欢迎关注R语言数据分析指南 ❝最近VIP群内有朋友询问火山图的绘制方法，那么本节就来详细介绍在R中如何使用「ggplot2绘制火山图」，小编添加了详细的注释希望各位观众老爷能够喜欢。...❞ 小编已经搭建了一套稳定的真核转录组分析流程，可以完成「从原始数据分析到最终出结果分析文档」基本包含目前RNA_seq文章的所有分析内容。...df %>% janitor::clean_names() %>% # 使用 janitor 包的 clean_names() 函数将列名转换为小写 mutate(fold_change...up_genes 数据框中绘制特定形状的散点图，填充颜色为红色，边框颜色为黑色，大小为 2 geom_point(data = up_genes, shape = 21, size = 2, fill...= "red", colour = "black") + # 从 down_genes 数据框中绘制特定形状的散点图，填充颜色为钢蓝色，边框颜色为黑色，大小为 2 geom_point(data
如何将下图中的左图（低配版）转化为右图（高配版， x，y 轴分离）。 低配版条形图 首先，构造一个数据集作为样例，读者可以根据自己的数据进行调整即可。假设 y 是分类变量，x 是连续型变量。...df1 <- data.frame( term = paste0('term', 1:4), p.val = runif(4, 1, 5) ) 样例数据集 之后，使用 geom_col()...绘制条形图，简单调整柱子的宽度以及加上 x，y 轴标题。...高配版条形图 使用 geom_rangeframe()将 x,y 轴分离。...进阶版条形图 如前面所说，如果读者还想表达另一个变量与这两个变量之间的关系。
欢迎关注R语言数据分析指南 ❝本节来随意绘制一张组合图，数据为R内置数据，图表无实际意义，整个过程仅参考。希望对各位观众老爷能有所帮助。...「代码会整合上传到学习交流群」，购买过小编R数据可视化文档的朋友可在所加的交流群内获取下载，有需要的朋友可关注文中介绍加入交流群。...，欢迎购买小编的R数据可视化案例文档，「购买将自动获得2024年度更新的绘图文档代码，无需在付费」。...目前此文档(2023+2024)「已经更新上传了150+案例文档」，每个案例都附有相应的数据和代码，并配有对应的注释文档，方便大家学习和参考。可到小编的「淘宝店铺-R语言数据分析指南」下单购买。...淘宝店铺 2024年案例图展示
R 作为入门级编程语言，被经常运用在数据整理、数据可视化、以及机器学习中。 本篇文章将主要介绍在R中如何可视化数据 (基础+进阶)。 R绘图的原理 使用R绘图，我们需要在脑海中明确几个必要元素。...在拥有坐标系的基础上，我们便可以描绘数据点，注意此处默认图表类型是点状图。 在plot()语句括号中，逗号前我们定义了数据点的X轴坐标值，逗号后定义了对应数据点的Y轴坐标值，两个都是用数组的方式表达。...我们把图表类型从点状图改变为折线图，即在plot()语句中，我们加入一个逗号，在逗号后定义 type =”l” 。...我们将使用R Studio中自带的数据集mpg来进行ggplot2可视化演示根据R绘图原理，我们需要在ggplot2中将一个图表拆分成若干个子元素并进行叠加绘制。...不同于R plot(),我们可以将ggplot()的绘制理解为两个步骤：首先我们先将需要的数据以及颜色等一些参数输入ggplot()中，其次叠加geom_*()语句，来绘制指定的图表的几何图像类型，比如散点图
位置通常由两个坐标（x，y）指定，但可以是任意数量的坐标。此外，坐标变换发生在统计变换之后 面处理：在更一般的情节中称为条件图或网格图。面处理描述了应该使用哪些变量来分割数据，以及如何排列它们。...本书第5章中解释了如何逐层构建图。 4.3.2.3 通过使用qlot()减少键入语法代码的数量 在ggplot2中，有两个主要的高级函数用于创建绘图：qlot()和gglot()。...ggplot2的第二个显著特性是它使用数据帧，而不是单独的向量。因此，在使用该包创建绘图之前，如果数据是矢量，则需要将数据转换为数据帧。...空图 应该在aes()函数中指定数据帧中需要绘图的任何信息。在本例中，我们通过aes()函数实现美学映射：分别指定x和y变量。但是，只绘制了一个空白的GGPlot。...使用facet_grid(公式)在栅格中绘制多个图 数据根据两个或多个变量分成亚组，facet_grid(公式)函数用来生成grid faceting。
R语言可用来做任何事，从简化数百万的GPS数据，到制作泡泡图或简单绘制大量直线。...为了制作这幅图，我复制了制作人口线图的代码，而Oliver努力手动清除了我过度绘制的红色线条的边缘（我在ggplot2中调试不出如何自动清除线条）。...这张地图中描绘出了几十万条线段，这也是R语言绘制海量数据能力的极佳例证。 上图是至今为止书中最火的一张图片。...该图利用了2011年的人口普查数据制作了不同婚姻状况的人口分布地图，并以水流图的形式展示出了绝对数量。利用ggplot2包制作出了地图和图片。我们坚持使用输出时地图的颜色，然后手动编辑水流图的颜色。...水流图是利用ggplot2包中的geom_ribbon()功能制作的。 目前为止展示的所有图片都是从数据开始的，最少也有数千行数据。
p=25075 本文显示如何填充 图表中两条交叉线之间的区域。 让我们尝试用ggplot2绘制这个图 ....首先，加载 ggplot2 并生成要在示例中使用的数据框（我使用的是稍微修改过的数据集，因此最终结果会与原始图有所不同）。...因此需要复制中间的交叉点，因为它们将是两个相邻区域的一部分，填充了不同的颜色。...x3 <- c(tail, NA) y5 <- c(tail, NA) y6 <- y5 现在需要将两条线的坐标和彩色区域的起点/终点组合成一个长格式的数据帧。...> ggplot + geom_ribbon + geom_path + opts ---- 本文摘选《R语言绘制GGPLOT2双色XY-面积图组合交叉折线图数据可视化》
我比较喜欢ggplot2+AI 来做科研绘图， 当然，有高手可以独立使用ggplot2调整全部图表细节，完全不使用AI。...不过，我做不到，我只能做到的是可以绘制出几乎全部的图表的雏形，而且我个人觉得，把ggplot2学习到这个程度就足够了。...一张统计图就是从数据到几何对象（点、线、条形等）的图形属性（颜色、形状、大小等）的一个映射。...✦ 标度（Scales）是将数据的取值映射到图形空间，例如用颜色、大小或形状来表示不同的取值，展现标度的常见做法是绘制图例和坐标轴。...用谷歌搜索来使用ggplot2做可视化（上）：https://mp.weixin.qq.com/s/WN4TSMNjH4b6vZgYVjaRvQ 用谷歌搜索来使用ggplot2做可视化（下）：https
R语言绘图基础之简单柱形图 在视觉性吸引方面,人类绝对是动物界的另类。当一张一张数据分析的统计表摆在眼前时，人们并不能快速的洞察其中的关系。...然而，当一张张精心绘制图形展现零散数据时，往往会让人兴致盎然，阔然开朗，并能够快速的从视觉角度呈现洞察关系，作出非常有意义的比较。...#柱形图的绘制采用ggplot2函数进行。...图1 单数据系列柱形图 我们可以看到，图1的视觉效果并不是很好，如何使得图片的Y轴柱形图的高度从左到右是依次降低的呢？...小结 geom_bar()：ggplot2中绘制柱形图的函数 identity：表position不做位置调整。
通常而言，在绘制图形的时候都是绘制某一种类型的一张图形，例如绘制一张散点图，绘制直方图。但有的时候我们希望同时展示多幅图形，可能是因为这些图形有某种联系，需要共同展示才能够更好的表达数据中蕴含的信息。...本章节会介绍，当我们绘制了好了多幅图形之后，如何将多幅图形合并起来。 一、 合并多幅图形到一张图中 如果使用的是R的基础绘图形，则可以使用par和layout函数来将多幅图形放到一张图中。...cowplot包是由Claus O.Wilke开发的，它是ggplot2的一个扩展包，可以将多幅图形合并到同一张图形当中。...下面的代码首先绘制几幅图形，然后将图形合并到同一张图形之中，如图1所示。...图8 添加图形元素 上面的代码首先使用散点图中x轴对应的数据创建了一幅箱线图，然后使用y轴对应的变量绘制了一幅箱线图。然后将图形使用ggplotGrob函数转换成为一个图形元素（grob对象）。
随着科技的发展，我们生活中生产的数据日益增加，数据可视化变得至关重要！通过大数据的可视化，使我们更能读懂其中的奥秘！ 目前r和Python是数据分析领域最常见的两个编程语言，尤其适合于统计可视化。...它们两个编程语言的可视化体系也非常复杂，目前主流的是R的ggplot2和Python的matplotlib、seaborn，我们来分开介绍一下： ggplot2绘图体系的核心思想是将数据映射到图形属性上...下面是ggplot2绘图体系的一些关键概念： 数据：ggplot2使用数据框作为数据输入的基本单位。数据框是一个二维表格，其中每一列代表一个变量，每一行代表一个观察值。...尽管不同的包或库的绘制风格不同，但它们的绘制过程是一致的，如下图所示： 先画出图的大致轮廓，再根据需求，添加更多的细节和细节调整，一张完美的图就出来了啊！...那我们接下来体验一下使用R的ggplot2和Python的matplotlib绘制一张饼图吧！
read.csv~~ 1.5从Excel中加载数据 Q: 如何从Excel中加载数据？...Perl） 1.6 从SPSS/SAS/Stata文件中加载数据 Q: 如何从SPSS/SAS/Stata文件中加载数据？...这是因为其提供了一个统一的接口和若干选项来代替基础绘图系统中对图的缝缝补补。本章主要帮助我们从基础绘图过度到ggplot2之中。 2.1绘制散点图 Q: 如何绘制散点图？...*使用ggplot时会经常使用+将命令分割成很多行，使R知道代码还没有结束 2.3 绘制条形图 Q: 如何绘制条形图？...A: 1.使用barplot()，并传递两个参数，其中第一个用来设定条形图的高度。
前面给大家简单介绍了如何用☞R绘制堆积柱形图，今天我们来看看如何用ggplot2这个包来绘制堆积柱形图。...我们还是使用☞R绘制堆积柱形图中用到的all_pool_species_sample.txt这套数据。...数据的格式如下 利用ggplot绘制堆积柱形图，需要对数据格式进行转换 library(ggplot2) raw=read.table("sample_bacteria_percentage.txt...",header=T,sep="\t") library("reshape2") data=melt(raw,id="class") 转换之后的数据格式如下 我们先用默认参数来画一张图看看 p=ggplot...(data, aes(x=variable, y=value,fill=class)) + geom_bar(stat="identity",position = "stack") p 这张图虽然能反应我们的数据
，末尾的2是因为Hadley写包的一个习惯——对先前的版本不满意便写一个新版本的名称不变仅在末尾加上2，如reshape2等； 按照《图形的语法》一书中的观点，一张统计图形就是从数据到点、线或方块等几何对象的颜色...ggplot2的神奇之处~ 二、从qplot开始 2.1 基础图形 用惯了基础的绘图函数之后，突然转到ggplot2的绘图风格，或多或少会有些摸不着头脑，因此我们先从ggplot2中的qplot方法开始...geom='line'可绘制线型图，当传入x为时间型数据时，即绘制出时间序列图： data("economics") data <- economics qplot(date, unemploy/pop...，但仅使用了qplot()进行绘图，其局限性是只能使用在qplot()中定义的一个数据集和对应的一组图形属性映射，若希望将不同的数据通过不同的图层构建方式来展现在一张图上，就需要使用ggplot()函数...，该函数有两个主要的参数，对应了数据和图形属性映射，这两个参数将作为接下来绘图的默认参数，直到在新加的图层中设定了新的参数，默认值才会被修改‘；其中，数据指定绘图所使用的默认数据框且必须是数据框；映射的设定则与
以实验组和对照组转录组数据为例，一张完美的火山图，通常由几个部分组成，显著上调差异表达基因，显著下调差异表达基因。...好了，基础知识就介绍到这里，下面让我们来看如何绘制一张完美的火山图。 ? 首先，让我们先看一下数据。我们的数据使用的是RNAseq表达谱计算出来的差异基因，差异基因的计算方法为limma。...然后我们使用添加了上调和下调基因的数据重新绘制火山图。在ggpubr中，使用color参数，可以指定点的颜色。代码和画出来的图就是这样的啦： ? ?...这样，一张基本热图就绘制完成了~ 当然，还有很多小伙伴比对了参考的文献，发现这张图还是太丑，还远远达不到高分杂志对图片的苛刻要求。因此，我们在这张图上做了进一步调整。...这样，一张完美的火山图顺利诞生啦~（可谓历尽千辛万苦啊） ? 本期干货 · ！！绘制火山图代码！！
但当涉及到绘制图表时，情况又不一样。 我们曾使用了 R（尤其是 R 的数据可视化软件包 ggplot2）来进行数据探索，从而让模式可视化以及帮助我们理解数据和寻找故事。...为了创建在 BBC 新闻网站上伴随故事的图表，我们有两个主要选项：如果时间充足，我们可以委托我们的设计团队绘制图表。如果我们需要快速周转，我们会转而选择我们的内部制图工具。...在去年三月份，我们发布了第一张从头至尾都使用 ggplot2 绘制的图表。 ? 自那以后，进展很快。 比起制图工具，ggplot2 能提供更多控制和创造性，能让人不局限于数量有限的图表。...这个「食谱」是基于我们团队对 ggplot2 的集体知识综合而成的一份指南。这是一份参考手册，而不是教程，其中可能不会告诉你如何用 R 绘制你的第一张图表，但却包含了很多有用的小技巧。...在这六周之中，参与者会学习如何将数据载入 R、不同的数据类型、使用 tidyverse 软件包在 R 中进行一些非常基本的数据操作和分析、对 ggplot2 的介绍。
R语言绘制数据动图 随着互联网+和大数据科技的发展，VFX可视化和数据可视化越来越受到人们的喜爱，在R语言中，绘制GIF动图主要是在gganimate包中运行，制作视频主要是在av包,gganimate...是图形语法的扩展，由ggplot2包实现，它增加了对使用ggplot2用户熟悉的API声明动画的支持 01 加载包 library(av) library(ggplot2) library(gganimate...) library(tidyverse) library(lubridate) 02 箱形图.gif #构建数据框 为了节省时间，直接使用系统内置的mpg数据框，mpg的部分数据如下： ?...03 小提琴图.gif #构建数据 直接使用系统内置的mpg数据框。...转换是解释情节数据的函数，以便以某种方式将其分配到多个帧上。
因为之前自己已经学习过R语言基础的一些内容，包括：数据类型与数据结构、函数与R包、R语言作图基础等，今天的学习内容主要是《R数据科学》这本书的第一章——使用ggplot2进行数据可视化。...（2）数据集mpg中有多少行？多少列？“能用代码解决的问题就不要手动去数”mpg直接查看dim(mpg)都可以解决（3）变量drv的意义是什么？?mpg（4）使用hwy和cyl绘制一张散点图。.... ~ cyl)（4）查看本节的另一个分面图：与使用图形属性相比，使用分面的优势和劣势分别是什么？如果有一个更大的数据集，你将如何权衡这两种方法的优劣？...1.6 几何对象1.6.1 几何对象的定义几何对象：图中用来表示数据的几何图形对象条形图：使用了条形几何对象折线图：使用了直线几何对象箱线图：使用了矩形和直线几何对象可以使用不同的几何对象来表示同样的数据...不使用统计变换函数的话，如何使用几何对象函数重新生成下列图形？
，就使用了ggpubr包的ggscatter函数绘制了相关性散点图： ids=intersect(rownames(CD14_deg), rownames(FCGR3A_deg...的语法： 保留ggplot2的语法 让我们来实战演练一下： 相关性热图即可 如下所示的模拟数据，理论上g开头的和v开头的应该是负相关，而g内部和v内部都是正相关： g1=1:50 g2=g1+rnorm...我们 就可以单独看其中一个数据是如何跟其它数据正相关或者负相关的。...ggplot呢 如果你要从ggplot2开始一步步调制成为它这样的美图，需要下很深的功夫，一张统计图就是从数据到几何对象（点、线、条形等）的图形属性（颜色、形状、大小等）的一个映射。...✦ 分面（faceting）如何将数据分解为子集，以及如何对子集作图并展示。 ✦ 主题（theme）控制细节显示，例如字体大小和图形的背景色。
这意味着现有的包几乎足以解决所有你能想象到的数据可视化任务，从癌症基因组可视化到图书的可视化分析。...1.名称：ggplot2包 简介：将绘图与数据分离，按图层作图，一个语句代表了一张图；将常见的统计融入了绘图中。...5.名称：ggannotate包 简介：在github上，对于ggplot2觉得调legends的位置，图形形状觉得费力的同学，可以使用ggannotate进行交互式修图，让你使用R有一种使用Graphpad...8.名称：ggstatsplot 简介：ggstatsplot能够提供更为丰富信息的包,其实就是画出高质量的图，不需要我们花费过多的精力去调整绘图细节,举个例子，一般的探索性数据分过程析包括数据可视化与数据统计两个部分...需要先安装好devtools和curl两个包，然后可以从github上安装最新版的ggplot2和ggtech。
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