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GEO2R:GEO数据库数据进行差异分析

GEO数据库数据是公开,很多科研工作者会下载其中数据自己去分析,其中差异表达分析是最常见分析策略之一,为了方便大家更好挖掘GEO数据,官网提供了一个工具GEO2R, 可以方便进行差异分析...从名字也可以看出,该工具实现功能就是将GEO数据库数据导入到R语言中,然后进行差异分析,本质上是通过以下两个bioconductor上R包实现 GEOquery limma GEOquery...在网页上可以看到GEO2R按钮,点击这个按钮就可以进行分析了, 除了差异分析外,GEO2R还提供了一些简单数据可视化功能。 1....点击Sample values, 可以看到对应表达量值,示意如下 ? GEO2R进行差异分析步骤如下 1....第一个参数用于选择多重假设检验P值校正算法,第二个参数表示是否原始表达量进行log转换,第三个参数调整最终结果展示对应platfrom注释信息,是基于客户提供supplement file

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Linux【库函数调用进行跟踪 3 种【插桩】技巧

在稍微具有一点规模代码(C 语言),调用第三方动态库函数来完成一些功能,是很常见工作场景。 假设现在有一项任务:需要在调用某个动态库某个函数之前和之后,做一些额外处理工作。...它是在保证被测程序原有逻辑完整性基础上在程序插入一些探针(又称为“探测仪”,本质上就是进行信息采集代码段,可以是赋值语句或采集覆盖信息函数调用)。...通过探针执行并抛出程序运行特征数据,通过这些数据分析,可以获得程序控制流和数据流信息,进而得到逻辑覆盖等动态信息,从而实现测试目的方法。.../app result = 3 示例代码足够简单了,称得上是helloworld兄弟版本! 在编译阶段插桩 函数进行插桩,基本要求是:不应该原来文件(app.c)进行额外修改。...链接阶段插桩 Linux 系统链接器功能是非常强大,它提供了一个选项:--wrap f,可以在链接阶段进行插桩。

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这是我见过最有用Mysql面试题,面试了无数公司总结(内附答案)

一个表只能有一个聚集索引 它改变了记录在数据库存储方式,因为它通过设置为聚集索引进行排序。 非聚集索引: 与聚集索引相比,它更慢。...它不会改变其排序方式,但是会在一个表内创建一个单独对象,该对象在搜索后指向原始表。 20.什么是SQL视图? 视图就像逻辑上存储在数据库子集。视图是一个虚拟表。...存储过程是已创建并存储在数据库以执行特定任务SQL语句集合。 该存储过程接受输入参数并进行处理,并返回单个值, 例如数字或文本值或结果集(集)。 55.什么是扳机?...归类定义为一组规则,这些规则确定如何字符数据进行排序和比较。 使用定义正确字符序列规则以及用于指定区分大小写,字符宽度,重音符号, 假名字符类型选项字符数据进行排序。...GUI测试处理向用户开放以进行交互所有可测试项目,例如菜单,窗体等。 数据库测试处理通常用户隐藏所有可测试项目。

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盘一盘 Python 系列特别篇 - 实战正则表达式

import reimport urllib 接下来从网址读源代码并转成字符串需要以下三步: 用 urllib request.urlopen() 函数打开链接存成对象 f 用 f read...,它代表是非贪婪模式匹配,即以尽可能少方式来匹配,这样我们就可以把 Table 多行就找出来。代码如下: row_pat = r'<tr.*?...第三步 - 获取每行字符串各种信息 我们来看看表格,发现所有分三种模式: 第一:都是粗体字,而且分两写 中间:第一个是字符串,后面都是数字 最后一:第一个是字符串,后面都是数字 ?...再看这三种类型对应源代码 第一 ? 中间 ? 最后一 ? 设计他们模式,并用 compile 函数创建带特定模式对象。...>,这代表在网页表格 China 一词上有超链接。如下图,带下划线词都带超链接。 Diamond Pricess 是斜体,对应 html 源代码 <span style=...

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【数据库设计和SQL基础语法】--连接与联接--内连接和外连接概念

连接使得可以将数据规范化分布在多个表,同时通过连接实现这些表有效访问。 实现复杂查询: 对于需要在多个实体之间执行复杂逻辑查询,连接是不可或缺。...内连接结果是根据一个或多个匹配条件定义,只返回两个表之间匹配,而不包括任何在其中一个表没有匹配。内连接通常使用 INNER JOIN 关键字表示,连接条件在 ON 子句中指定。...内连接基于连接条件匹配原则,只返回两个表之间匹配,而不包括任何在其中一个表没有匹配。...避免在连接列上进行函数操作: 在连接操作避免使用函数操作,因为这会使得数据库无法使用索引。如果在连接列上进行函数操作,数据库可能会选择进行全表扫描,从而降低性能。...-- 避免在连接列上进行函数操作示例 SELECT * FROM table1 INNER JOIN table2 ON UPPER(table1.column) = UPPER(table2.column

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数据库原理~~~

最后进行筛选,把重复列去掉 外连接 左外 左边全留 右外 外连接 除运算 有公共属性,被除数与除数所有相关属性都要有关联 **求解步骤过程: 第一步:找出关系R和关系S相同属性,...在关系SY做投影(即将Y列取出);所得结果如下 第二步:被除关系R与S不相同属性列是X ,关系R在属性(X)上做取消重复值投影为{X1,X2}; 第三步:求关系RX属性对应像集...Y 根据关系R记录,可以得到与X1值有关记录,如图3所示;与X2有关记录,如图4所示 第四步:判断包含关系 R÷S其实就是判断关系RX各个值像集Y是否包含关系S属性Y所有值。...存储加密:数据在写到磁盘时对数据进行加密, 授权用户读取数据时再进行解密。 传输加密:链路层加密和端到端加密。同计算机网络数据传输加密方式。...6.2 规范化 6.2.1 函数依赖 非平凡函数依赖:X→Y,但Y不是X子集,一般讨论都是这个 平凡函数依赖:X→Y,且Y是X子集 完全函数依赖和部分函数依赖: 在这里插入图片描述 传递函数依赖

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sql where 、group by 和 having 用法解析

即having子句适用场景是可以使用聚合函数 having 子句限制是组,而不是 having 子句中每一个元素也必须出现在select列表。...by 子句对数据进行分组;group by 子句形成组运行聚集函数计算每一组值;最后用having 子句去掉不符合条件组 ex: 显示每个地区总人口数和总面积.仅显示那些面积超过...即having子句适用场景是可以使用聚合函数 having 子句限制是组,而不是 having 子句中每一个元素也必须出现在select列表。...by 子句对数据进行分组;group by 子句形成组运行聚集函数计算每一组值;最后用having 子句去掉不符合条件组 ex: 显示每个地区总人口数和总面积.仅显示那些面积超过...即having子句适用场景是可以使用聚合函数 having 子句限制是组,而不是 having 子句中每一个元素也必须出现在select列表

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Java企业面试——数据库

下面总结一下两表连接查询选择方式依据: 1、 查两表关联列相等数据用内连接。 2、 Col_L是Col_R子集时用右外连接。 3、 Col_R是Col_L子集时用左外连接。...4、 Col_R和Col_L彼此有交集但彼此互不为子集时候用全外。 5、 求差操作时候用联合查询。 多个表查询时候,这些不同连接类型可以写到一块。...4.update 同一个表修改在一个过程里出现好几十次,: update table1 set col1=......12.应尽量避免在 where 子句中字段进行 null 值判断,否则将导致引擎放弃使用索引而进行全表扫描, :select id from t where num is null 可以在num上设置默认值...:select id from t where num/2=100 应改为: select id from t where num=100*2 18.应尽量避免在where子句中字段进行函数操作,

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【数据库】数据库优化(SQL优化)

4.update 同一个表修改在一个过程里出现好几十次,: update table1 set col1=......,在这个脚本几个子集记录绝对不可能重复,故可以改用UNION ALL)。...12.应尽量避免在 where 子句中字段进行 null 值判断,否则将导致引擎放弃使用索引而进行全表扫描,: select id from t where num is null 可以在num...: select id from t where num/2=100 应改为: select id from t where num=100*2 18.应尽量避免在where子句中字段进行函数操作...,SQL是根据表数据来进行查询优化,当索引列有大量数据重复时,SQL查询可能不会去利用索引, 如一表中有字段sex,male、female几乎各一半,那么即使在sex上建了索引也查询效率起不了作用

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浅谈SQL语句执行过程

: (1)from:Table1和Table2执行笛卡尔积,也就是两个表各种组合,共5*5=25,生成虚拟表VT1 (2)on:选择VT1那些Table1.id=Table2.id所有...(3)inner join:这里是内部连接,直接就是VT2,如果是outer join,left join、right join、full join,那么还需要按照外部连接规则,把VT1没有匹配添加到...VT2,生成VT3. (4)where:选出VT3Table1.id<4表格,给虚拟表VT4. (5)group by:按照Table1.id进行分组。...(6)COUNT:执行聚合函数,选出对应Table1.id行数,生成结果给虚拟表VT5 (7)having:选择VT5Table1.id<3所有结果,给虚拟表VT6 (8)select:选择VT6...相应列,给虚拟表VT7 (9)distinct:将VT7重复去除,生成VT8 (10)order by:将VT8结果按照Table1.id进行排序,这里没有生成一个新表VT9,而是生成游标

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《Linux操作系统编程》第九章 数据查找和筛选工具 : 了解流编辑器sed和报表生成器awk简单使用

▪ sed -f cmd_file file 任选项说明: command: 普通行编命令 -n: 只显示与模式匹配(缺省都显示) -e: 在同一命令行上进行多次编辑 -f: 编辑命令放在随后命令表文件...它执行时输入数据(文件、标准输入或命令输出)逐行进行扫描,匹配指定模式,并执行指定操作。...(2) awk基本格式 awk ‘pattern {action}’ filename awk扫描filename每一, 符合模式pattern执行操作action (3) 数据文件记录和域标识...键盘上每输入一, awk就处理一, 直到遇到^D为止. (2) awk格式化输出 print 函数 ​ 用于不需要复杂格式简单输出。 printf 函数 ​ 高级格式化输出函数..... ▪ awk运行时, 输入文件每一执行命令文件所有操作后, 再下一数据进行同样处理过程, 以此类推, 直到输入文件最后一

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增加删除字段修改字段名,修改表结构,非常用SQL语句技巧总结

[AccountType] ([TypeID])GO 9.为了对数据表进行批量数据导入,需要将identity_insert先打开,执行完后在关闭。其目的是避开自增列检查,顺利执行插入操作。...[PSTNUsageNotes] on--在这里执行PSTNUsageNotes表批量插入操作set identity_insert [dbo]....当 ALL 随 UNION 一起使用时(即 UNION ALL),不消除重复。两种情况下,派生表每一不是来自 TABLE1 就是来自 TABLE2。...EXCEPT 运算符   EXCEPT 运算符通过包括所有在 TABLE1 但不在 TABLE2 并消除所有重复而派生出一个结果表。...TableB和TableC 并消除所有重复而派生出一个结果表 (select a from tableA ) except (select a from tableB) except (select

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【21】进大厂必须掌握面试题-65个SQL面试

聚簇索引会更改记录在数据库存储方式,因为它会按设置为聚簇索引进行排序,而在非聚簇索引,它不会更改存储方式,但会在数据库创建一个单独对象搜索后指向原始表表。...左连接: MySQL左连接用于返回左表所有,但仅返回右表满足连接条件匹配。 右连接: MySQL右连接用于返回右表所有,但仅返回满足连接条件左表匹配。...要计算表记录数,可以使用以下命令: SELECT * FROM table1 SELECT COUNT(*) FROM table1 SELECT rows FROM sysindexes WHERE...关系或链接是在相互关联实体之间。关系定义为数据库中表之间连接。存在各种关系,即: 一一关系。 一多关系。 多一关系。 自引用关系。 Q35。...什么是合计和标量函数? 聚合函数用于评估数学计算并返回单个值。这些计算是从表进行。例如-max(),count()是针对数字计算。 标量函数根据输入值返回单个值。

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