阵与稠密矩阵 在矩阵中，若数值为 0的元素数目远远多于非0元素的数目，并且非 0元素分布没有规律时，则称该矩阵为稀疏矩阵；与之相反，若非 0 元素数目占大多数时，则称该矩阵为稠密矩阵

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R语言进阶笔记2 | 长数据与ggplot2

之前介绍了如何将多个性状的箱线图放在一个图上，比如learnasreml包中的fm数据，它有h1~h5五年的株高数据，想对它进行作图。...怎么转化为长数据 我知道三种方法： reshape2的melt函数，现在还知道这个包的人，R龄应该在5年以上了，反正我一直都用，很好用，但是被作者嫌弃了，现在被很多人嫌弃了…… data.table的metlt...现在我用melt函数时，就不用载入reshape2了，直接用data.table包就行 tidyverse中的tidyr中的pivot_longer函数，这个更简单，用过这个函数，再也没有迷路过。...第二个-1，意思是除了第一个不处理，其它都处理，也可以用2:6表示第二到第六列处理 第三个names_to是变量的名称，这里定义为Year 第四个values_to是保存的性状名，这里是Height...可以看到，长数据有3列，分别是： TreeID Year Height 3. ggplot2作图怎么搞 之前我使用ggplot2作图时，想做什么图，就在网上copy代码，然后根据自己的数据名称，修改代码

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R数据科学整洁之道：使用tidyr进行长宽数据转换

整洁数据（tidy data）是指如下图这样的数据表： 在表中： 每个变量都拥有自己的列 每个观察/样本都拥有自己的行 数据这样组织有两个明显的好处：既方便以向量的形式访问每一个变量，也方便变量之间进行向量化运算...在实际工作中，存在长、宽两种数据格式，宽数据是每个样本的信息在表中只占一行，而长数据每个样本的信息在表中占据多行。 本文简单介绍一下通过tidyr包进行长、宽数据格式转换。...year cases A 1999 0.7k A 2000 2k B 1999 37k B 2000 80k C 1999 212k C 2000 213k 长数据转宽数据 让数据变宽，就是展开表中的两列数据成多列...tidyr中的pivot_wider与pivot_longer的操作正好相反，可以将长数据转换为宽数据。...最后总结 tidyr包最重要的两个函数是： pivot_longer，将宽数据转换为长数据，就是将很多列变成两列。 pivot_wider，将长数据转换为宽数据，就是将两列变成很多列。

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R语言利用vcf文件计算等位基因频率和连锁不平衡（LD）R方

首先使用beagle做基因型填充 beagle gt=smoove_filtered.vcf out=smoove.filtered.impute nthreads=2 读取vcf文件 library...} } return(R2) }) 整个函数的逻辑还看不明白 这里自定义函数还用到了compiler这个R包，有什么作用暂时不太明白 函数是输入两个位点的等位基因和等位基因频率 calcLD(...gt.list[[1]],p[[1]],gt.list[[3]],p[[3]]) gt.list 的格式 p的数据格式 以上是本期推文的内容 一个R语言的零散知识点：pivot_longer()函数把多列的数据转换成长格式...values_to = "p") cols 参数的作用是 把向量里的两个列名单独生成一列 cols 里的列如果数据类型不一样是不能合并的 names_to 生成的是新生成的列的列名...values_to 也是指定列名 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学

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玩转数据处理120题｜R语言版本

R解法 #转化后该列属性是 字符串，R中对时间格式要求严格 df$createTime % str_replace('2020-','') 26...lead(df,5) 77 数据计算 题目：使用expending函数计算开盘价的移动窗口均值 难度：⭐⭐ R解法 #R中没有expanding完全一致的函数 #考虑到expanding实际功能就是累积均值...(col3,col2,everything()) 94 数据提取 题目：提取第一列位置在1,10,15的数字 难度：⭐⭐ R语言解法 df[c(1,10,15) + 1,1] 95 数据查找 题目：查找第一列的局部最大值位置...：从CSV文件中读取指定数据 难度：⭐⭐ 备注 从数据1中的前10行中读取positionName, salary两列 R语言解法 #一步读取文件的指定列用readr包或者原生函数都没办法 #如果文件特别大又不想全部再选指定列可以用如下办法...，如果能坚持走到这里的读者，我想你已经掌握了处理数据的常用操作，并且在之后的数据分析中碰到相关问题，希望你能够从容的解决！

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ggplot2绘制热图标准化从0-1

欢迎关注R语言数据分析指南 ❝最近有朋友询问绘制热图时如何使刻度条展示为从「0-1」，这就涉及对数据进行标准的特殊处理，通常对数据进行处理无外乎「取log」或者直接使用「scale()函数进行标准化」...df，并进行列的选择和删除 select(1:14) %>% # 选择第1到14列的数据 select(-c(Humdepth,Baresoil)) # 删除Humdepth和Baresoil...列的数据 使用Min-Max标准化方法对df进行归一化处理 df_normalized % # 将id列和df_normalized数据框进行列绑定 pivot_longer(-id) %>% # 对数据进行长格式转换，id列保持不变 ggplot...left')+ # 设置y轴为离散型，并将标签显示在左侧 scale_x_discrete(expand=c(0,0))+ # 设置x轴为离散型 theme(plot.background

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玩转数据处理120题｜Pandas&R

(popularity = score) 5 字符统计 题目：统计grammer列中每种编程语言出现的次数 难度：⭐⭐ Python解法 df['grammer'].value_counts() R...#转化后该列属性是 字符串，R中对时间格式要求严格 df$createTime % str_replace('2020-','') 26 数据查看...列操作 how：any-只要有空值就删除（默认），all-全部为空值才删除 inplace：False-返回新的数据集（默认），True-在原数据集上操作 57 数据可视化 题目：绘制收盘价的折线图 难度...题目：提取第一列位置在1,10,15的数字 难度：⭐⭐ Python解法 df['col1'].take([1,10,15]) # 等价于 df.iloc[[1,10,15],0] R语言解法 df[...，我想你已经掌握了处理数据的常用操作，并且在之后的数据分析中碰到相关问题，希望武装了Pandas的你能够从容的解决！

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MySQL数据库——数据库CRUD之基本DDL操作数据库及DML操作表

列名n 数据类型n)； 其中，SQL中的常见数据类型： int：整数类型，如 age int; double：小数类型，如 score double(5,2)，括号中5表示一共有几位，2表示小数点后几位...； date：日期，只包含年月日，yyyy-MM-dd; datetime：日期，包含年月日时分秒，yyyy-MM-dd HH:mm:ss； timestamp：时间戳类型，格式同datetime，如果指定为...2）修改表的字符集：alter table 表名称 character set 字符集名称 3）添加一列：alter table 表名称 add 列名 数据类型 ?...4）修改列的名称和类型：alter table 表名称 change 原列名称 新列名称 新列类型；       只修改列类型：alter table 表名称 modify 列名称 新列类型；  ?...下面的讲解都使用SQLYog，不用DOS了。 ? 本文先到这里，篇幅太长一般都懒得看，下一篇博文中会整理下MySQL数据库表中记录的操作以及数据库的查询操作，敬请期待！

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考前复习必备MySQL数据库（关系型数据库管理系统）

表头为每一列的名称，列为具有相同数据类型的数据的集合，行为每一行用来描述某条记录的具体信息，值为行的具体信息，每个值必须与该列的数据类型相同，键的值在当前列中具有唯一性。...定义可变长度字符串 char的长度固定为创建表时声明的长度，其取值范围为0到255，当保存char值时，在右边填充空格以达到指定的长度。...varchar的长度可以指定为0到6535，varchar值在保存时只保存需要的字符串，并另外加一个字节来记录长。...连接 内连接 内连接查询是指所有查询的结果都能够在连接的表中有对应记录。...右连接的关键字：right join。 右连接反之。 事务 事务概述：事务，一般是指要做的或所做的事情。在计算机术语中是指访问并可能更新数据库中各种数据项的一个程序执行单元。

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Oracle 20c新特性：TRANSFORM支持索引压缩

此转换参数影响参考用户创建的索引的 pk 或 fk 约束的生成。如果设置为 Y，它将强制约束的名称与索引的名称匹配。 如果设置为 N（默认值），则约束将按源数据库中的名称创建。...如果在导入时指定了N，则数据泵将从具有一个的所有对象中删除IM列存储子句。如果没有存储在表空间中的对象的IM列存储子句，则该对象将从表空间继承IM列存储子句。...因此，如果要迁移数据库，并且希望新数据库使用IM列存储功能，则可以使用适当的IM列存储子句预先创建表空间，然后在导入命令上使用 TRANSFORM=INMEMORY:N。...在为与类型关联的表加载数据之前，数据泵在目标数据库中查找现有匹配类型时会跳过常规类型OID检查。仍然执行使用哈希码检查类型，版本号和类型名称的其他检查。...OMIT_ENCRYPTION_CLAUSE: [Y | N ] 此转换对 TABLE 对象类型有效。 如果设置为Y，它将指示数据泵禁止列加密子句。在源数据库中加密的列在导入的表中未加密。

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R语言之数据框的合并

该数据集是关于药物吲哚美辛（indometacin）的药物代谢动力学数据，一共有 6 名试验对象，每名试验对象在连续的 8 小时内定时测定了血液中的药物浓度，共有 11 次的测定值。...v.names：这是一个字符串，表示要重塑的值变量的名称。在这种情况下，"conc"表示原始数据中的浓度变量。 idvar：这是一个字符串或向量，表示标识变量的名称或变量列表。...在这种情况下，"Subject"表示原始数据中的主体标识变量。 timevar：这是一个字符串，表示时间变量的名称。在这种情况下，"time"表示原始数据中的时间变量。...在对医学数据进行分析之前，通常情况下应先把数据集转换为长格式，因为 R 中的大多数函数都支持这种格式的数据。...tidyr 包中的 gather() 和 spread() 同样可以用于长型、宽型数据类型转换，详见 Cookbook for R。

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【原创干货】6000字、22个案例详解Pandas数据分析预处理时的实用技巧，超简单

index: 指定了要分组的类目，作为行 columns: 指定了要分组的类目，作为列 rownames/colnames: 行/列的名称 aggfunc: 指定聚合函数 values: 最终在聚合函数之下...这里我们将省份指定为行索引，将会员类型指定为列，其中顾客类型有“会员”、“普通”两种，举例来说，四川省的会员顾客有26名，普通顾客有35名。...有时候我们想要改变行索引的名称或者是列方向的名称，我们则可以这么做 pd.crosstab(df['省份'], df['顾客类型'], colnames = ['顾客的类型'],...时间类型数据的转化 对于很多数据分析师而言，在进行数据预处理的时候，需要将不同类型的数据转换成时间格式的数据，我们来看一下具体是怎么来进行 首先是将整形的时间戳数据转换成时间类型，看下面的例子 df =...表示的是12小时制的小时数 %M 表示的是分钟数 (00-59) %S 表示的是秒数(00-59) %w 表示的是星期数，一周当中的第几天，从星期天开始算 %W 表示的是一年中的星期数 当然我们进行数据类型转换遇到错误的时候

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MySQL优化面试题（2021最新版）

] 4、MySQL 中InnoDB 支持的四种事务隔离级别名称，以及逐级之间的区别？...1、CHAR 和 VARCHAR 类型在存储和检索方面有所不同 2、CHAR 列长度固定为创建表时声明的长度， 长度值范围是 1 到 255 当 CHAR 值被存储时， 它们被用空格填充到特定长度，...[tryaw1nwrz.png] 11、列对比运算符是什么？ 在 SELECT 语句的列比较中使用=，， =，>，>，，AND， OR 或 LIKE 运算符。...在 MySQL 中， 使用以下代码查询显示前 50 行： SELECT*FROM TABLE LIMIT 0,50; 17、可以使用多少列创建索引？ 任何标准表最多可以创建 16 个索引列。...REGEXP 是模式匹配，其中匹配模式在搜索值的任何位置。 51、CHAR 和 VARCHAR 的区别？ [cjotbyit1l.png] 52、列的字符串类型可以是什么？

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