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R语言 数据框、矩阵、列表的创建、修改、导出

，如代码所示，此时列名不需添加""，df1为变量名，格式为列名=列的向量*matrix矩阵与向量一样只允许同一种数据类型，否则会被转换，可以理解为二维的向量，data.frame数据框允许不同列不同的数据类型...函数可以避免此前的错误a<-fread("soft.txt",data.table = F)class(a)#但其不会有行名，且其会有一个data.table的数据结构多出来，可以设置data.table...[,2] #取出第二列的所有内容，同df1$df1[c(1,3),1:2] #取出第1、3行的1、2列数据，取多列的时候需要组织成合适的向量df1[,-ncol(df1)] #删去最后一列，"-"意义同向量列名或行名取子集...#取子集方法同数据框t(m) #转置行与列，数据框转置后为矩阵as.data.frame(m) #将矩阵转换为数据框列表列表内有多个数据框或矩阵，可通过list函数将其组成一个列表l <- list(m1...(iris)])# 2.提取内置数据iris的前5行，前4列，并转换为矩阵，赋值给a。

7.6K00

能不能让R按行处理数据？

现在我想做的是对于每一行，找出非NA的值，填充到“mean.scale”这个新的变量；如果有多个非NA，那么就计算其平均值。也就是说，我希望最终得到如下数据集： ?...eddi大神的意思是，原来inti_total_asset和issuing_scale是两个变量，现在要把他们stack起来，“堆成”一列，也就是这样： ?...(fund_name)] 其中的关键在于拼接函数c()，它将不同列的向量拼接成了一列。另外，这个操作是不是有点熟悉？...事实上，data.table也整合了reshape中的cast和melt函数，并且将cast函数升级为dcast，感兴趣的小伙伴可以去研究一番。 在拉直数据后，接下来要做的工作就很简单了。...R的数据处理哲学是向量，是列，但这并不妨碍我们按照行进行处理，其中的关键，就在于运用 c() 函数把不同的向量拼接成一个向量。 我是大猫，咱们下期见！ 附：Stackoverflow的原始问题 ?

1.3K20
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MR应知应会：MungeSumstats包

该软件包还使用户能够灵活地将重新格式化的文件导出为制表符分隔的 VCF 或 R 本机对象，例如 data.table、GRanges 或 VRanges 对象。...可能会让我们的分析南辕北辙，回头却不知错在何处~~>_<~~ 参数介绍 MungeSumstats的核心函数是format_sumstats convert_small_p 要将 p-values < 5e-324转换为...N 还可以通过为该字段传递其中之一或多个向量来输入“ldsc”、“sum”、“giant”或“metal”。...frq_is_maf 传统上 FRQ 列旨在显示次要/影响等位基因频率 (MAF)，但有时可以将主要等位基因频率推断为 FRQ 列。...imputation_ind 应该为每个插补步骤添加一列，以显示哪些 SNP 对不同字段具有插补值。这包括表示 SNP 等位基因翻转（翻转）的字段。

1.2K10

从零开始的异世界生信学习 R语言部分 04 文件的读写与认知

<- read.csv("ex2.csv") 图片 ex2 <- read.csv("ex2.csv",row.names = 1,check.names = F) #row.names= 表示第一列为行名...图片 将一个项目的不同部分分别存在不同的文件夹 图片 图片 图片 # data.table包中的fread函数 soft = data.table::fread("soft.txt",data.table...export函数 library(rio) #不能读取问题文件， wf1 <-import("wf1.xlsx") #读取xlsx文件 wf <- import_list("wf.xlsx") #可以吧多个...csv文件 图片 补充知识 矩阵如何生成 # 1.由数值型数据框转换 m1 = as.matrix(iris[,1:4]) # 2.由向量改变维度而来 m2 = matrix(rnorm(18),nrow...由向量拼接而来 m3 = cbind(1:10, # cbind函数表示按照行合并向量，rbind为按照列合并数据 11:20, 30:21) m3 #4.

1.3K40

R语言数据分析利器data.table包 —— 数据框结构处理精讲

将一个R对象转化为data.table，R可以时矢量，列表，data.frame等，keep.rownames决定是否保留行名或者列表名，默认FALSE,如果TRUE,将行名存在"rn"行中，keep.rownames...data.table为了加快速度，会直接在对象地址修改，因此如果需要就要在修改前copy，直接修改的命令有:=添加一列，set系列命令比如下面提到的setattr,setnames,setorder等；...； sep2,对于是list的一列，写出去时list成员间以sep2分隔，它们是处于一列之内，然后内部再用字符分开； eol，行分隔符，默认Windows是"\r\n",其它的是"\n"； na,...on参数的第一列必须是DT的第一列 DT[.("a"), on="x"] #和上面一样.()有类似与c()的作用 DT["a", on=.....N（总列数，直接在j输入.N取最后一列）,:=（直接在data.table上添加列，没有copy过程，所以快，有需要的话注意备份），.SD输出子集，.SD[n]输出子集的第n列，DT[,.

5.6K20

R语言学习笔记之——数据处理神器data.table

rm(list=ls()) gc() 2、索引切片聚合 data.table中提供了将行索引、列切片、分组功能于一体的数据处理模型。...data.table列索引 列索引与数据框相比操作体验差异比较大，data.table的列索引摒弃了data.frame时代的向量化参数，而使用list参数进行列索引。...(carrier,tailnum)] #但心里要清楚列索引接受的条件是含有列表的列表，而且这里的列表作为变量给出，而非data.frame时代的字符串向量。 行列同时索引毫无压力。...mydata[,delay_all := dep_delay+arr_delay] #销毁某一列： mydata[,delay_all := NULL] ? ?...注意以上新建列时，如果只有一列，列名比较自由，写成字符串或者变量都可以，但是新建多列，必须严格按照左侧列名为字符串向量，右侧为列表的模式，当然你也可以使用第二种写法。

3.6K80

快速掌握apply函数家族推荐这篇文档

sapply：与 lapply 类似，但它自动将结果转换为向量、矩阵或数组。 apply：用于对矩阵或数组的行、列或其他维度进行循环操作。...❝如果想要将结果转换为向量、矩阵或数组，可以使用 sapply 函数。它的基本语法与 lapply 类似，只是将 lapply 替换为 sapply 即可。...例如，下面的代码使用 apply 函数求出矩阵中每一列的和： # 创建矩阵 x <- matrix(1:9, nrow = 3) # 使用 apply 函数求出矩阵中每一列的和 apply(x, 2,...函数求出矩阵中每一列的最大值： # 创建矩阵 x <- matrix(1:9, nrow = 3) # 使用 apply 函数求出矩阵中每一列的最大值 apply(x, 2, max) [1] 3...6 9 例子 2：使用 apply 函数将矩阵转置 下面的代码使用 apply 函数将矩阵转置： # 创建矩阵 x <- matrix(1:9, nrow = 3) # 使用 apply 函数将矩阵转置

2.9K30

生信技能树-R语言-day3

1] "up" "up" "down" "down" > df1[c(1,3),1:2] # 逗号前的第一和第三行，逗号后的第一列到第二列 gene change 1 gene1...[第几行 ,第几列] = 赋值修改后的数据修改一个列的数据文件名$列名 = c()赋值修改后的向量（先提取一个列$，再修改）增加一列的数据文件名$列名 = c()赋值修改后的向量（$提取的是一个全新的列名...，之前不存在的）修改行名rownames() = c()赋值修改后的向量 （行名都是一样的）修改其中一列的列名colnames(文件名)[第几列]= “”赋值列的名字（每一列名字都不一样）两个数据框的连接...t()转置（将行和列互转，要先给列改名，不然转置没有区别> colnames(m) m a b c[1,] 1 4 7...9转换为数据框 m = as.data.frame()可以用class来判断是否转换成功list列表 新建> x <- list(m1 = matrix(1:9, nrow = 3), +

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R语言︱数据集分组、筛选(plit – apply – combine模式、dplyr、data.table)

在base包里和split功能接近的函数有cut(对属性数据分划)，strsplit(对字符串分划)以及subset（对向量，矩阵或数据框按给定条件取子集）等。...1， 第一行第一列 a[row(a)==1&col(a)==2] #将返回6， 第一行第二列 2、一个网络例子： ?...可以看到，计算结果中的第一列实际上是“SELLERID.CLIENT”，我们需要把它拆分成两列并调换顺序才行。...orders[,c("SELLERID","CLIENT")],function(x) sum(x)) 4、subset()函数 利用subset()函数进行访问和选取数据框的数据更为灵活，subset函数将满足条件的向量...data.table包的语法简洁，并且只需一行代码就可以完成很多事情。进一步地，data.table在某些情况下执行效率更高。

20.5K32

R语言：data.table语句批量生成变量

我们在对多列标准进行筛选时，在之前我们还进行了一步非常重要的提取，也就是将每一列观察值提取出某一特定的字段，而后生成一系列变量，这些变量的观测值只可能存在三种情况：醛固酮、继发性醛固酮或者NA。...经过这样的处理我们才能进行上一期公众号所讲述的下一步：以多列标准进行筛选的操作。...:= 右边 关于 ':= lapply' 的用法，在这里小编不再赘述，如果大家对此不是很熟悉可以看这一期公众号：用data.table语句批量处理变量。...:=’ 左边格式的问题： ':=' 左边的格式应该是一个向量，一个带有需要被处理变量的字符格式的向量，这一点从colnames这个函数的使用可以得知。...str_c(colnames(clinic)[2:23], "_xtrct") 最后我们把 ':=' 左右两边的代码组合在一起，放入data.table语句的j中就是我们在一开始所讲述的代码。

1.1K20

生信技能树 Day5 文件读写

# read.系列函数# read.table() 读取txt格式# read.delim() 读取txt格式,比table少报错# read.csv() 读取csv格式R语言不能直接处理文件，要先转换为...- read.table("ex1.txt",header = T) # 文件有列名的话让列名归位#2.读取ex2.csvex2 <- read.csv("ex2.csv") # 行名当成了第一列并加了列名...x；列名中_特殊字符被转化为.ex2 <- read.csv("ex2.csv",row.names = 1,check.names = F) # 设置第一列为行名；不自动检查列名## 注意行名不能重复...其他读取/导出文件的R包 import最推荐#用data.table来读取library(data.table)ex1 = fread("ex1.txt")class(ex1)## [1] "data.table...,data.table = F)##不支持直接设置行名，设置行名用下面函数实现library(tibble)ex2 = column_to_rownames(ex2,"V1") # 把V1列设为行名#riolibrary

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R语言笔记-4

生信技能树-数据挖掘课程笔记 文件读写 #读取csv文件 csv = read.csv(“test.csv”) csv = read.csv("test.csv",header = T) #将第一行作为列名...csv = read.csv("test.csv",row.names = 1,check.names = F) #将第一列作为行名，并不检查特殊符号 # 数据框不允许有重复的行名 #读取txt文件...txt = read.table("test.txt") txt = read.table("test.txt",sep="\t") #指定分隔符，默认为"",多个分隔符相邻会自动识别为一个 #输出csv...save(csv,txt,file = "test.Rdata") #file的形式参数必须输入 #读取变量 load(file = "test.Rdata") 保存变量可保存上次操作的各种数据，数据框、向量等...read.delim() write.table() write.csv() readr read_table() read_csv() read_tsv() write_table() write_csv data.table

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生信技能树 R语言入门 第一周总结

一个向量中只能有一种数据类型，优先级为：character>numeric>logical。多个类型的数据类型存在时，向量会自动定义为优先级最高的数据类型。...O 1402 jimmy A 1453 nicker B 110merge函数是合并数据框最常用的函数，by.x和by.y两个形式参数定义根据哪一列进行合并...areaSource=&traceId=五、%in%1、%in%和==的区别：==是将X中的每个元素和y中的每个元素一对一比较，%in%是将x中的每一个元素分别和y中的所有元素全部比较> x=c(1,3,5,1...一些最基本的函数代替手动看/数数的方法：1、使用length和table函数；2、使用ncol和nrow，如取数据框b的最后一列：b[,ncol(b)]，删除b的最后一列：b[,-ncol(b)]3、最容易会犯的错误...忘记c就是忘记创建向量直接写了元素；忘记引号就是把要写的字符直接打成了变量，而变量本身不存在，所以经常会报错；忘记逗号主要是在数据框取某些行或列，只写了行或列的条件，没写逗号表示出行或列，另外就是在创建数据框的不同列时忘记用逗号分隔

1.1K90

R数据科学整洁之道：使用tidyr进行长宽数据转换

整洁数据（tidy data）是指如下图这样的数据表： 在表中： 每个变量都拥有自己的列 每个观察/样本都拥有自己的行 数据这样组织有两个明显的好处：既方便以向量的形式访问每一个变量，也方便变量之间进行向量化运算...让数据变长，就是将许多列融合成两列，将列名移动到一个新的列名下，将值移动到另一个新的列名下。...让数据变宽，就是展开表中的两列数据成多列，其中一列提供新的列名，另一列提供值。...tidyr中的pivot_wider与pivot_longer的操作正好相反，可以将长数据转换为宽数据。...最后总结 tidyr包最重要的两个函数是： pivot_longer，将宽数据转换为长数据，就是将很多列变成两列。 pivot_wider，将长数据转换为宽数据，就是将两列变成很多列。

2.8K30

data.table包使用应该注意的一些细节

还有就算后续改变了文件的分隔符，文件也可以读入，建议不加分隔符 fread可以自动检测注释，并且跳过注释行   默认skip=0，会跳过不规则的行，因此有注释行时，可以走默认的skip参数 转换成矩阵时可以保留某一列为...rowname   as.matrix作用于data.table时会调用as.matrix.data.table，有一个rownames参数可以指定保留为行名的列 矩阵转换成data.table时可以保留列名...  在as.data.table函数中同样有一个rownames参数，设置为T可以将行名保留下来作为data.table的一列 不建议set和for循环一起使用   虽然set可以在内存上直接改变数值...中fintersect, fsetdiff, funion，fsetequal函数能对不同数据框的行求交集，差集，并集等 可以直接对列按分隔符进行分割   应用tstrsplit函数可以将一列按照分隔符分成多列...，函数返回的是一个列表，举例：DT[, c("c1", "c2") := tstrsplit(x, "/", fixed=TRUE)][]，将x列按照/分隔，分割成c1，c2两列 支持类似于SQLs的分组运算

1.5K10

生信课程note-3

(df1)nrow(df1)ncol(df1)#行名，列名rownames(df1)colnames(df1)#4.数据框取子集df1$score 向量取子集用的是[] 取score这一列df1$gene...用于取子集的逻辑值向量：与x对应，不必须由x生成。（例子中即通过score为gene取子集）记住，==是等于的意思，>-是赋值的意思## 代码思维#如何取数据框的最后一列？...df1[,3]df1[,ncol(df1)]#如何取数据框除了最后一列以外的其他列？df1[,-ncol(df1)] 注：！-给数值用，！给逻辑值用。...mm[2,]m[,1]m[2,3]m[2:3,1:2]mt(m):转置 行变列m<-as.data.frame(m) 转换为数据框 必须要赋值矩阵画热图： pheatmap::pheatmap(m)...，每个取值重复了多少次iris[,ncol(iris)]table(iris$Species)# 2.提取内置数据iris的前5行，前4列，并转换为矩阵，赋值给a。

1.3K40

R数据框如何取交集

一般对于多个数据库或者多个软件预测的结果，可以通过取交集来提高预测结果的可信度，并且这样也能大大减少最后预测结果的数目。...我们知道一般在R里，对向量取交集，直接用intersect函数就可以了。...下面给大家介绍三种对R数据框取交集的方法 方法一、我们将各列的信息合并成一个字符串，然后取交集 #将各列的信息用_连接起来 combine1=apply(df1,1,function(x) paste...(x,collapse = "_")) combine2=apply(df2,1,function(x) paste(x,collapse = "_")) #查看合并后的字符串向量1和字符串向量2的交集...包里的fintersect函数 #加载data.table包 library(data.table) #将数据框转换成data.table格式，然后利用fintersect函数取交集 result3=fintersect

1.6K20
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