迭代方式主要有两种： 命令式编程 - for和while 函数式编程 - purrr 准备工作 purrr是tidyverse的核心r包之一，提供了一些更加强大的编程工具。...接下来我们将学习和使用purrr包，它提供的函数可以替代很多常见的for循环应用。R基础包中的apply应用函数族也可以完成类似的任务，但purrr包的函数更一致，也更容易学习。...使用purrr函数替代for循环的目的是将常见的列表问题分解为独立的几部分： 对于列表的单个元素，我们能找到解决办法吗？如果可以，我们就能使用purrr将该方法扩展到列表的所有元素。...每种类型的输出都有一个相应的函数： map()用于输出列表 map_lgl()用于输出逻辑型向量 map_dbl()用于输出双精度型向量 map_chr()用于输出字符型向量 每个函数都使用一个向量（注意列表可以作为递归向量看待...比如我们现在想对某个数据集中的每一个分组都拟合一个线性模型，下面示例将mtcars数据集拆分为3个部分（按照气缸值分类），并对每个部分拟合一个线性模型： models = mtcars %>%
将无名函数写成“~ 表达式”格式， 表达式就是无名函数定义， 用.表示只有一个自变量时的自变量名， 用.x和.y表示只有两个自变量时的自变量名， 用..1、..2、..3这样的名字表示有多个自变量时的自变量名...除此之外，map 还有其他的变种： modify()，输入一个数据自变量和一个函数， 输出与输入数据同类型的结果； map2()可以输入两个数据自变量和一个函数， 将两个自变量相同下标的元素用函数进行变换...例如， 需要对一组数据分别保存到文件中， 就可以将数据列表与保存文件名的字符型向量作为walk2()的两个数据自变量。...character ## age : double ## height : double ## weight : double pmap R的向量化可以很好地处理各个自变量是向量的情形，...purrr包的pmap类函数支持对多个列表、数据框、向量等进行向量化处理。pmap不是将多个列表等作为多个自变量， 而是将它们打包为一个列表。
核心软件包是ggplot2、dplyr、tidyr、readr、purrr、tibble、stringr和forcats，它们提供了建模、转换和可视化数据的功能。...metadata, 'metadata2.csv') write_tsv(metadata, 'metadata.tsv.gz') # write_rds()联合read_rds()使用，write_rds()将数据保存为自定义的二进制形式...0 ## TCTGATACACGTGT A g1 0 # saveRDS()联合readRDS()使用，saveRDS()将数据保存为自定义的压缩后的二进制形式...包讲解 map系列函数的返回值如下： map_chr(.x, .f): 返回字符型向量 map_lgl(.x, .f): 返回逻辑型向量 map_dbl(.x, .f): 返回实数型向量 map_int...：purrr包: https://zhuanlan.zhihu.com/p/168772624 [9] R语言| 向量化操作purrr包: https://www.huaweicloud.com/articles
purrr替代循环 1 purrr循环 引用知乎张敬信的说法： ❝用 R 写 「循环」 从低到高有三种境界：手动 for 循环，apply 函数族，purrr 包泛函式编程。...❞ R写循环有三个境界： 手动for循环 apply循环 purrr泛函式编程 其中，手动for循环我最常用，apply系列半吊子，purrr函数一窍不通，所以要学习一下。...,..4)) 4.3 map不同的后缀 *_chr，比如map_chr, map2_chr, pmap_chr等，返回字符 *_lgl，返回逻辑型向量 *_dbl，返回实数型向量 *_int，返回数字型向量...1] -0.2338953 $x3 [1] -0.3660053 $x4 [1] 0.02137338 7 map的用法1：批量建模 这里使用我的R包learnasreml中的MET数据，进行测试...walk，类似map函数 walk2，类似map2函数 pwalk，类似pmap函数 上面的MET数据，我们可以将数据按照品种分组，批量的保存名为地点的数据csv中。
背景介绍 ggfortify是一个应用起来非常简单的R包，可以仅用一行代码绘制各种统计图，更为简洁易懂，能够满足我们各种绘图的需求。...= 'blue', #特征向量颜色 loadings.label = TRUE , #特征向量的标签 loadings.label.size = 3 ,...#特征向量标签的大小 frame = TRUE, #把每个类圈出来 frame.colour = 'Species' #对分类变量进行颜色标注...) res <- purrr::map(c(3, 4, 5), ~ kmeans(iris[-5], .)) autoplot(res, data = iris[-5], ncol = 3) 小编总结...ggfortify作为一个操作起来十分简便的R包，相信大家已经基本了解了它的功能！
`map`系列函数 purrr包map()提供了一系列函数，它是tidyverse中的一个包。参阅R for Data Science一书。...该族包括几个函数，每个函数的输入都是向量，输出是指定类型的向量。例如，用这些函数对向量中的每个元素或数据框中的每列或列表的每个组件执行某些任务/函数，依此类推。 map() 创建一个列表。...map_lgl() 创建一个逻辑向量。 map_int() 创建一个整数向量。 map_dbl() 创建一个“双”或数字向量。 map_chr() 创建一个字符向量。.../Intro-to-R/lessons/map_purrr.html)。...library(purrr) # Load the purrr samplemeans <- map_dbl(rpkm_ordered, mean) 可以将这个包含的12个元素的向量作为一列，添加到
本次主要介绍了一些基本的正则表达式用法以及公式的创建和使用，然后介绍使用 tidyverse 组合拳进行批量建模和可视化。...视频还是老样子后续推送，大家可以关注 B 站或 Github 上的更新（PS：今天对前几期更新了不少学习资料）。.../section-4.html 基础教程：https://www.datacamp.com/community/tutorials/r-formula-tutorial 因变量与自变量 y ~ x 公式表示...字符串转公式 实战：结合 tidyverse 对 mtcars 进行批量建模和生成 ggplot2 图形 编程将变量名组合转为公式 目标数据结构与生成 分组处理 purrr 批量建模与可视化 图形拼接...[3] 小抄-因子: factors.pdf [4] 小抄-purrr: purrr.pdf [5] 小抄-正则: regex.pdf [6] 小抄-stringr: strings.pdf
disp，分组变量是cyl和am，使用三个点这里传递了任意个参数 另外一种需要引用的写法，这种写法的需求是对参数进行修改名称的时候 grouped_mean2 <- function(.data, .summary_var...（描述的变量）的情况 使用enquo进行引用 使用as_label转换分组变量为字符串 使用paste0粘贴前缀 使用！！...，都是使用分组变量，那么对于多描述变量？...的map函数 # map函数的具体使用后续再考虑 # 简单说就是对第一个参数（数据集、或者list）分别使用第二参数（函数） # 在r语言中...其实相当于list #...expr函数是将代码转换为表达式，但是并不执行 # 目的是和添加新变量名 summary_vars <- purrr::map(summary_vars, function(var) {
逻辑运算是数学运算的重要组成部分，但其更是计算机计算的底层设置。作为一门数据处理语言，逻辑运算在R中承担着非常非常重要的作用。本专题就专门为大家整理一下R语言中的逻辑运算：TRUE/FALSE....---- 正文 1 基本逻辑运算符 注：这里将数学运算符也整理了一下，权当回顾一下。...“与”运算(x、y以及运算结果都是向量) X | y向量的逻辑“或”运算(x、y以及运算结果都是向量) x && y标量的逻辑“与”运算（返回标量） x |...> TRUE & FALSE #返回[1] FALSE > 0.2 & 0 #返回[1] FALSE （3）在R语言中标量常被看作含有一个元素的向量，但在逻辑运算中是存在差异。...上表中逻辑“与”【&】和逻辑“或”【 | 】是对向量的逻辑运算（虽然单个标量也适用），但其返回的结果是逻辑向量，是对逻辑运算中的每一组元素进行逻辑运算后返回的结果。
DataFrame DataFrame 是一个表格或者类似二维数组的结构，它的各行表示一个实例，各列表示一个变量。 一. DataFrame数据流编程 二....此外，separate和union方法提供了数据分组拆分、合并的功能，应用在nominal数据的转化上。...3. purrr purrr向Scala这样的具有高级类型系统的函数式编程语言学习，为data frame的操作提供更多的函数式编程方法，比如map、lambda表达式。...参考 Wisdom's Quintessence: Purrr package for R is good for performance 的例子： 具体使用可以参考Rstudio Blog:purrr...DDF用一个统一的跨引擎API简化了多数据源的分析操作，进一步将data frame底层的分布式傻瓜化。
你可以在 rowwise() 中提供“标识符”变量，这些变量将在你调用 summarise() 的时候保留，因此它的行为类似于将变量传入 group_by()： df <- tibble(name =...它们允许你避免显式的循环和/或使用 apply() 或 purrr::map 家族函数。...mutate() 将列切分然后传入 length(y) 的时候，分组 mutate 使用 [ 操作，而行式 mutate 使用 [[。...rowwise()不仅适用于返回长度为1的向量的函数（又名总结函数）；如果结果是列表，它可以与任何函数一起工作。...作为替代方案，我们建议使用 purrr 的 map() 函数执行逐行操作。但是，这很有挑战性，因为您需要根据变化的参数数量和结果类型来选择映射函数，这需要相当多的 purrr 函数知识。
mamba activate SC ipython import scanoramaCT 安装CytoTRACE using函数是我写在$HOME/.Rprofile中的函数，因此每次打开R就能使用。...这里使用了Arrow格式作为R和Python的中间数据，可以参考。...envs/SC/bin/python") reticulate::py_exe() 整理input 读入 using(data.table, arrow, CytoTRACE, dplyr, tidyr, purrr...，里边是表达矩阵Matrix类型，phe是有名字的向量，名字是细胞barcode，值是细胞类型 a <- split(df, batch$library_id) datasets % t()) names(datasets) <- NULL phe <- pd$V2 names(phe) <- pd$V1 rm(df, batch, pd) # 删除不需要的变量
这种入门的学习路径属于base R first，学习的流程基本是先了解变量的类型、数据的结构，再深入点就会学到循环与自定义函数。...数据整理 tibble格式 R中的对多变量数据的标准保存形式是 dataframe，而tibble是dataframe的进化版，它有如下优点： 1....%>% 的作用就是将iris数据用于管道后面的head函数。...（对数据分组） 1. filter 只选取Species列中，值为virginica的数据 （这里也是用到了管道符，将filter函数作用于iris数据） ?...统计：broom broom是一个用于数学建模的包，以回归分析为例，R中的各种回归分析往往不会返回一个整齐的data frame结果，而broom 则帮助我们直接将统计结果转化为data frame格式直接将统计结果转化为
purrr中有多个迭代函数，可以用于快速解决循环迭代的问题，purrr中常用的迭代函数有map、map2、walk、reduce等等。...map map(.x, .f, ...) map函数接受一个向量、列表，对其每一个元素执行函数。 数据框其实是一种格式化表示的列表，所以也可以使用map迭代。 map函数默认返回列表。...# [1] 3.758 # # $Petal.Width # [1] 1.199333 # # $Species # [1] NA 如果返回值需要是一个数值向量，而不是列表，也可以使用map_dbl...# 公式：用于简化R的匿名函数格式 # 例如如下两种方式是等价的 iris %>% map(function(x) mean(x, na.omit=T)) iris %>% map(~mean(., na.omit...iris %>% dplyr::select(-Species) %>% map(summary) %>% map_dbl(3) map2 map2(.x, .y, .f, ...) map2可以对两个向量
涉及编程的数据和代码都会放到 https://github.com/XSLiuLab/Workshop 推荐图书 《R for Data Science》[1] 《R 语言编程指南》 《R 实战》 其他推荐见...recode_factor mutate, transmute mutate_ add_row add_column rename rownames_to_column, column_to_rowname 向量化函数...逻辑值 mean, sum 位置 dplyr:: first last nth 排序 quantile min max 分布 IQR mad sd var count summarize 简单汇总 分组汇总...基础语法一致，也可以使用 tidyverse 处理 整数索引 逻辑索引 命名索引 进一步的学习参考小抄、文档和《R 语言编程指南》 后几期主题 本期未讲述的内容？？？...正则表达式与字符串处理：base 与 stringr 列表处理与迭代计算：purrr 统计建模：stats 与 broom 绘图：graphics 与 ggplot2 函数编程：apply家族和purrr
数据集包含有关英国统计员Ronald Fisher在1936年收集的3种不同植物变量的信息。...需要注意的是这些图最终将是二维的，因此我们仅在两个变量上训练机器学习模型，但是对于这两个变量的每种组合而言，它们将是取boundary_lists data frame中的前两个变量。...我将使用到上面图中的每个数据点训练以下模型： 逻辑回归模型 支持向量机+线性核 支持向量机+多项式核 支持向量机 +径向核 支持向量机+sigmoid核 随机森林 默认参数下的XGBoost模型 单层Keras...方面的专家，所以我相信有更好的模型产生更好的决策边界，但是用purrr、map来训练不同的机器学习模型是件很有趣的事。...未经许可的转载以及改编者，我们将依法追究其法律责任。 点击“阅读原文”拥抱组织
╮(╯▽╰)╭ ” Hadley Wickham，一个R圈如雷贯耳的人物，仅仅列举几个他开发的R包你就能知道他的分量了：ggplot2、dplyr、stringr、plyr、purrr、lubridate...其次是“对象类型的一致性”（consistency of object type）。每个stringr函数全都把输入字符串作为“第一个”变量，而且返回特定类型的结果。...大猫注：对象类型一致性不仅仅指“把重要变量永远放到第一个参数”，更多时候指“一个函数只可能返回一种类型的结果”。...例如base R中的sapply就不是对象类型一致的，因为sapply会首先尝试返回一个向量，如果实在无法coerce成向量，那么就返回一个list；而 tidyver 库中有个叫做purrr的包，他有个函数叫...map_dbl，和sapply很像，区别就是map_dbl永远只返回double类型，如果结果不是double就报错，因此，map_dbl是“对象一致”的。
img 公式保存了创建它的环境 使用到 R 的朋友几乎都用过公式，它在统计建模方面给了我们极大的方便。不过，公式相比于数值、逻辑值这些数据类型，有什么特点吗？...")= 从属性部分我们可以看到公式保存了创建它的环境。...可以写出更简洁的代码： df3 <- purrr::map_df(df, ~ (.x - mean(.x)) / sd(.x)) 我们检查下两种操作是否结果相同： identical(df2, df3...identical( purrr::map_df(df, ~ (.x - mean(.x)) / sd(.x)), purrr::map_df(df, ~ (. - mean(.)) / sd(...在公式中，我们可以直接使用前面已经定义的变量，这里是 cfs。
因为向量化，我选择R image.png 我们的所有操作，都可以对向量的每一个元素执行。...同样的操作也可以用来取子集： 一些使用的注意事项 一般来说，c() 是创建向量的语法，但R 也提供了一些例外：可不要因为它们养成坏习惯了哦。 2....尽可能的向量化 我觉得下面的内容讲的更全：https://www.yuque.com/mugpeng/rr/01r-de-bian-cheng-xiao-lu 这里提一下Vectorize函数，可以将标量..., "hot", "cold")) 用户 系统 流逝 0.070 0.005 0.086 这里有人还做了一张图：https://thatdatatho.com/vectorization-r-purrr...但如果，花两小时时间将lapply 修改为doLapply 就为了提高脚本0.1s 的速度，我劝你还不如打两把游戏。 5. 记住这句话 image.png
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